TkA05G468730 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G468730

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 117414440-117416882 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1366 bp · TkA05G468730|TK1151|cDNA

GGATAAAAGCTACATAACGAAACGAAGAAATAGCGGAGACTTTAACTTGACTTCATTGCTAATTTATTATCCTTGATTCCTCTGTTTTTGTTCAAAACCCCGCCCCTTTTCATTTTGCCTTTAATGTACGGACAAACTTTAGAAAAGCAATCGTCGAATTTTGATTGTTGACACTGCTACTGGATCTCCACCCACGATCACTTCCTTAGCCAGCAAGCGAATACACGTCCTTTTCTGAACGATACAACAAGAACAACAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

975 bp · TkA05G468730|TK1151|CDS

ATGGTCTCTCGACGACATAGTCAACGACGGCCTTTACGAACACCAGAGGAAACACGTACTGAATTAGCTTCCACCATGAAGATGATGTACAGAGCACCATTCGCAGAAATTTCTTCTTTAAGAAAGGCGAAAGGTAAAGAGAAAATGATGTATGATGTTACTGTTGGTGATTGGAGAAACAGTGAACGCCGAAAAGAGCCTTACAGAACTTTACCTGGTGATCTGCTTATTTTAGCAAATGGGGAACCCGGTTCTGTTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

325 aa · TkA05G468730|TK1151|PROTEIN

MVSRRHSQRRPLRTPEETRTELASTMKMMYRAPFAEISSLRKAKGKEKMMYDVTVGDWRNSERRKEPYRTLPGDLLILANGEPGSVSDLQSNKWAFLLVNNTEDDDGTPVQFKVTASQEIEIHDGMFVVFLMNITTQKRIWNSLHKHANLDIIKEILYPDSMVNEKCDECSLGCNNHIQRFDPSLVSKLNESQKAAIMAAICKMECSHKSSVEQIWGPPGTGKTMTVSVMLSIFLQMKCRTLTCAPTNVAIVAVASRVLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G468730`
TK1151 ID	TkA05G468730
OH-1004 ID	LXL04_022441
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.385 / OH-1004 10.161 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA05G468730`
位置	Chr05:117414440-117416882 (-)
描述	Similar to TRANK1: TPR and ankyrin repeat-containing protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_022441` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006283 transcription-coupled nucleotide-excision repair 生物过程 GO:0006353 DNA-templated transcription termination 生物过程 GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0006364 rRNA processing 生物过程 GO:0006369 termination of RNA polymerase II transcription 生物过程 GO:0006386 termination of RNA polymerase III transcription 生物过程 GO:0006399 tRNA metabolic process 生物过程 GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:0008033 tRNA processing 生物过程 GO:0009553 embryo sac development 生物过程 GO:0009875 pollen-pistil interaction 生物过程 GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT4G15570 hsa:9881 mmu:320429 sce:YLR430W spo:2540523 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.513

排名 1 · TkA05G468730 · TK1151

细胞质0.395

排名 2 · TkA05G468730 · TK1151

细胞膜0.089

排名 3 · TkA05G468730 · TK1151

内质网0.068

排名 4 · TkA05G468730 · TK1151

细胞外0.053

排名 5 · TkA05G468730 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01078Mg_chelatase6-23 aa

PF20073DUF646916-163 aa

PF13086AAA_11188-312 aa

PF04851ResIII188-248 aa

PF13604AAA_30189-254 aa

PF13245AAA_19209-270 aa

PF13752DUF4165210-278 aa

PF13191AAA_16214-243 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G468730	`PF01078`	Mg_chelatase	6	23	0.1	12.7
TkA05G468730	`PF20073`	DUF6469	16	163	5.1e-47	160.8
TkA05G468730	`PF13086`	AAA_11	188	312	7.3e-14	52.9
TkA05G468730	`PF04851`	ResIII	188	248	0.013	16.2
TkA05G468730	`PF13604`	AAA_30	189	254	0.00058	20.4
TkA05G468730	`PF13245`	AAA_19	209	270	6.3e-06	27.1
TkA05G468730	`PF13752`	DUF4165	210	278	0.11	13.3
TkA05G468730	`PF13191`	AAA_16	214	243	0.19	12.9
TkA05G468730	`PF00004`	AAA	215	238	0.0078	17.4
TkA05G468730	`PF01078`	Mg_chelatase	215	241	0.1	12.7
TkA05G468730	`PF13401`	AAA_22	215	239	0.25	12.4
TkA05G468730	`PF03831`	YjdM	263	312	0.0027	18.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情