TkA05G383040 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G383040

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 95165241-95173220 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3737 bp · TkA05G383040|TK1151|cDNA

TTTGAAGTAGCAAAAAAATGAAAATGAAAAGTTACAGAAATCAGAAGATACATAACCAAACGTGCTTTCTAGTTATCAAAAATGAAAATTGAAAGATGAAAACTTAATCGGTTTCAACAAAACACGTTTTAAATTTTTTTATAAAAAAGTAAAAATAAAAACCCACCTTCGTTTTTAAAGAAAATAAAAACAGTTTTTCGAAAAAAAAAACTATTTTACCTAGGGATGACAAAATGCCCCGTTGGACCCCGTTCCTGTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2355 bp · TkA05G383040|TK1151|CDS

ATGGTGGAAGCATTGGACCTCTTTCTTAAGATCGGATTAGATAAGCGCACAGCAGAGAACACCATAGCCAACAACAAGGTTACCACGAACCTCGTCGCTGTGATTAACGAGGCAGCTGTTACCAATGGATGTGAACGGTCTACAGGCAATCTTCTTTATACAGTTGCTACAAAATTTCCTGCCAATGCCCTTGTGCATCGTCCCAAATTGCTAGGATACATTGTTTCTTCCAAGATAAAGACTCCTGCTCAAGTAGAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

784 aa · TkA05G383040|TK1151|PROTEIN

MVEALDLFLKIGLDKRTAENTIANNKVTTNLVAVINEAAVTNGCERSTGNLLYTVATKFPANALVHRPKLLGYIVSSKIKTPAQVEAAFAFLTVTGSEDLDISKFEEACGVGVEVSLEDIEHTVNEIFEEKKSAILEQRYRTNVGELFAHVRKMQPWADPKVVKNLIDSKLYALLGEKTAADNEKPVKKKKEKPVKVVEDKSTPEEAPPSEEELNPYLIFPSPEENYKVHTEVFFSDRPVLRACNSKAILEKHLKTTGGK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G383040`
TK1151 ID	TkA05G383040
OH-1004 ID	LXL04_028376
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	32.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 63.903 / OH-1004 65.410 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G383040

位置 Chr05:95165241-95173220 (+)

描述 Similar to At5g26710: Glutamate--tRNA ligase, cytoplasmic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g25350`	谷氨酰胺-tRNA合成酶，胞质。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028376 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002181 cytoplasmic translation 生物过程

GO:0006418 tRNA aminoacylation for protein translation 生物过程

GO:0006424 glutamyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0006431 methionyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0006433 prolyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0017148 negative regulation of translation 生物过程

GO:0032869 cellular response to insulin stimulus 生物过程

GO:0048608 reproductive structure development 生物过程

GO:0071346 cellular response to type II interferon 生物过程

GO:0140212 regulation of long-chain fatty acid import into cell 生物过程

GO:1901194 negative regulation of formation of translation preinitiation complex 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G26710

hsa:2058

mmu:107508

sce:YGL245W

spo:2542408

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.790

排名 1 · TkA05G383040 · TK1151

细胞核0.317

排名 2 · TkA05G383040 · TK1151

内质网0.080

排名 3 · TkA05G383040 · TK1151

线粒体0.057

排名 4 · TkA05G383040 · TK1151

细胞膜0.040

排名 5 · TkA05G383040 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04558tRNA_synt_1c_R13-160 aa

PF21609Toxofilin-like_dom79-140 aa

PF04557tRNA_synt_1c_R2163-235 aa

PF00749tRNA-synt_1c260-565 aa

PF03950tRNA-synt_1c_C568-672 aa

PF20974tRNA-synt_1c_C2682-759 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G383040	`PF04558`	tRNA_synt_1c_R1	3	160	4.9e-52	176.9
TkA05G383040	`PF21609`	Toxofilin-like_dom	79	140	0.14	12.9
TkA05G383040	`PF04557`	tRNA_synt_1c_R2	163	235	1.5e-09	39.2
TkA05G383040	`PF00749`	tRNA-synt_1c	260	565	5.4e-121	404.0
TkA05G383040	`PF03950`	tRNA-synt_1c_C	568	672	8.7e-19	68.2
TkA05G383040	`PF20974`	tRNA-synt_1c_C2	682	759	7.5e-19	69.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W4F3`	拟南芥	sp\|Q8W4F3\|SYQ_ARATH Glutamine--tRNA ligase, cytoplasmic	77.100%	Swiss-Prot	高置信

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