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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G387240
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 96227966-96229463 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1379 bp · TkA05G387240|TK1151|cDNA

AAACAAATAAGATTTTATTAGTTCTATTATTTAATAATCCTAATAAAGATACAATATATGCACCATAGACAATAAGCTTTGCAAGTGTTCCTATATATACTCAACCTTTCTCTTACACCCATTTCATAAACATCATATTTCTCTCCCTCAAGAACCTCATTCTCCCTCTTGTTTCTAATCATAATGGATGGAAGTTCCACAGAAGAACAAAGCACAACTACTGAAACAACTTCAACGGTCGCTGCACCGGTGACTTCGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

984 bp · TkA05G387240|TK1151|CDS

ATGGATGGAAGTTCCACAGAAGAACAAAGCACAACTACTGAAACAACTTCAACGGTCGCTGCACCGGTGACTTCGCCGCCACTGATCGGAAGTGGTGGCAGCGTTGTTCTCGACATGGAAGGTGGTTTAGAAGCCGAGTCAAGGAAGTTGCCTTCCTCAAGGTTCAAAGGTGTAGTCCCACAGCCTAACGGCCGTTGGGGTGCTCAGATTTACGAGAAGCACCAACGCGTGTGGCTTGGAACCTTCAACGAAGAACATGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

327 aa · TkA05G387240|TK1151|PROTEIN

MDGSSTEEQSTTTETTSTVAAPVTSPPLIGSGGSVVLDMEGGLEAESRKLPSSRFKGVVPQPNGRWGAQIYEKHQRVWLGTFNEEHEAAKAYDTAVQRFRGRDAVTNFKPLPADTEEAGLEASFLNSHSKSEIVDMLRKHTYNDELEQSKRSCSLNKTPFTNGFRSGQHLVNAREQLFEKTVTPSDVGKLNRLVIPKQHAEKHFPLQSGSTSKGVLLHFEDIGMKVWRFRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVKEKNLKAGDI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G387240
TK1151 IDTkA05G387240
OH-1004 IDLXL04_021401
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)97.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G387240
位置Chr05:96227966-96229463 (-)
描述Similar to RAV1: AP2/ERF and B3 domain-containing transcription factor RAV1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g13260 特异性结合由两个不相关基序 5'-CAACA-3' 和 5'-CACCTG-3' 组成的二分识别序列。
Arabidopsis RAV1 is down-regulated by brassinosteroid and may act as a negative regulator during plant development.2004 · DOI: 10.1038/sj.cr.7290197
RAV1, a novel DNA-binding protein, binds to bipartite recognition sequence through two distinct DNA-binding domains uniquely found in higher plants.1999 · DOI: 10.1093/nar/27.2.470
At1g68840 可能充当转录激活因子。
The balance between CONSTANS and TEMPRANILLO activities determines FT expression to trigger flowering.2008 · DOI: 10.1016/j.cub.2008.07.075
At1g25560 长日照植物开花时间的转录抑制因子。
The balance between CONSTANS and TEMPRANILLO activities determines FT expression to trigger flowering.2008 · DOI: 10.1016/j.cub.2008.07.075
At3g25730 可能充当转录激活因子。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0693400 含有 AP2/ERF 和 B3 结构域的蛋白 Os01g0693400。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021401 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程
GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程
GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0048366 leaf development 生物过程
GO:0048527 lateral root development 生物过程
GO:0048573 photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能
GO:0003677 DNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G13260
ath:AT1G25560
ath:AT1G68840
ath:AT3G25730
dosa:Os01g0693400
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.953
排名 1 · TkA05G387240 · TK1151
细胞质0.101
排名 2 · TkA05G387240 · TK1151
细胞膜0.030
排名 3 · TkA05G387240 · TK1151
内质网0.021
排名 4 · TkA05G387240 · TK1151
质体0.015
排名 5 · TkA05G387240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00847AP253-101 aa
PF03754At2g31720-like115-139 aa
PF03754At2g31720-like177-199 aa
PF02362B3178-278 aa
PF31239At5g26805_C179-264 aa
PF12790T6SS-SciN192-232 aa
PF03754At2g31720-like214-262 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G387240PF00847AP2531013.3e-0834.4
TkA05G387240PF03754At2g31720-like1151390.0003221.2
TkA05G387240PF03754At2g31720-like1771990.0003221.2
TkA05G387240PF02362B31782781.1e-2693.4
TkA05G387240PF31239At5g26805_C1792645.6e-0627.5
TkA05G387240PF12790T6SS-SciN1922320.1512.5
TkA05G387240PF03754At2g31720-like2142620.0003221.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9ZWM9拟南芥sp|Q9ZWM9|RAV1_ARATH AP2/ERF and B3 domain-containing transcription factor RAV169.400%Swiss-Prot高置信
P82280拟南芥sp|P82280|RAV2_ARATH AP2/ERF and B3 domain-containing transcription repressor RAV268.200%Swiss-Prot高置信
Q9C6M5拟南芥sp|Q9C6M5|RAVL1_ARATH AP2/ERF and B3 domain-containing transcription repressor TEM166.600%Swiss-Prot高置信
Q9LS06拟南芥sp|Q9LS06|RAVL4_ARATH AP2/ERF and B3 domain-containing transcription factor ARF1462.000%Swiss-Prot高置信
Q8RZX9水稻sp|Q8RZX9|Y1934_ORYSJ AP2/ERF and B3 domain-containing protein Os01g069340058.200%Swiss-Prot高置信

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