TkA05G418350 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G418350

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 104162014-104166814 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1240 bp · TkA05G418350|TK1151|cDNA

CAAACACACAAAATCAATGGCTACCAATTCTTCACATTTCCTCTTCTTATTATATCTTCTCACTTTTTTCACATTTGCATTTGCCATAAGACCAAAACACTTCAACATATCAACCGTCGCCACCCACTGGGCCTCTGCCACCGCCACTTGGTATGGCAGTCCCGATGGTGCAGGAAGTGATGGAGGTTCATGTGGGTATGGAACGGCAGTGTCAAAAGCACCATTTTCTTCCATGGTGACTGGAATTGGTCCATCTCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

804 bp · TkA05G418350|TK1151|CDS

ATGGCTACCAATTCTTCACATTTCCTCTTCTTATTATATCTTCTCACTTTTTTCACATTTGCATTTGCCATAAGACCAAAACACTTCAACATATCAACCGTCGCCACCCACTGGGCCTCTGCCACCGCCACTTGGTATGGCAGTCCCGATGGTGCAGGAAGTGATGGAGGTTCATGTGGGTATGGAACGGCAGTGTCAAAAGCACCATTTTCTTCCATGGTGACTGGAATTGGTCCATCTCTTTACAATGGAGGGAAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

267 aa · TkA05G418350|TK1151|PROTEIN

MATNSSHFLFLLYLLTFFTFAFAIRPKHFNISTVATHWASATATWYGSPDGAGSDGGSCGYGTAVSKAPFSSMVTGIGPSLYNGGKECGACYEVKCTKHPACSHKPARVVITDFCPGGKCAAGHGHFDLSGTAFGAMAKPGQEKHLRDAGDLQIRFARVECDYSRSNIVFHVDQGSNPNYFAVVVEFEEGDGDLGGVSLKEENSTKWLKMVQSWGAVWKVDPGRELHPPFSIRLISQYSKRVLVAKDVIPSGWKPGSIYR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G418350`
TK1151 ID	TkA05G418350
OH-1004 ID	LXL04_021745
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G418350

位置 Chr05:104162014-104166814 (-)

描述 Similar to EXPB2: Putative expansin-B2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g65680`	可能通过破坏纤维素微纤维与基质葡聚糖之间的非共价键导致植物细胞壁松弛和伸长。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0658800`	可能通过破坏纤维素微纤维与基质葡聚糖之间的非共价键导致植物细胞壁松弛和伸长。	暂无已核实直接文献
`Os04g0552000`	可能通过破坏纤维素微纤维与基质葡聚糖之间的非共价键导致植物细胞壁松弛和伸长。	暂无已核实直接文献
`Os05g0246300`	可能通过破坏纤维素微纤维与基质葡聚糖之间的非共价键导致植物细胞壁松弛和伸长。	暂无已核实直接文献
`Os02g0658600`	可能通过破坏纤维素微纤维与基质葡聚糖之间的非共价键导致植物细胞壁松弛和伸长。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021745 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0009828 plant-type cell wall loosening 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G65680

dosa:Os02g0658600

dosa:Os02g0658800

dosa:Os04g0552000

dosa:Os05g0246300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.426

排名 1 · TkA05G418350 · TK1151

溶酶体／液泡0.212

排名 2 · TkA05G418350 · TK1151

细胞质0.110

排名 3 · TkA05G418350 · TK1151

内质网0.102

排名 4 · TkA05G418350 · TK1151

细胞膜0.087

排名 5 · TkA05G418350 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29515Expansin_N10-141 aa

PF07853DUF164833-48 aa

PF03330DPBB_141-59 aa

PF22514EXPB1_D141-161 aa

PF03330DPBB_179-142 aa

PF07853DUF1648126-139 aa

PF01357Expansin_C168-250 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G418350	`PF29515`	Expansin_N	10	141	8.7e-12	46.0
TkA05G418350	`PF07853`	DUF1648	33	48	7.3	7.1
TkA05G418350	`PF03330`	DPBB_1	41	59	4.3e-17	62.8
TkA05G418350	`PF22514`	EXPB1_D1	41	161	1.6e-05	26.0
TkA05G418350	`PF03330`	DPBB_1	79	142	4.3e-17	62.8
TkA05G418350	`PF07853`	DUF1648	126	139	7.3	7.1
TkA05G418350	`PF01357`	Expansin_C	168	250	3.1e-23	82.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SHY6`	拟南芥	sp\|Q9SHY6\|EXPB2_ARATH Putative expansin-B2	54.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q6H676`	水稻	sp\|Q6H676\|EXB11_ORYSJ Expansin-B11	60.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q7XT40`	水稻	sp\|Q7XT40\|EXB15_ORYSJ Expansin-B15	58.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q5W6Z9`	水稻	sp\|Q5W6Z9\|EXB18_ORYSJ Expansin-B18	53.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q6H677`	水稻	sp\|Q6H677\|EXB14_ORYSJ Putative expansin-B14	53.800%	Swiss-Prot	高置信

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