TkA05G389060 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G389060

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 96701536-96710197 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

863 bp · TkA05G389060|TK1151|cDNA

CGACAAAGAAGTGAATCAACTAATTTTTTGAATTTGATACTCTAGTGTTGTGAGATATAACTATTTCATAACACAATATCACAGACTAGCTGGACCATCGAAAACAAACACCGGATCAACGTCAATGCCGTCGGCTCCTGTAATCGGGGTGGTAATATTTCTGCTCAAGGACAACACGGTTCTTTTAGGGCGTCGCCGAGCTTCAGTCGGCGACAACACCTTCGCACTACCCGGCGGCCGCCTTGAGTTTGGTGAAAGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

639 bp · TkA05G389060|TK1151|CDS

CCCAATTCGAATTTGTATATACTCGCGCGTGATTCGGAGTTTCAATCAATATTCCTAAGTCGGCTCTTTCGGCTTCTCGTCGGCGGCTACTTCATCGCCATCCCGACAAAGATGCCAACAACTAAAAGGTTGCGACAGATAGACGATGAACCGACTTCTGTGCAAATTATTTATAAATTGTTATCAAGGAAGAGCAAAAAGAAACTTGAGGAACTCTTACATCAATGGACTGAGTGGCATGCTCAAGAATGCTCTTTATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

212 aa · TkA05G389060|TK1151|PROTEIN

PNSNLYILARDSEFQSIFLSRLFRLLVGGYFIAIPTKMPTTKRLRQIDDEPTSVQIIYKLLSRKSKKKLEELLHQWTEWHAQECSLSEVSDEELESGEETYLPALNVGSERSCIISVYMDNQVNKKQRTQDSQISNNSVPVYDRNFPLLVSNHDVANKESSWTIENKHRINVNAVGSCNRGGNISAQGQHGSFRASPSFSRRQHLRTTRRPP

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G389060`
TK1151 ID	TkA05G389060
OH-1004 ID	LXL04_021414
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	70.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 73.585 / OH-1004 21.007 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G389060

位置 Chr05:96701536-96710197 (-)

描述 Similar to NUDT1: Nudix hydrolase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g68760`	介导一些核苷二磷酸衍生物的水解。	A nudix enzyme removes pyrophosphate from dihydroneopterin triphosphate in the folate synthesis pathway of bacteria and plants.2005 · DOI: 10.1074/jbc.m413759200 Comprehensive analysis of cytosolic Nudix hydrolases in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1074/jbc.m503536200 AtNUDX1, an 8-oxo-7,8-dihydro-2'-deoxyguanosine 5'-triphosphate pyrophosphohydrolase, is responsible for eliminating oxidized nucleotides in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm112

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021414 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0000302 response to reactive oxygen species 生物过程

GO:0006195 purine nucleotide catabolic process 生物过程

GO:0006203 dGTP catabolic process 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009217 purine deoxyribonucleoside triphosphate catabolic process 生物过程

GO:0031124 mRNA 3'-end processing 生物过程

GO:0042178 xenobiotic catabolic process 生物过程

GO:0042262 DNA protection 生物过程

GO:0055086 nucleobase-containing small molecule metabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ag:AFW17224

ath:AT1G68760

hsa:55270

mmu:214254

mmu:70650

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.535

排名 1 · TkA05G389060 · TK1151

细胞质0.400

排名 2 · TkA05G389060 · TK1151

细胞膜0.074

排名 3 · TkA05G389060 · TK1151

线粒体0.062

排名 4 · TkA05G389060 · TK1151

内质网0.045

排名 5 · TkA05G389060 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01834XRCC1_N52-129 aa

PF16357PepSY_TM_like_255-120 aa

PF07403DUF150576-132 aa

PF04969CS113-172 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G389060	`PF01834`	XRCC1_N	52	129	0.17	12.6
TkA05G389060	`PF16357`	PepSY_TM_like_2	55	120	0.28	11.9
TkA05G389060	`PF07403`	DUF1505	76	132	0.0073	17.2
TkA05G389060	`PF04969`	CS	113	172	0.018	16.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9CA40`	拟南芥	sp\|Q9CA40\|NUDT1_ARATH Nudix hydrolase 1	63.200%	Swiss-Prot	高置信

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