TkA05G425850 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G425850

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 106202641-106214352 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3252 bp · TkA05G425850|TK1151|cDNA

AAGAAGATGGGAGTGATACATCATACATGGACCCTTAACAAAACCCCCAAAACCCCTAGGCATTAGATTCTTTTTTTTTTTCTTTTCTCCAGAACATCGGCCGACCTCCATTGTTCTTCTTCCTCGCCGGTAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATCTGTCTCTCTCGCTCGCGATTGCCGTTGCGACTAGACTGAAATTGTCATGAAATTTGTCAATGGGGGAAGAATTGACCTCTGATT...

CDS

下载 CDS FASTA

2763 bp · TkA05G425850|TK1151|CDS

ATGGGGGAAGAATTGACCTCTGATTCTACTGCAACAACAGAGGATAAAAACACAATTCAAGCAGAAGATAGTAATGCTGAAGAAGAAGAAGAAAATGATGATGGTGATGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGCAGAAGAGCCTTTTACATTAAGATTTGAAGGAGAGACAAATCCCTTGGCTCTCACGGAAGTGGATGCATTTGGAGCTCAGCCTTATGAGCAATTGGAACGCCTGGAGAATGAGTATGAAGCTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

920 aa · TkA05G425850|TK1151|PROTEIN

MGEELTSDSTATTEDKNTIQAEDSNAEEEEENDDGDEEEEEEEEDAEEPFTLRFEGETNPLALTEVDAFGAQPYEQLERLENEYEALAAKKRKANNHQGMVPGKKLRQEDFPGANFEELLAEMTYGMRRKRKIKKRGRRKGSKRKLSPEITQKLGDATLHYAHGDYEKAIPLLKEIILSSPNLPDPYHTLGLIYNATGKKKKAIDFYMLAVHLTPKDASLWKLLVTWSLEQGNHGQARYCLDRAIRADPEDVGLRYHRAS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G425850`
TK1151 ID	TkA05G425850
OH-1004 ID	LXL04_007770
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	92.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.674 / OH-1004 98.394 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA05G425850`
位置	Chr05:106202641-106214352 (+)
描述	Similar to GTF3C3: General transcription factor 3C polypeptide 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_007770` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006383 transcription by RNA polymerase III 生物过程 GO:0006384 transcription initiation at RNA polymerase III promoter 生物过程 GO:0042791 5S class rRNA transcription by RNA polymerase III 生物过程 GO:0042797 tRNA transcription by RNA polymerase III 生物过程 GO:0000127 transcription factor TFIIIC complex 细胞组分 GO:0001650 fibrillar center 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0031965 nuclear membrane 细胞组分 GO:0000995 RNA polymerase III general transcription initiation factor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	hsa:9330 sce:YGR047C spo:2539187 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.525

排名 1 · TkA05G425850 · TK1151

细胞质0.393

排名 2 · TkA05G425850 · TK1151

内质网0.068

排名 3 · TkA05G425850 · TK1151

高尔基体0.059

排名 4 · TkA05G425850 · TK1151

细胞膜0.052

排名 5 · TkA05G425850 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12569NatA_aux_su20-62 aa

PF25068ARM_TT21_4th140-175 aa

PF09613HrpB1_HrpK146-184 aa

PF29407CFAP70_TPR_C149-354 aa

PF30993CABIN1_N150-177 aa

PF24575TPR_Slam152-184 aa

PF13429TPR_15153-175 aa

PF04733Coatomer_E153-210 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G425850	`PF12569`	NatA_aux_su	20	62	0.25	10.9
TkA05G425850	`PF25068`	ARM_TT21_4th	140	175	3.5e-05	24.8
TkA05G425850	`PF09613`	HrpB1_HrpK	146	184	0.03	14.7
TkA05G425850	`PF29407`	CFAP70_TPR_C	149	354	3.8e-13	50.2
TkA05G425850	`PF30993`	CABIN1_N	150	177	0.011	16.1
TkA05G425850	`PF24575`	TPR_Slam	152	184	7.7e-05	23.7
TkA05G425850	`PF13429`	TPR_15	153	175	2.9e-07	30.9
TkA05G425850	`PF04733`	Coatomer_E	153	210	0.012	15.8
TkA05G425850	`PF25058`	ARM_TT21	154	199	0.00018	22.2
TkA05G425850	`PF10602`	RPN7	156	177	0.00021	21.8
TkA05G425850	`PF13428`	TPR_14	157	189	1.1e-17	63.5
TkA05G425850	`PF13432`	TPR_16	157	218	1.7e-11	45.0
TkA05G425850	`PF25063`	ARM_TT21_C	157	215	8e-05	23.3
TkA05G425850	`PF14561`	TPR_20	157	179	0.00031	21.7
TkA05G425850	`PF25064`	ARM_TT21_5th	157	206	0.00042	21.3
TkA05G425850	`PF22860`	DUF7017	157	247	0.002	18.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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