TkA05G415100 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G415100

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 103249100-103257213 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3619 bp · TkA05G415100|TK1151|cDNA

TCGTAAATAGCTACCGCCATAGGGAGATTTAGGAAAACAAAATGCGCGCCAATAACTTCACATAACCGTCCTCACTCTTAAATTCTCAAAAACCCTTCCCTCAAAACCCCCCTCCGCGATCCCCGTCGCACCGCCACCGTAATGGGAAAGCAAAAACAACAAGCTATTTCCCGTTTCTTCGCTCCCAAACCAAAACCATCATCAACGTCGCCTCCACCGTCACCACCGCCGTCGCAATCACTTCTTCCGAACTCGTCAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

3237 bp · TkA05G415100|TK1151|CDS

ATGGGAAAGCAAAAACAACAAGCTATTTCCCGTTTCTTCGCTCCCAAACCAAAACCATCATCAACGTCGCCTCCACCGTCACCACCGCCGTCGCAATCACTTCTTCCGAACTCGTCAACACCTCCCCCTAAAATCTCCGCCACCGTCACCTACTCCCCTCTCAAACGCCTCCGTACCTCCCAGCTCATATCTCCAATAAAAAAACCTCCCAAAAGCCCCCGATTATCCTCCAATCCCGACCTTGCGGAATCATCTCAACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1078 aa · TkA05G415100|TK1151|PROTEIN

MGKQKQQAISRFFAPKPKPSSTSPPPSPPPSQSLLPNSSTPPPKISATVTYSPLKRLRTSQLISPIKKPPKSPRLSSNPDLAESSQRKPSPHSQNPKPPSSNPTLHEKFISKLLEPSDEDTSNVPSSDAKASLNPKYTPLEQQVVELKAKYKDVLLMIEVGYKFRFFGEDAENAAKVLGIYAHVDRNFLTASIPTFRLNVHVRRLVSAGYKVGVVKQTETASIKAHGSNKTGPFCRDLSALYTKATLEAAEDVGGGEEEC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G415100`
TK1151 ID	TkA05G415100
OH-1004 ID	LXL04_021664
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.814 / OH-1004 99.815 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G415100

位置 Chr05:103249100-103257213 (+)

描述 Similar to MSH3: DNA mismatch repair protein MSH3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g25540`	复制后 DNA 错配修复系统的组成部分。	Arabidopsis MutS homologs-AtMSH2, AtMSH3, AtMSH6, and a novel AtMSH7-form three distinct protein heterodimers with different specificities for mismatched DNA.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.6.991

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021664 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006298 mismatch repair 生物过程

GO:0006312 mitotic recombination 生物过程

GO:0043570 maintenance of DNA repeat elements 生物过程

GO:0045910 negative regulation of DNA recombination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0032302 MutSbeta complex 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003684 damaged DNA binding 分子功能

GO:0003690 double-stranded DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

act:ACLA_006180

ath:AT4G25540

hsa:4437

mmu:17686

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.938

排名 1 · TkA05G415100 · TK1151

细胞质0.100

排名 2 · TkA05G415100 · TK1151

细胞膜0.020

排名 3 · TkA05G415100 · TK1151

质体0.019

排名 4 · TkA05G415100 · TK1151

内质网0.012

排名 5 · TkA05G415100 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01624MutS_I138-248 aa

PF05188MutS_II289-382 aa

PF05192MutS_III447-767 aa

PF28655SUV2_C554-667 aa

PF05188MutS_II578-621 aa

PF05190MutS_IV642-714 aa

PF00488MutS_V822-1023 aa

PF28655SUV2_C941-958 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G415100	`PF01624`	MutS_I	138	248	3.7e-24	85.8
TkA05G415100	`PF05188`	MutS_II	289	382	1.4e-06	29.6
TkA05G415100	`PF05192`	MutS_III	447	767	7e-37	128.4
TkA05G415100	`PF28655`	SUV2_C	554	667	2.4	8.6
TkA05G415100	`PF05188`	MutS_II	578	621	1.4e-06	29.6
TkA05G415100	`PF05190`	MutS_IV	642	714	9.1e-06	26.6
TkA05G415100	`PF00488`	MutS_V	822	1023	1.8e-66	224.5
TkA05G415100	`PF28655`	SUV2_C	941	958	2.4	8.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O65607`	拟南芥	sp\|O65607\|MSH3_ARATH DNA mismatch repair protein MSH3	58.100%	Swiss-Prot	高置信

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