TkA05G453310 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G453310

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 113452710-113454696 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

734 bp · TkA05G453310|TK1151|cDNA

AGCTTGCTGGTTTAATGGCCGGCCAATCGTTCTAAATGCTTCACTGATATCTCCATCAATTCACCTACGCCCTTCTCTTTGGAGCTTAGTCTGGACACACAAAAGATCATCATATCTTCAAATGCAAGCCGAATGACATAACCTTATTATTGAAAACAATGGTGTTGAAGAAGTTTCAAGAAACATCAGCATCAAATGAAAACGGAAATTCATCTACTTTTATCGAAGAAATTTCGAATAAAAAGCAACGAATCGATGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

525 bp · TkA05G453310|TK1151|CDS

ATGGTGTTGAAGAAGTTTCAAGAAACATCAGCATCAAATGAAAACGGAAATTCATCTACTTTTATCGAAGAAATTTCGAATAAAAAGCAACGAATCGATGGCCCTTTTGTCATGCCCCTATTATCAATCCCTAAACTGGAAGAAGAAAGTTCAAAGGCATCAATTATCTTATCTGGAACCGCTAAAAAAGGCAAACTGGGCCCACCTTTAGGATCCGTAGACATCGGTGTTAGCAAAACCGCGTATTTTTTTCAAGTTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

174 aa · TkA05G453310|TK1151|PROTEIN

MVLKKFQETSASNENGNSSTFIEEISNKKQRIDGPFVMPLLSIPKLEEESSKASIILSGTAKKGKLGPPLGSVDIGVSKTAYFFQVALPGVKKDPGQFSCEIEQSGMVHVKGETSTGGKSVTRHSRVFEMKFQQQSPPGQFTLSFSLPGRVDPRLFYPNFRSDGIFEAIVMKCE

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G453310`
TK1151 ID	TkA05G453310
OH-1004 ID	LXL04_022248
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G453310

位置 Chr05:113452710-113454696 (-)

描述 Similar to IDM3: Increased DNA methylation 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g20870`	作为抗沉默因子，可防止 DNA 高甲基化和基因抑制。	The methyl-CpG-binding protein MBD7 facilitates active DNA demethylation to limit DNA hyper-methylation and transcriptional gene silencing.2015 · DOI: 10.1016/j.molcel.2015.01.009
`At1g54840`	防止 DNA 高甲基化以及转基因和某些内源基因的转录沉默。	REPRESSOR OF SILENCING5 Encodes a Member of the Small Heat Shock Protein Family and Is Required for DNA Demethylation in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.126730 Regulation of active DNA demethylation by an α-crystallin domain protein in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1016/j.molcel.2014.06.008

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022248 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G20870

ath:AT1G54840

ath:AT1G54850

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.508

排名 1 · TkA05G453310 · TK1151

细胞质0.440

排名 2 · TkA05G453310 · TK1151

细胞膜0.142

排名 3 · TkA05G453310 · TK1151

内质网0.060

排名 4 · TkA05G453310 · TK1151

线粒体0.035

排名 5 · TkA05G453310 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26144ACL_Hsps-like5-28 aa

PF31004IDM_C57-172 aa

PF00011HSP2076-165 aa

PF26144ACL_Hsps-like80-152 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G453310	`PF26144`	ACL_Hsps-like	5	28	0.024	15.5
TkA05G453310	`PF31004`	IDM_C	57	172	1.1e-52	177.3
TkA05G453310	`PF00011`	HSP20	76	165	0.051	14.4
TkA05G453310	`PF26144`	ACL_Hsps-like	80	152	0.024	15.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SYQ0`	拟南芥	sp\|Q9SYQ0\|IDM3_ARATH Increased DNA methylation 3	49.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8RWL4`	拟南芥	sp\|Q8RWL4\|IDM2_ARATH Increased DNA methylation 2	53.800%	Swiss-Prot	中等置信

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