TkA05G435940 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G435940

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 108820692-108829133 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4845 bp · TkA05G435940|TK1151|cDNA

ATGCAGTCACCAATACAACAACCACCACCCGGATTTGAAAACAGTGGGTTTGAAAACATCCCACAACCACAACCAATACCAATCCAACCACAACAAATACCCATACAACCACCAATTCAACAACAACTTATACCACCAGGACCTGTTCAACAAAACCCAAATGTAAATACCCAACAAACAAACGTACCACCACCAATACAACTGCAACCACCACAAAACAATTTCAACAACAACCCAGGAGGAAATGCAGCAAATTGGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

4845 bp · TkA05G435940|TK1151|CDS

ATGCAGTCACCAATACAACAACCACCACCCGGATTTGAAAACAGTGGGTTTGAAAACATCCCACAACCACAACCAATACCAATCCAACCACAACAAATACCCATACAACCACCAATTCAACAACAACTTATACCACCAGGACCTGTTCAACAAAACCCAAATGTAAATACCCAACAAACAAACGTACCACCACCAATACAACTGCAACCACCACAAAACAATTTCAACAACAACCCAGGAGGAAATGCAGCAAATTGGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1614 aa · TkA05G435940|TK1151|PROTEIN

MQSPIQQPPPGFENSGFENIPQPQPIPIQPQQIPIQPPIQQQLIPPGPVQQNPNVNTQQTNVPPPIQLQPPQNNFNNNPGGNAANWGYNAGGNMGNFNQNQGRNFHQNQGNNFNFNQNNQGINWNNNNNGRNNTPNFDDEYDDGYVYNNGNNGNQGHLNNRYNVHNNPGFNGGFNNNQNFFPNLCFPQPNRQSVASHFQPSTHEDASPIIFPEGAQHHVILRPNLISIVPTFRDSTSQAMINASSGGTIMMQDSELAWQF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G435940`
TK1151 ID	TkA05G435940
OH-1004 ID	LXL04_038136
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	95.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 74.287 / OH-1004 59.602 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA05G435940`
位置	Chr05:108820692-108829133 (+)
描述	Similar to TY3B-G: Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein (Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_038136` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006313 DNA transposition 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0015074 DNA integration 生物过程 GO:0075523 viral translational frameshifting 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0042575 DNA polymerase complex 细胞组分 GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能 GO:0003677 DNA binding 分子功能 GO:0003723 RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	sce:YGR109W-B sce:YIL082W-A 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.769

排名 1 · TkA05G435940 · TK1151

细胞核0.334

排名 2 · TkA05G435940 · TK1151

内质网0.055

排名 3 · TkA05G435940 · TK1151

细胞膜0.054

排名 4 · TkA05G435940 · TK1151

线粒体0.054

排名 5 · TkA05G435940 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00098zf-CCHC301-315 aa

PF13975gag-asp_proteas624-709 aa

PF00078RVT_1972-1127 aa

PF17919RT_RNaseH_21192-1289 aa

PF17917RT_RNaseH1216-1319 aa

PF00665rve1268-1295 aa

PF17921Integrase_H2C21419-1475 aa

PF00098zf-CCHC1469-1477 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G435940	`PF00098`	zf-CCHC	301	315	1.9	9.4
TkA05G435940	`PF13975`	gag-asp_proteas	624	709	0.057	14.7
TkA05G435940	`PF00078`	RVT_1	972	1127	4.4e-28	99.2
TkA05G435940	`PF17919`	RT_RNaseH_2	1192	1289	5e-32	110.6
TkA05G435940	`PF17917`	RT_RNaseH	1216	1319	2.3e-36	124.9
TkA05G435940	`PF00665`	rve	1268	1295	4.3e-19	69.4
TkA05G435940	`PF17921`	Integrase_H2C2	1419	1475	6e-13	49.4
TkA05G435940	`PF00098`	zf-CCHC	1469	1477	1.9	9.4
TkA05G435940	`PF00665`	rve	1497	1590	4.3e-19	69.4
TkA05G435940	`PF13610`	DDE_Tnp_IS240	1514	1608	0.23	12.3
TkA05G435940	`PF29688`	TnsB_C	1546	1608	4e-06	27.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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