TkA05G429570 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G429570

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 107162014-107172137 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2140 bp · TkA05G429570|TK1151|cDNA

AAAAGATTCCATATTTCCATTCCGAGACAATTTCTTATTTTCCTCGTATTTTTTGAAGATAAGATTTTGAAATATCTCAGGATTGCCTTTCCCTCTCCACCTTTAACAATCCATACGCCCAAAACCCTCACTGTTACTCTCTAATTCTCACTTCAATCCTCCCTAAACCTCCAATCAATCCAGCAATTTCAATGTCGCCAGCTTCGAGATGAGTTTTGCAGCAAGTATGACCGCGCCGGCGTGTTTTCGCGGGAACGTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

2775 bp · TkA05G429570|TK1151|CDS

ATGGTGTCTGCCGGAACTTCCACCTTCCGGGATCGGACATCAGAATTCCGATCTCTGTCGGACACATTGAAAAAGATTGGGCGAATACCAGCTCCCAGTCCAGATCGATCAAATCAGCAAAACGATCCATCGACGTCATCTAAACTACCGCTAACTCCTTCTTCATCTCGATCCGAATTCAACAAGAAGGCTTCTCGTATCGGATTAGGCATCCATGAAACCTCCAAAAAAATCTCCAGACTCGCCAATCTGGCTAAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

924 aa · TkA05G429570|TK1151|PROTEIN

MVSAGTSTFRDRTSEFRSLSDTLKKIGRIPAPSPDRSNQQNDPSTSSKLPLTPSSSRSEFNKKASRIGLGIHETSKKISRLANLAKKSSIFDDPLKEIQELTALIKNDITSLNVAVSDLQTLQNIEISEGDYSQDRVVHSTAVCDDLKNKLMSATKKFQEVLTTRTENIKAHENRRQIFSTSIGRENPLRQQPKSVMDPPPWSSPPKPSPSHQPPESSGVQVGNQLRRRLAVDSTTTTSSSTPSQNTGPAMLQQQQLVPQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G429570`
TK1151 ID	TkA05G429570
OH-1004 ID	LXL04_021872
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	89.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G429570

位置 Chr05:107162014-107172137 (-)

描述 Similar to EGY2: Probable zinc metalloprotease EGY2, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g05740`	可能的膜相关金属蛋白酶，可能参与叶绿体发育。	暂无已核实直接文献
`At5g05760`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	暂无已核实直接文献
`At3g24350`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: B8AD72`	可能的膜相关金属蛋白酶，可能参与叶绿体发育。	暂无已核实直接文献
`Os01g0142100`	可能的膜相关金属蛋白酶，可能参与叶绿体发育。	暂无已核实直接文献
`Os03g0792400`	可能的膜相关金属蛋白酶，可能参与叶绿体发育。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021872 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006906 vesicle fusion 生物过程

GO:0048278 vesicle docking 生物过程

GO:0061025 membrane fusion 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0009504 cell plate 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G24350

ath:AT5G05740

ath:AT5G05760

dosa:Os01g0142100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.953

排名 1 · TkA05G429570 · TK1151

内质网0.029

排名 2 · TkA05G429570 · TK1151

高尔基体0.028

排名 3 · TkA05G429570 · TK1151

过氧化物酶体0.026

排名 4 · TkA05G429570 · TK1151

细胞质0.026

排名 5 · TkA05G429570 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11416Syntaxin-5_N5-25 aa

PF00804Syntaxin5-25 aa

PF10496Syntaxin-18_N10-67 aa

PF00804Syntaxin74-177 aa

PF11727ISG65-7578-171 aa

PF10496Syntaxin-18_N152-177 aa

PF05739SNARE264-334 aa

PF02163Peptidase_M50270-299 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G429570	`PF11416`	Syntaxin-5_N	5	25	0.00058	19.7
TkA05G429570	`PF00804`	Syntaxin	5	25	1.6	9.2
TkA05G429570	`PF10496`	Syntaxin-18_N	10	67	0.082	13.9
TkA05G429570	`PF00804`	Syntaxin	74	177	1.6	9.2
TkA05G429570	`PF11727`	ISG65-75	78	171	0.025	14.9
TkA05G429570	`PF10496`	Syntaxin-18_N	152	177	0.082	13.9
TkA05G429570	`PF05739`	SNARE	264	334	2.8e-18	66.2
TkA05G429570	`PF02163`	Peptidase_M50	270	299	1.6e-13	51.3
TkA05G429570	`PF10496`	Syntaxin-18_N	442	467	0.082	13.9
TkA05G429570	`PF27677`	EGY3_M	556	633	2.2e-33	114.7
TkA05G429570	`PF02163`	Peptidase_M50	684	855	1.6e-13	51.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FFK3`	拟南芥	sp\|Q9FFK3\|EGY2_ARATH Probable zinc metalloprotease EGY2, chloroplastic	57.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FFK1`	拟南芥	sp\|Q9FFK1\|SYP31_ARATH Syntaxin-31	60.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LK09`	拟南芥	sp\|Q9LK09\|SYP32_ARATH Syntaxin-32	48.400%	Swiss-Prot	中等置信
`B8AD72`	水稻	sp\|B8AD72\|EGY2_ORYSI Probable zinc metalloprotease EGY2, chloroplastic	72.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q0JQS5`	水稻	sp\|Q0JQS5\|EGY2_ORYSJ Probable zinc metalloprotease EGY2, chloroplastic	72.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q852K0`	水稻	sp\|Q852K0\|EGY1_ORYSJ Probable zinc metalloprotease EGY1, chloroplastic	31.100%	Swiss-Prot	中等置信

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