TkA05G439160 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G439160

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 109668093-109672892 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2672 bp · TkA05G439160|TK1151|cDNA

ATTCTTTCCTATCATTCCACTCTAATCCAAGAACATAAATTTGTGTATGTATTTCTCTTCCATTCTCTTTCATTTCTTTTTGTGAAATTCAATTTTCGAAAACAGAAATTCATACCGCTTTGAACGAAATGATTCCAAATTCTTAATAGTTAAAAAATATTAGAAAAGTTAATCGTTTAGACAGGTTATCAAAATTCAAAAACCAATCGATAGATTACAAGTTAAACACACGAAAACCTTGATGCGGCTGACACTATAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1524 bp · TkA05G439160|TK1151|CDS

ATGGATCAAAAAATCCGTTGTCCATGTGGCAGTCGACTGAAAACAGAGTTCATGATCCAGTGTTCAGATCCACAGTGTCATGTTTTACAACACATTCCATGTGTCATTATCCCATTAGAATCCACCGAAGAAGTTCCATTTCTTTCCTCTCAACATTATTGTGAAATTTGTAGAATCGATCGATGTGACCCATTTTGGAAGAGTTTGGCTCACCCTTTGTATCCTGTAAAACTTTGTGTCTCAAATGCCATGGATGATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

507 aa · TkA05G439160|TK1151|PROTEIN

MDQKIRCPCGSRLKTEFMIQCSDPQCHVLQHIPCVIIPLESTEEVPFLSSQHYCEICRIDRCDPFWKSLAHPLYPVKLCVSNAMDDDSQLVQNVETIFKITRENVHILEKSGYDVQAWCMLLNDSVPFRMQWPQYPDLKVNGIPVKTINRPGSKTLGANGRDDGPSISVFLVEGQNTISLSCSDTRSFCLGVRLVKQRNFEQVISMIPNEEEGESFTEAVNRVCRCINGGMATANDDGSSDSDLEVIADNVTINLRCPMS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G439160`
TK1151 ID	TkA05G439160
OH-1004 ID	LXL04_022015
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	93.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 81.180 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G439160

位置 Chr05:109668093-109672892 (+)

描述 Similar to SIZ1: E3 SUMO-protein ligase SIZ1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g60410`	E3 SUMO 蛋白连接酶参与调节过程。	The Arabidopsis SUMO E3 ligase SIZ1 controls phosphate deficiency responses.2005 · DOI: 10.1073/pnas.0500778102 SIZ1 small ubiquitin-like modifier E3 ligase facilitates basal thermotolerance in Arabidopsis independent of salicylic acid.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.088831 Salicylic acid-mediated innate immunity in Arabidopsis is regulated by SIZ1 SUMO E3 ligase.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02947.x SIZ1-mediated sumoylation of ICE1 controls CBF3/DREB1A expression and freezing tolerance in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.048397 Genetic analysis of SUMOylation in Arabidopsis: conjugation of SUMO1 and SUMO2 to nuclear proteins is essential.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.102285 The Arabidopsis E3 SUMO ligase SIZ1 regulates plant growth and drought responses.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.049981 The PHD domain of plant PIAS proteins mediates sumoylation of bromodomain GTE proteins.2008 · DOI: 10.1074/jbc.m708176200 Sumoylation of ABI5 by the Arabidopsis SUMO E3 ligase SIZ1 negatively regulates abscisic acid signaling.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0811088106 SUMOylation represses SnRK1 signaling in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1111/tpj.13096

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0719100`	可能的SUMO E3连接酶，可能调节磷饥饿反应。	暂无已核实直接文献
`Os05g0125000`	可能的SUMO E3连接酶，可能调节磷饥饿反应。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022015 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002758 innate immune response-activating signaling pathway 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009787 regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程

GO:0010113 negative regulation of systemic acquired resistance 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G60410

cel:CELE_W10D5.3

dosa:Os03g0719100

dosa:Os05g0125000

spo:2541580

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.825

排名 1 · TkA05G439160 · TK1151

细胞质0.313

排名 2 · TkA05G439160 · TK1151

线粒体0.033

排名 3 · TkA05G439160 · TK1151

细胞膜0.029

排名 4 · TkA05G439160 · TK1151

内质网0.017

排名 5 · TkA05G439160 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00628PHD7-57 aa

PF02891zf-MIZ19-26 aa

PF08746zf-RING-like19-35 aa

PF04810zf-Sec23_Sec2453-58 aa

PF04641Rtf2243-310 aa

PF11789zf-Nse249-299 aa

PF08746zf-RING-like251-299 aa

PF02891zf-MIZ253-301 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G439160	`PF00628`	PHD	7	57	0.0011	19.7
TkA05G439160	`PF02891`	zf-MIZ	19	26	5.2e-16	58.9
TkA05G439160	`PF08746`	zf-RING-like	19	35	6.9	7.6
TkA05G439160	`PF04810`	zf-Sec23_Sec24	53	58	0.044	14.5
TkA05G439160	`PF04641`	Rtf2	243	310	0.00056	20.1
TkA05G439160	`PF11789`	zf-Nse	249	299	0.0026	18.3
TkA05G439160	`PF08746`	zf-RING-like	251	299	6.9	7.6
TkA05G439160	`PF02891`	zf-MIZ	253	301	5.2e-16	58.9
TkA05G439160	`PF04810`	zf-Sec23_Sec24	256	265	0.044	14.5
TkA05G439160	`PF00628`	PHD	273	299	0.0011	19.7
TkA05G439160	`PF15749`	MRNIP	278	307	1.6	10.3
TkA05G439160	`PF04810`	zf-Sec23_Sec24	285	302	0.044	14.5
TkA05G439160	`PF24183`	DUF7412	398	455	0.28	12.2
TkA05G439160	`PF22038`	PRC2_EED_ins	401	449	1.4	9.7
TkA05G439160	`PF15749`	MRNIP	413	424	1.6	10.3
TkA05G439160	`PF04641`	Rtf2	416	423	0.00056	20.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q680Q4`	拟南芥	sp\|Q680Q4\|SIZ1_ARATH E3 SUMO-protein ligase SIZ1	47.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6ASW7`	水稻	sp\|Q6ASW7\|SIZ2_ORYSJ E3 SUMO-protein ligase SIZ2	52.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q6L4L4`	水稻	sp\|Q6L4L4\|SIZ1_ORYSJ E3 SUMO-protein ligase SIZ1	52.700%	Swiss-Prot	高置信

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