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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_022354
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 148918278-148921136 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2691 bp · LXL04_022354|LXL04_022354|OH1004|cDNA

ATGAATACACTTCTTACAGGCCGAGGGAAGTTATGCAACAAATCCTCTGATGTTTTTATTATCTGTGAGAGATTCCTATCTTCATATATTGGGGTTTCTCATCTGCAACAAAGATCCCTTTCTTCTACAAGTGGCATCAACGAAGAGCATACTGAAAATATCAATGGAAAAAGGCAATCAGTGGAGGATGTTTGCCAAATCTTGGAGAGTGGGCCATGGGGGACATCTTTAGAGAACGCTTTATCCACATACAATGAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2691 bp · LXL04_022354|LXL04_022354|OH1004|CDS

ATGAATACACTTCTTACAGGCCGAGGGAAGTTATGCAACAAATCCTCTGATGTTTTTATTATCTGTGAGAGATTCCTATCTTCATATATTGGGGTTTCTCATCTGCAACAAAGATCCCTTTCTTCTACAAGTGGCATCAACGAAGAGCATACTGAAAATATCAATGGAAAAAGGCAATCAGTGGAGGATGTTTGCCAAATCTTGGAGAGTGGGCCATGGGGGACATCTTTAGAGAACGCTTTATCCACATACAATGAAAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

896 aa · LXL04_022354|LXL04_022354|OH1004|PROTEIN

MNTLLTGRGKLCNKSSDVFIICERFLSSYIGVSHLQQRSLSSTSGINEEHTENINGKRQSVEDVCQILESGPWGTSLENALSTYNESTQTDFVISVIRKLKDVNLAVNYLQWAKKKTSQPYCPEAYNSLLMVMAKSKKFDQIEQVFEEMNLAGFGPSNTVSVELVLSCVKSHKLKEAYDLIQLMRRFKFRPAFSAYTTLIGALSTINEPDLILALFHQMQELGYEVHVHLFTTVIRVFAREGRVDAALSLLEEMRSNCVD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_022354
TK1151 IDTkA05G462030
OH-1004 IDLXL04_022354
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 24.777 / OH-1004 24.777
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_022354
位置Chr04:148918278-148921136 (+)
描述Similar to At3g06920: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g06920
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g06920 含五重复肽序列的蛋白 At3g06920。 暂无已核实直接文献
At4g31850 在稳定编码细胞色素 b6-f 复合物亚基的 petL 操纵子的初级多顺反子转录本中发挥作用。
PPR motifs of the nucleus-encoded factor, PGR3, function in the selective and distinct steps of chloroplast gene expression in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02035.x
At5g59900 推测的五肽重复蛋白（pentatricopeptide repeat-containing protein）At5g59900。 暂无已核实直接文献
At5g61990 含五重复肽序列蛋白 At5g61990，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g63130 含五十二肽重复的线粒体蛋白At1g63130。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022354 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006412 translation 生物过程
GO:0032544 plastid translation 生物过程
GO:0043489 RNA stabilization 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G06920
ath:AT4G31850
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.810
排名 1 · LXL04_022354 · OH-1004
质体0.117
排名 2 · LXL04_022354 · OH-1004
细胞核0.056
排名 3 · LXL04_022354 · OH-1004
细胞质0.034
排名 4 · LXL04_022354 · OH-1004
细胞膜0.012
排名 5 · LXL04_022354 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177.11PPR_long94-256 aa
PF17177.11PPR_long214-310 aa
PF13812.13PPR_3215-275 aa
PF12854.14PPR_1224-255 aa
PF01535.27PPR231-257 aa
PF17177.11PPR_long242-360 aa
PF13041.13PPR_2262-310 aa
PF12854.14PPR_1262-290 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_022354PF17177.11PPR_long942562.4e-49168.3
LXL04_022354PF17177.11PPR_long2143102.4e-49168.3
LXL04_022354PF13812.13PPR_32152757.2e-85279.8
LXL04_022354PF12854.14PPR_12242555.4e-148481.0
LXL04_022354PF01535.27PPR2312573.1e-136435.2
LXL04_022354PF17177.11PPR_long2423602.4e-49168.3
LXL04_022354PF13041.13PPR_22623104.7e-178578.0
LXL04_022354PF12854.14PPR_12622905.4e-148481.0
LXL04_022354PF01535.27PPR2642943.1e-136435.2
LXL04_022354PF23276.3TPR_242663565.4e-43146.8
LXL04_022354PF13812.13PPR_32863447.2e-85279.8
LXL04_022354PF12854.14PPR_12933245.4e-148481.0
LXL04_022354PF13041.13PPR_22993274.7e-178578.0
LXL04_022354PF01535.27PPR2993253.1e-136435.2
LXL04_022354PF17177.11PPR_long3104352.4e-49168.3
LXL04_022354PF13041.13PPR_23313644.7e-178578.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9M907拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g0692067.791%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SZ52拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g31850, chloroplastic30.385%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9FJE6拟南芥Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g5990026.776%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9FIT7拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g61990, mitochondrial26.791%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9CAN0拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g63130, mitochondrial28.545%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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