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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G462030
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 115745299-115750521 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3420 bp · TkA05G462030|TK1151|cDNA

CGGCTCTTCTCTAGTTTACATGTATTCTCCTAGTATTTGGGCCTTTTTTATTTTGGCTTTTGAAACTCATTTTCGGAAACCGACGCTCGACACCATCTATTCTGCTCGCCCTCGACGCCAAACGCCACGCCATAACTCCTCTCCTGCTACCTCTGCTCCTCGCCATTAATGCTCATCGCCATTGCTGCTTCTCTTAACTGCTCGCCATAACCCCTCTGATGAAATCGATTGCCCTTTTGATGATTACGATTCTTGCCCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2691 bp · TkA05G462030|TK1151|CDS

ATGAATACACTTCTTACAGGCCGAGGGAAGTTATGCAACAAATCCTCTGATGTTTTTATTATCTGTGAGAGATTTCTATCTTCATATATTGGGGTTTCTCATCTGCAACAAAGATCCCTTTCTTCTACAAGTGGCATCAACGAAGAGCATACTGAAAATATCAATGGAAAAAGGCAATCAGTGGAGAATGTTTGCCAAATCTTGGAGAGTGGGCCATGGGGGACATCTTTAGAGAACGCTTTATCCACATACAATGAAAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

896 aa · TkA05G462030|TK1151|PROTEIN

MNTLLTGRGKLCNKSSDVFIICERFLSSYIGVSHLQQRSLSSTSGINEEHTENINGKRQSVENVCQILESGPWGTSLENALSTYNESTQTDFVISVIRKLKDVNLAVNYLQWAKKKTSQPYCPEAYNSLLMVMAKSKKFDQIEQVFEEMNLAGFGPSNTVSVELVLSCVKSHKLKQAYDLIQLMRRFKFRPAFSAYTTLIGALSTINEPDLILALFHQMQELGYEVHVHLFTTVIRVFAREGRVDAALSLLEEMRSNCVD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G462030
TK1151 IDTkA05G462030
OH-1004 IDLXL04_022354
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 24.777 / OH-1004 24.777
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G462030
位置Chr05:115745299-115750521 (+)
描述Similar to At3g06920: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g06920
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g06920 含五重复肽序列的蛋白 At3g06920。 暂无已核实直接文献
At3g62540 含五聚体重复蛋白 At3g62540，线粒体。 暂无已核实直接文献
At5g14820 含五肽重复序列的蛋白At5g14820，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g62470 含五肽重复的蛋白 At3g62470，线粒体。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022354 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006412 translation 生物过程
GO:0032544 plastid translation 生物过程
GO:0043489 RNA stabilization 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G06920
ath:AT4G31850
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.815
排名 1 · TkA05G462030 · TK1151
质体0.112
排名 2 · TkA05G462030 · TK1151
细胞核0.056
排名 3 · TkA05G462030 · TK1151
细胞质0.035
排名 4 · TkA05G462030 · TK1151
细胞膜0.012
排名 5 · TkA05G462030 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00637Clathrin83-149 aa
PF17177PPR_long94-257 aa
PF28771RMD9_mid94-149 aa
PF26719TPR_Atp25_C95-153 aa
PF29070MSC6_N98-215 aa
PF19189Mtf2101-156 aa
PF23276TPR_24104-200 aa
PF05843Suf114-149 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G462030PF00637Clathrin831490.08313.4
TkA05G462030PF17177PPR_long942572.2e-49168.4
TkA05G462030PF28771RMD9_mid941498e-0523.2
TkA05G462030PF26719TPR_Atp25_C951530.1711.8
TkA05G462030PF29070MSC6_N982155.8e-51174.5
TkA05G462030PF19189Mtf21011560.002218.5
TkA05G462030PF23276TPR_241042001.5e-43148.6
TkA05G462030PF05843Suf1141490.06212.6
TkA05G462030PF13428TPR_141231492.4e-0731.5
TkA05G462030PF24760TPR_IF140_C1231484e-0524.7
TkA05G462030PF13041PPR_21251579.6e-178577.0
TkA05G462030PF01535PPR1251531.4e-134430.0
TkA05G462030PF25569TPR_ZFYVE261251850.005117.8
TkA05G462030PF12854PPR_11261493.2e-148481.8
TkA05G462030PF13812PPR_31261567.3e-85279.7
TkA05G462030PF29978ATP18_TPR1371850.002518.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9M907拟南芥sp|Q9M907|PP217_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g0692053.000%Swiss-Prot低置信
Q3EAF8拟南芥sp|Q3EAF8|PP294_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g62540, mitochondrial21.200%Swiss-Prot低置信
Q9LEQ7拟南芥sp|Q9LEQ7|PP382_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g14820, mitochondrial21.200%Swiss-Prot低置信
Q9LZP3拟南芥sp|Q9LZP3|PP293_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g62470, mitochondrial21.200%Swiss-Prot低置信

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