TkA05G421030 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G421030

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 104901221-104904526 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2178 bp · TkA05G421030|TK1151|cDNA

AAAAAATGTAGACATTTGTTGGTCTTTTAGCCTTCGGCCTTCGAGACACGGTCTTCTTTCCCCCACTGCACTACGTCTAGTTGTTCTAGATCCGCCCCATTTCCCATTTCCCATTTCCCTTTTCTTTCTTAATTGGAGTATTTATTTATAATCTTCCCCCACTTTGCAGCCATTACACGCTTCTTCTTATTCAATTCAATTCTTTATTGTTTTCATCCCCTCTTCCAAATTTGAATTGAATCTTTCAACTACACAAACCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1404 bp · TkA05G421030|TK1151|CDS

ATGGAAACACCAGGTGTGAGCGTTGATACGGCGAATTCTGATGTGTTTGGGAGTGATAATTTATCTTCGGGTAACAGTTTATCTCCGAGGATCATGAGTAGAAGTAGCTCTTCAAGGAGGACGACGACAGCGACGGCGACGGCGTCTCCTTCGTTTCCTGTAATTCGATTTTTACAAGCACCTGTAACTACTGTACTGGAATATTCTGGTGTTCTTCGACCTAGGTCAAACAGCGATTACCGTGAATCAGAGAGCTTGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

467 aa · TkA05G421030|TK1151|PROTEIN

METPGVSVDTANSDVFGSDNLSSGNSLSPRIMSRSSSSRRTTTATATASPSFPVIRFLQAPVTTVLEYSGVLRPRSNSDYRESESLIHDHRHHDTRSSSDSDTATSSNNGDNGEVSIRIIGAVDPEEQHGGEGGEPVVSNTGESDGGDREMADSSDVDGENGRSESHSDSSYQQRYDMQQVSRWIEQILPFSLLLLIVFIRQHLQGFFVTIYVTAFMYKSNDILRKQTALKGERRLSVLAGYFIVFILHVIGVYWWYQND...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G421030`
TK1151 ID	TkA05G421030
OH-1004 ID	LXL04_019088
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	58.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.079 / OH-1004 95.592 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA05G421030`
位置	Chr05:104901221-104904526 (-)
描述	Similar to RNFT2: RING finger and transmembrane domain-containing protein 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_019088` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程 GO:1904294 positive regulation of ERAD pathway 生物过程 GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分 GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0008270 zinc ion binding 分子功能 GO:0043130 ubiquitin binding 分子功能 GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	hsa:51136 hsa:84900 mmu:269695 pon:100174460 xla:414607 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.498

排名 1 · TkA05G421030 · TK1151

高尔基体0.296

排名 2 · TkA05G421030 · TK1151

细胞核0.141

排名 3 · TkA05G421030 · TK1151

细胞质0.139

排名 4 · TkA05G421030 · TK1151

细胞膜0.079

排名 5 · TkA05G421030 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27836GIP418-107 aa

PF14018DUF4234211-257 aa

PF17120zf-RING_16248-262 aa

PF14018DUF4234352-366 aa

PF26037zf-RING_DCST1_C402-411 aa

PF13920zf-C3HC4_3404-447 aa

PF12678zf-rbx1404-444 aa

PF13639zf-RING_2405-444 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G421030	`PF27836`	GIP4	18	107	2.5	7.2
TkA05G421030	`PF14018`	DUF4234	211	257	3.2	8.8
TkA05G421030	`PF17120`	zf-RING_16	248	262	0.002	18.4
TkA05G421030	`PF14018`	DUF4234	352	366	3.2	8.8
TkA05G421030	`PF26037`	zf-RING_DCST1_C	402	411	7.4	7.4
TkA05G421030	`PF13920`	zf-C3HC4_3	404	447	1.1e-10	41.9
TkA05G421030	`PF12678`	zf-rbx1	404	444	2e-07	31.9
TkA05G421030	`PF13639`	zf-RING_2	405	444	3.9e-11	43.7
TkA05G421030	`PF13923`	zf-C3HC4_2	405	443	4.9e-09	36.6
TkA05G421030	`PF17120`	zf-RING_16	405	441	0.002	18.4
TkA05G421030	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	405	445	0.037	14.8
TkA05G421030	`PF11789`	zf-Nse	405	443	0.12	12.9
TkA05G421030	`PF12773`	DZR	405	443	4.7	8.2
TkA05G421030	`PF00097`	zf-C3HC4	406	443	3.4e-10	40.3
TkA05G421030	`PF13445`	zf-RING_UBOX	406	441	1.2e-08	35.5
TkA05G421030	`PF14634`	zf-RING_5	406	444	7.8e-08	32.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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