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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G428790
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 106937904-106948335 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

5440 bp · TkA05G428790|TK1151|cDNA

ATGTTGATGCAGTTGCCTAGCGTGGGGATCAATCCTCAGTTTATTACGTTCACCAATGTGACAATGGAGTCAGATAAGTACATTTGCGTTCGAGAAACATCTCCTCAGAATAGTGTGGTGATTATCGATATGAGCATGCCTATGCAGCCACTGAGGAGACCAATTACTGCTGACTCAGCTCTTATGAATCCTGTTTCCAAGATACTGGCTCTAAAAGCTCAACTGCCTGGAACCACTCAGGACCACTTACAAATATTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3480 bp · TkA05G428790|TK1151|CDS

ATGTTGATGCAGTTGCCTAGCGTGGGGATCAATCCTCAGTTTATTACGTTCACCAATGTGACAATGGAGTCAGATAAGTACATTTGCGTTCGAGAAACATCTCCTCAGAATAGTGTGGTGATTATCGATATGAGCATGCCTATGCAGCCACTGAGGAGACCAATTACTGCTGACTCAGCTCTTATGAATCCTGTTTCCAAGATACTGGCTCTAAAAGCTCAACTGCCTGGAACCACTCAGGACCACTTACAAATATTCAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1159 aa · TkA05G428790|TK1151|PROTEIN

MLMQLPSVGINPQFITFTNVTMESDKYICVRETSPQNSVVIIDMSMPMQPLRRPITADSALMNPVSKILALKAQLPGTTQDHLQIFNIEMKAKMKSHQMPEQVVFWKWITPKMLGMVTQTSVYHWSIEGDSEPTKMFDRTANLSNNQIINYRCDPSEKWLVLIGITPGSPERPQLVKGNMQLFSVDQQRSQALEAHAASFASFKVPGNENPSILISFATKSSNAGQVTSKLHVIELGAQPGKPSFTKKQADLFFPPDFAD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G428790
TK1151 IDTkA05G428790
OH-1004 IDLXL04_021841
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.843 / OH-1004 66.588
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G428790
位置Chr05:106937904-106948335 (-)
描述Similar to CHC1: Clathrin heavy chain 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g11130 网格蛋白是被包被的小窝和囊泡多面体外壳的主要蛋白（基于相似性）。 暂无已核实直接文献
At3g08530 网格蛋白是被包被的小窝和囊泡多面体外壳的主要蛋白（基于相似性）。
Clathrin mediates endocytosis and polar distribution of PIN auxin transporters in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.083030

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os12g0104800 网格蛋白是被包膜小窝和囊泡多面体衣壳的主要蛋白。 暂无已核实直接文献
Os11g0104900 网格蛋白是被包膜小窝和囊泡多面体衣壳的主要蛋白。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021841 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程
GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程
GO:0006897 endocytosis 生物过程
GO:0006898 receptor-mediated endocytosis 生物过程
GO:0006914 autophagy 生物过程
GO:0007030 Golgi organization 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0010118 stomatal movement 生物过程
GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程
GO:0031623 receptor internalization 生物过程
GO:0033572 transferrin transport 生物过程
GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G08530
ath:AT3G11130
mmu:67300
osa:4349546
osa:4351255
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.700
排名 1 · TkA05G428790 · TK1151
细胞核0.241
排名 2 · TkA05G428790 · TK1151
细胞膜0.148
排名 3 · TkA05G428790 · TK1151
溶酶体／液泡0.107
排名 4 · TkA05G428790 · TK1151
高尔基体0.107
排名 5 · TkA05G428790 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01394Clathrin_propel9-44 aa
PF01394Clathrin_propel50-89 aa
PF01394Clathrin_propel144-186 aa
PF01394Clathrin_propel197-237 aa
PF01394Clathrin_propel257-290 aa
PF01394Clathrin_propel298-332 aa
PF09268Clathrin-link333-356 aa
PF13838Clathrin_H_link358-423 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G428790PF01394Clathrin_propel9441.2e-36123.7
TkA05G428790PF01394Clathrin_propel50891.2e-36123.7
TkA05G428790PF01394Clathrin_propel1441861.2e-36123.7
TkA05G428790PF01394Clathrin_propel1972371.2e-36123.7
TkA05G428790PF01394Clathrin_propel2572901.2e-36123.7
TkA05G428790PF01394Clathrin_propel2983321.2e-36123.7
TkA05G428790PF09268Clathrin-link3333561.6e-0937.6
TkA05G428790PF13838Clathrin_H_link3584231.1e-2899.8
TkA05G428790PF23130IcmW4505740.1812.6
TkA05G428790PF09268Clathrin-link4744801.6e-0937.6
TkA05G428790PF00637Clathrin4975382.8e-122403.9
TkA05G428790PF00637Clathrin5466812.8e-122403.9
TkA05G428790PF00637Clathrin6908302.8e-122403.9
TkA05G428790PF00637Clathrin8399732.8e-122403.9
TkA05G428790PF00637Clathrin98211202.8e-122403.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q0WNJ6拟南芥sp|Q0WNJ6|CLAH1_ARATH Clathrin heavy chain 193.400%Swiss-Prot高置信
Q0WLB5拟南芥sp|Q0WLB5|CLAH2_ARATH Clathrin heavy chain 292.900%Swiss-Prot高置信
Q2QYW2水稻sp|Q2QYW2|CLH2_ORYSJ Clathrin heavy chain 291.900%Swiss-Prot高置信
Q2RBN7水稻sp|Q2RBN7|CLH1_ORYSJ Clathrin heavy chain 191.800%Swiss-Prot高置信

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