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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G426260
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 106303060-106308846 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4383 bp · TkA05G426260|TK1151|cDNA

TTTACAGCACCCATTAGACTGGGCGGTGTGGAAGCCCCTTATGCATTGACTACACCACTCCACAGTCCACAACCACTGCAAAAACTTTACTCTCTCTAGTGTGTGTGTGTTCATGCAAACGAGAAAGAGTCGACAATGTACTCGAACATTGAGATTTACCGATAAAAGACCACAAAAATGTTGCATAAATTTCTCTGCAGTTTTGTCTTTCCTCTAACGCATTGATTCTCTGTTTAAGCATCGATTTCTGTGCTCCGTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

3816 bp · TkA05G426260|TK1151|CDS

ATGAAGAGGAGATATAATTATTTACACCAATACACACATCAGTTTGATCCACAGCCTTTTGAAGCATACTGGAGTGGTTCATGGGCACCTGTGGAGCGAATAAGAATCAGACATGGAGTTGTTAGCACATTTATTAGTAACGAAGGAGAGAAACTGGAAGAAAGCATTCCCATGTCAGATATTCGAATAAGATCCAGAAAAGCAACTTTGGCTGATTGCTTATGCTTTTTAAGACCTGGAACAGATGTCTGTGTGCATTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1271 aa · TkA05G426260|TK1151|PROTEIN

MKRRYNYLHQYTHQFDPQPFEAYWSGSWAPVERIRIRHGVVSTFISNEGEKLEESIPMSDIRIRSRKATLADCLCFLRPGTDVCVHSSIPLTEEESSNENPKPIWIDARISSVERKPHENDKCICEFHISIYMKQNPAGMIKKTVHKDTKIVHIDQISILQKLEIKPCDSNHYRWRFSEDCNSRLVYKLFTGKFSSDLSWLIVASVFKQLTFDVKSVDNQIVYQIFDDDSDNNSSQTAVNFKLQIDTSIPFVSSFTESQE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G426260
TK1151 IDTkA05G426260
OH-1004 IDLXL04_021814
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)78.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G426260
位置Chr05:106303060-106308846 (+)
描述Similar to CLSY1: SNF2 domain-containing protein CLASSY 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g42670 可能的染色质重塑因子。
Identification of genes required for de novo DNA methylation in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.4161/epi.6.3.14242
At5g20420 可能的染色质重塑因子。 暂无已核实直接文献
At3g24340 可能的染色质重塑因子。 暂无已核实直接文献
At1g05490 可能的染色质重塑因子。 暂无已核实直接文献
At2g16390 染色质重塑复合物的亚基，介导 RNA 聚合酶 IV 和 V招募至染色质。
Atypical RNA polymerase subunits required for RNA-directed DNA methylation.2005 · DOI: 10.1038/ng1580
A SNF2-like protein facilitates dynamic control of DNA methylation.2005 · DOI: 10.1038/sj.embor.7400446
Endogenous targets of RNA-directed DNA methylation and Pol IV in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7601150
RNAi, DRD1, and histone methylation actively target developmentally important non-CG DNA methylation in arabidopsis.2006 · DOI: 10.1371/journal.pgen.0020083
A structural-maintenance-of-chromosomes hinge domain-containing protein is required for RNA-directed DNA methylation.2008 · DOI: 10.1038/ng.119
Noncoding transcription by RNA polymerase Pol IVb/Pol V mediates transcriptional silencing of overlapping and adjacent genes.2008 · DOI: 10.1016/j.cell.2008.09.035
NRPD4, a protein related to the RPB4 subunit of RNA polymerase II, is a component of RNA polymerases IV and V and is required for RNA-directed DNA methylation.2009 · DOI: 10.1101/gad.1765209
Defining the functional network of epigenetic regulators in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1093/mp/ssp017
RNA polymerase V functions in Arabidopsis interphase heterochromatin organization independently of the 24-nt siRNA-directed DNA methylation pathway.2009 · DOI: 10.1093/mp/ssp006
The RNA silencing enzyme RNA polymerase v is required for plant immunity.2011 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002434
RNA polymerase V-dependent small RNAs in Arabidopsis originate from small, intergenic loci including most SINE repeats.2012 · DOI: 10.4161/epi.20290
The Arabidopsis nucleosome remodeler DDM1 allows DNA methyltransferases to access H1-containing heterochromatin.2013 · DOI: 10.1016/j.cell.2013.02.033

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021814 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0001059 transcription by RNA polymerase IV 生物过程
GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程
GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程
GO:0140745 siRNA transcription 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003682 chromatin binding 分子功能
GO:0004386 helicase activity 分子功能
GO:0005524 ATP binding 分子功能
GO:0016787 hydrolase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G05490
ath:AT3G24340
ath:AT3G42670
ath:AT5G20420
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.914
排名 1 · TkA05G426260 · TK1151
细胞质0.141
排名 2 · TkA05G426260 · TK1151
细胞膜0.028
排名 3 · TkA05G426260 · TK1151
线粒体0.026
排名 4 · TkA05G426260 · TK1151
内质网0.014
排名 5 · TkA05G426260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16719SAWADEE45-135 aa
PF16719SAWADEE194-233 aa
PF04081DNA_pol_delta_4373-425 aa
PF06420Mgm101p451-530 aa
PF04851ResIII500-531 aa
PF04081DNA_pol_delta_4508-590 aa
PF04851ResIII684-892 aa
PF00176SNF2-rel_dom688-1009 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G426260PF16719SAWADEE451356.3e-0627.0
TkA05G426260PF16719SAWADEE1942336.3e-0627.0
TkA05G426260PF04081DNA_pol_delta_43734255.28.1
TkA05G426260PF06420Mgm101p4515300.1912.0
TkA05G426260PF04851ResIII5005313.1e-0731.2
TkA05G426260PF04081DNA_pol_delta_45085905.28.1
TkA05G426260PF04851ResIII6848923.1e-0731.2
TkA05G426260PF00176SNF2-rel_dom68810095e-2072.5
TkA05G426260PF00271Helicase_C7457871.7e-1764.4
TkA05G426260PF00271Helicase_C106811851.7e-1764.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9M297拟南芥sp|Q9M297|CLSY1_ARATH SNF2 domain-containing protein CLASSY 146.300%Swiss-Prot中等置信
F4K493拟南芥sp|F4K493|CLSY2_ARATH SNF2 domain-containing protein CLASSY 246.100%Swiss-Prot中等置信
Q9LK10拟南芥sp|Q9LK10|CLSY4_ARATH SNF2 domain-containing protein CLASSY 432.100%Swiss-Prot中等置信
F4I8S3拟南芥sp|F4I8S3|CLSY3_ARATH SNF2 domain-containing protein CLASSY 332.100%Swiss-Prot中等置信
Q9SIW2拟南芥sp|Q9SIW2|CHR35_ARATH Protein CHROMATIN REMODELING 3529.700%Swiss-Prot低置信

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