RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G439670
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 109789319-109793144 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3048 bp · TkA05G439670|TK1151|cDNA

ATAAAACTAAACGAAATAAAATATTACCTTTTTATTCTTCTAACGGTTTGACTTCAAACTTATCCTGTTCATGTAGTCTTCTAGAGACTTTCCAACCTGACGAAAATTTATCACACCCATCACCATTCAATAACCCCACCATGTTCCAAAAGAAGCATCAATGGAGTTTTGTCCCAACCTTCTACTCTTCTCCACCGCCGTATTTTTCTTCCTGATAAATTCTTCTCCAGTAGACACCATATCTGCAAATCAACGAATTG...

CDS

下载 CDS FASTA

2460 bp · TkA05G439670|TK1151|CDS

ATGGAGTTTTGTCCCAACCTTCTACTCTTCTCCACCGCCGTATTTTTCTTCCTGATAAATTCTTCTCCAGTAGACACCATATCTGCAAATCAACGAATTGCCGACGGCCAAACCGTCGTTTCAGACGGCGAGGTCTACGAACTGGGGTTTTTCAGCCCGGGAAAGTCCAAGAACCGTTACCTCGGAATATGGTACAAAAAGATATCAGCTTTTACGGTTGTGTGGGTTGCAAACAGGGAGACACCAATCAACGATACATC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

819 aa · TkA05G439670|TK1151|PROTEIN

MEFCPNLLLFSTAVFFFLINSSPVDTISANQRIADGQTVVSDGEVYELGFFSPGKSKNRYLGIWYKKISAFTVVWVANRETPINDTSGEFTVTKEGNLVILSGGNTVIWSSNSTVYVTNATTPVANPLAQLLDTGNLVVWDRNRSKESPIWESFDYPGNTLLSGMKLGKDLVTGRERSIISWKSPDDPSIGLYKAWVDTNGYPQTFVLKHLVKHTRFGPWNGIGYRGFPEEITNPIYIEEFVVNKKEVYYRYKLKSSIVQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G439670
TK1151 IDTkA05G439670
OH-1004 IDLXL04_025659
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)67.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 78.144 / OH-1004 49.960
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G439670
位置Chr05:109789319-109793144 (+)
描述Similar to At4g27290: G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g27290
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g27290 G型凝集素 S-受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At4g27290。 暂无已核实直接文献
At4g21380 参与细胞扩张和分化的调节。 暂无已核实直接文献
At4g27300 G型凝集素 S-受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 SD1-1。 暂无已核实直接文献
At1g65790 参与细胞扩张和分化的调节。 暂无已核实直接文献
UniProt: P0DH86 自交不亲和性的雌性特异性决定因子。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025659 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006955 immune response 生物过程
GO:0007165 signal transduction 生物过程
GO:0048544 recognition of pollen 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005773 vacuole 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能
GO:0004675 transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity 分子功能
GO:0005516 calmodulin binding 分子功能
GO:0005524 ATP binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G21380
ath:AT4G27290
ath:AT4G27300
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.865
排名 1 · TkA05G439670 · TK1151
内质网0.077
排名 2 · TkA05G439670 · TK1151
细胞质0.073
排名 3 · TkA05G439670 · TK1151
细胞核0.036
排名 4 · TkA05G439670 · TK1151
溶酶体／液泡0.025
排名 5 · TkA05G439670 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11883DUF340317-39 aa
PF01453B_lectin72-183 aa
PF00954S_locus_glycop216-322 aa
PF21509Ezh2-like__CXC_fung274-306 aa
PF08276PAN_2293-313 aa
PF08276PAN_2344-410 aa
PF00954S_locus_glycop356-386 aa
PF00954S_locus_glycop425-453 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G439670PF11883DUF340317390.0001622.5
TkA05G439670PF01453B_lectin721831.9e-35122.2
TkA05G439670PF00954S_locus_glycop2163222.4e-2796.4
TkA05G439670PF21509Ezh2-like__CXC_fung2743060.06114.0
TkA05G439670PF08276PAN_22933131e-1971.1
TkA05G439670PF08276PAN_23444101e-1971.1
TkA05G439670PF00954S_locus_glycop3563862.4e-2796.4
TkA05G439670PF00954S_locus_glycop4254532.4e-2796.4
TkA05G439670PF00069Pkinase5087733.3e-48165.1
TkA05G439670PF07714PK_Tyr_Ser-Thr5107761.7e-50172.4
TkA05G439670PF03109ABC15115430.0008219.3
TkA05G439670PF12330Haspin_kinase6016580.01315.2
TkA05G439670PF03109ABC16096600.0008219.3
TkA05G439670PF01636APH6226530.2511.8
TkA05G439670PF11883DUF34037828070.0001622.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O81832拟南芥sp|O81832|Y4729_ARATH G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g2729049.600%Swiss-Prot中等置信
O81905拟南芥sp|O81905|SD18_ARATH Receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-844.000%Swiss-Prot中等置信
O81833拟南芥sp|O81833|SD11_ARATH G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-145.100%Swiss-Prot中等置信
Q39086拟南芥sp|Q39086|SD17_ARATH Receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-743.100%Swiss-Prot中等置信
P0DH86拟南芥sp|P0DH86|SRK_ARATH G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase SRK45.000%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看