TkA05G473360 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G473360

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 118800187-118803130 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2161 bp · TkA05G473360|TK1151|cDNA

TGTAGCTCTACCGGTTTGCAAGCGTCTCTTTTTAAGTAGTGTAGGCCTGGGTTTAAAGGAGCCAGTTGTATTTGTGTTTTGCACGTTCATGTTAATGTTCATGTGAGTAAAATTTCATGCTTTTTGAGAGGGAAAACACGGTTAAAATAGTTGGAAAGAAAGCGTGTGTTTGGTTTTGATTTCGGTGTATAAGGCAAAGAATACCAACATAATTTCAGGAAAGAAAATTATTATATTTTCTGTGAGAGAGAATTTGGATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1311 bp · TkA05G473360|TK1151|CDS

ATGGAAGACGAATATCAAAAATTCGTTCGCAGAATGAACCCACCCCGAGTAGTAATCGACAACGAATCCTGTAAAAACGCTACCATCATCCAGGTGGATAGTGCTAACAAACATGGCATACTTCTGGAAGTCGTTCAAGTTCTCACTGATCTCAACTTCATCGTTACCAAAGCATACATCAGTTCCGACGGCGGCTGGTTCATGGACGTCTTCAATGTCACTGATCAAGAAGGGAATAAAATCAGAGACCAAGGAATCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

436 aa · TkA05G473360|TK1151|PROTEIN

MEDEYQKFVRRMNPPRVVIDNESCKNATIIQVDSANKHGILLEVVQVLTDLNFIVTKAYISSDGGWFMDVFNVTDQEGNKIRDQGILDYIQKVLGSDTNSIKSIAVTSSTDRTVIELTGSDRPGLLSEVCAVLTHFKCNVLNAEVWTHNTRAAFIVQVSDHDSELAVTDPQRLTAIKQMLSHILEGSNTSREANTVVSHGVVHTERRLHQMMLADRDYERGTTTGAGGGEDEARRPDVNVVNWYDKDCSVVTIRCKDRPK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G473360`
TK1151 ID	TkA05G473360
OH-1004 ID	LXL04_022512
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 96.889 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G473360

位置 Chr05:118800187-118803130 (-)

描述 Similar to ACR4: ACT domain-containing protein ACR4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g69040`	可能结合氨基酸。	暂无已核实直接文献
`At2g03730`	可能结合氨基酸。	暂无已核实直接文献
`At3g01990`	可能结合氨基酸。	暂无已核实直接文献
`At1g76990`	可能结合氨基酸。	Molecular characterization of a novel gene family encoding ACT domain repeat proteins in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1104/pp.007484
`At1g12420`	可能结合氨基酸。	Molecular characterization of a novel gene family encoding ACT domain repeat proteins in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1104/pp.007484

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022512 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006521 regulation of amino acid metabolic process 生物过程

GO:0009735 response to cytokinin 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016597 amino acid binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12420

ath:AT1G69040

ath:AT1G76990

ath:AT2G03730

ath:AT3G01990

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.496

排名 1 · TkA05G473360 · TK1151

细胞核0.405

排名 2 · TkA05G473360 · TK1151

细胞膜0.168

排名 3 · TkA05G473360 · TK1151

溶酶体／液泡0.062

排名 4 · TkA05G473360 · TK1151

内质网0.046

排名 5 · TkA05G473360 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24931ACT_ACR9_3rd17-95 aa

PF24914ACR10_N22-81 aa

PF26956ACT_ACR_D123-97 aa

PF22754bHLH-TF_ACT-like_plant26-90 aa

PF01842ACT28-78 aa

PF13291ACT_430-62 aa

PF22629ACT_AHAS_ss30-60 aa

PF13291ACT_484-116 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G473360	`PF24931`	ACT_ACR9_3rd	17	95	1.8e-17	63.9
TkA05G473360	`PF24914`	ACR10_N	22	81	3.1e-17	62.5
TkA05G473360	`PF26956`	ACT_ACR_D1	23	97	1.6e-51	172.8
TkA05G473360	`PF22754`	bHLH-TF_ACT-like_plant	26	90	1.6e-12	48.1
TkA05G473360	`PF01842`	ACT	28	78	5.8e-34	116.2
TkA05G473360	`PF13291`	ACT_4	30	62	9.8e-15	55.7
TkA05G473360	`PF22629`	ACT_AHAS_ss	30	60	2.6e-07	31.4
TkA05G473360	`PF13291`	ACT_4	84	116	9.8e-15	55.7
TkA05G473360	`PF22629`	ACT_AHAS_ss	85	111	2.6e-07	31.4
TkA05G473360	`PF22754`	bHLH-TF_ACT-like_plant	104	156	1.6e-12	48.1
TkA05G473360	`PF24931`	ACT_ACR9_3rd	108	181	1.8e-17	63.9
TkA05G473360	`PF24914`	ACR10_N	108	168	3.1e-17	62.5
TkA05G473360	`PF26956`	ACT_ACR_D1	110	180	1.6e-51	172.8
TkA05G473360	`PF01842`	ACT	113	166	5.8e-34	116.2
TkA05G473360	`PF13291`	ACT_4	114	162	9.8e-15	55.7
TkA05G473360	`PF13740`	ACT_6	114	163	5.2e-11	42.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LJW3`	拟南芥	sp\|Q8LJW3\|ACR4_ARATH ACT domain-containing protein ACR4	71.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZPQ8`	拟南芥	sp\|Q9ZPQ8\|ACR5_ARATH ACT domain-containing protein ACR5	64.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SGA0`	拟南芥	sp\|Q9SGA0\|ACR6_ARATH ACT domain-containing protein ACR6	57.400%	Swiss-Prot	高置信
`O49285`	拟南芥	sp\|O49285\|ACR3_ARATH ACT domain-containing protein ACR3	51.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LNA5`	拟南芥	sp\|Q9LNA5\|ACR8_ARATH ACT domain-containing protein ACR8	47.100%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情