TkA05G432100 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G432100

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 107752623-107759359 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3726 bp · TkA05G432100|TK1151|cDNA

GGGTTCACTTATACAACTTTCAGTATCGTTTCCCCTTTTGTTCTTCGCAATTCGCAAACAAGACTCCATGGTTAGACGCCGGCGTTAGATAATTGAAAGTACAGGACGACGCCGTTTCCGATTCCGATTCCGATTCCGGTCCTGACTCCGGAGACGTTTCACCTCTATAACGCCCAATCCTTGATCTGATTTCTCCCTTCCTTCCTGGACCTCTCTCTTAGACTCTTACACGCGCATCACTTAAAATGTTCACACAGTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

3510 bp · TkA05G432100|TK1151|CDS

ATGTTCACACAGTTCGGCACCACCGCCGAGAACTTTAGCAAGGCGTCAACAATGGTGTTTCGGATCGGAACAGACGCTCACCTCTATGACGATCCTGACGATGTCAGTATTACACCTCTTCTGGACAGCAAATTCGACTCTGAAAAATGCGAAGCTCTTAAACGATTGCTCGCTCTGATTGCCCAAGGCTTAGATGTCGTTAAGAATGTTGCATCTCAGTCATTGGAGGTTAAGAAGCTTGTTTACTTATACTTGCTGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1169 aa · TkA05G432100|TK1151|PROTEIN

MFTQFGTTAENFSKASTMVFRIGTDAHLYDDPDDVSITPLLDSKFDSEKCEALKRLLALIAQGLDVVKNVASQSLEVKKLVYLYLLHYAERQVDNILTLNQTLRPNEALLSINIFQRDLGDQNPLVRAWALRTMAGIRLHVISPLVLVAVRKCARDPSVYVRKCAANALPKLNDLRLEENEASIIEIIGILLNDNSPGVVGAAAAAFASICPNNLPLIGRNYTRLCEMLPDVEEWGQIILIGILLRYVISKRGLAKESIM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G432100`
TK1151 ID	TkA05G432100
OH-1004 ID	LXL04_021931
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G432100

位置 Chr05:107752623-107759359 (+)

描述 Similar to AP3BA: AP3-complex subunit beta-A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g55480`	AP-3 复合体的一部分，是一种与接头相关的复合体，似乎与网格蛋白相关。	The AP-3 β adaptin mediates the biogenesis and function of lytic vacuoles in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.075424 The AP-3 adaptor complex is required for vacuolar function in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1038/cr.2011.99

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021931 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006882 intracellular zinc ion homeostasis 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006896 Golgi to vacuole transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0035654 clathrin-coated vesicle cargo loading, AP-3-mediated 生物过程

GO:0048499 synaptic vesicle membrane organization 生物过程

GO:0051453 regulation of intracellular pH 生物过程

GO:0065003 protein-containing complex assembly 生物过程

GO:0080171 lytic vacuole organization 生物过程

GO:0099180 zinc ion import into synaptic vesicle 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005769 early endosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G55480

bta:767602

cfa:403459

hsa:8120

mmu:11775

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.514

排名 1 · TkA05G432100 · TK1151

细胞核0.258

排名 2 · TkA05G432100 · TK1151

高尔基体0.199

排名 3 · TkA05G432100 · TK1151

细胞膜0.132

排名 4 · TkA05G432100 · TK1151

溶酶体／液泡0.131

排名 5 · TkA05G432100 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01602Adaptin_N41-642 aa

PF13646HEAT_251-75 aa

PF02985HEAT113-135 aa

PF13646HEAT_2120-206 aa

PF12717Cnd1125-268 aa

PF13513HEAT_EZ128-169 aa

PF02985HEAT149-172 aa

PF13513HEAT_EZ160-210 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G432100	`PF01602`	Adaptin_N	41	642	6.7e-86	289.7
TkA05G432100	`PF13646`	HEAT_2	51	75	5.9e-06	27.2
TkA05G432100	`PF02985`	HEAT	113	135	1.6e-07	31.6
TkA05G432100	`PF13646`	HEAT_2	120	206	5.9e-06	27.2
TkA05G432100	`PF12717`	Cnd1	125	268	3.7e-18	66.8
TkA05G432100	`PF13513`	HEAT_EZ	128	169	0.94	10.8
TkA05G432100	`PF02985`	HEAT	149	172	1.6e-07	31.6
TkA05G432100	`PF13513`	HEAT_EZ	160	210	0.94	10.8
TkA05G432100	`PF23271`	HEAT_GCN1	175	211	2.4e-05	25.2
TkA05G432100	`PF02985`	HEAT	186	212	1.6e-07	31.6
TkA05G432100	`PF23271`	HEAT_GCN1	337	366	2.4e-05	25.2
TkA05G432100	`PF23271`	HEAT_GCN1	428	478	2.4e-05	25.2
TkA05G432100	`PF12717`	Cnd1	433	474	3.7e-18	66.8
TkA05G432100	`PF13646`	HEAT_2	457	489	5.9e-06	27.2
TkA05G432100	`PF02985`	HEAT	464	475	1.6e-07	31.6
TkA05G432100	`PF13513`	HEAT_EZ	464	491	0.94	10.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M2T1`	拟南芥	sp\|Q9M2T1\|AP3BA_ARATH AP3-complex subunit beta-A	53.600%	Swiss-Prot	高置信

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