TkA05G380210 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G380210

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 94437574-94442420 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2978 bp · TkA05G380210|TK1151|cDNA

CGTAAACCTCTATGGGCTCATGTTAGGTCCAAGTTTTACATTCCCAAACCGACCCGTTTCTACTCCTAAAACCCCGCTGCTTTTGCTAAATCTCTTCTCCTGAAACGATTACCTCCGCCGTCGCCTGAACAAAGTTACCCTCGCCGTCGATTTCGCGACTCCGTCACACGCATAGACACACCGAAGCACCGAAATATCGTCTCCGGCCATGGTTAAAAATGGATCAGTGGATGTGGAGAGAGTGTTCATAGGAGGAGGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2394 bp · TkA05G380210|TK1151|CDS

ATGGTTAAAAATGGATCAGTGGATGTGGAGAGAGTGTTCATAGGAGGAGGATGCAACCGAATTGTTAACAATGTTTCCTGGGGTGCCTGCGGTTTAGTTTCTTTCGGCTCTCAAAATGCCGTCTCCATTTTTTGTCCGAAGGCTGCGAAGATATTAACTACACTACCAGGGCATAAGGCTTCAGTGAACTGTACTCATTGGCTTCCAAGCAGCAAGTTCGCATTTCAAGCTACCAGTTGGGAGAAGCATTATCTACTCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

797 aa · TkA05G380210|TK1151|PROTEIN

MVKNGSVDVERVFIGGGCNRIVNNVSWGACGLVSFGSQNAVSIFCPKAAKILTTLPGHKASVNCTHWLPSSKFAFQATSWEKHYLLSGDAEGAIILWEFSPAEDKWSNVSQLLQSHKKGVTCITAFLTSQTEAIIASTSSDCVVNIWKIVLPSSGSDCTITCLDSLSTGLKPMVTLSLAELPGNPAHFILAMGGLDNKVHLYCGDSTGKFVRACELKGHTDWIRSLDFSLPIETNNLLLVSSSQDKGIRIWKLSLCDLDK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G380210`
TK1151 ID	TkA05G380210
OH-1004 ID	LXL04_021319
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	93.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.373 / OH-1004 99.747 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G380210

位置 Chr05:94437574-94442420 (-)

描述 Similar to ELP2: Elongator complex protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g49540`	延伸子复合物的组分，是mcm5U（5-甲氧羰基甲基尿苷）、mcm5s2U（5-甲氧羰基甲基-2-硫代尿苷）及ncm5U（5-氨甲酰甲基尿苷）等多种tRNA修饰所必需的（基于相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021319 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002098 tRNA wobble uridine modification 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006368 transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0031349 positive regulation of defense response 生物过程

GO:0031538 negative regulation of anthocyanin metabolic process 生物过程

GO:0043248 proteasome assembly 生物过程

GO:0046425 regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G49540

ddi:DDB_G0275651

mmu:58523

xtr:548516

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.686

排名 1 · TkA05G380210 · TK1151

细胞质0.398

排名 2 · TkA05G380210 · TK1151

线粒体0.036

排名 3 · TkA05G380210 · TK1151

细胞膜0.032

排名 4 · TkA05G380210 · TK1151

内质网0.029

排名 5 · TkA05G380210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12894ANAPC4_WD4019-67 aa

PF25174Beta-prop_THOC321-82 aa

PF25175Beta-prop_WDR522-148 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz23-149 aa

PF25047Beta-prop_TEP1_2nd24-63 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st32-148 aa

PF24805EIF3I32-98 aa

PF23775Beta-prop_RIG_2nd32-71 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G380210	`PF12894`	ANAPC4_WD40	19	67	5.8e-10	40.0
TkA05G380210	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	21	82	1.3e-45	156.2
TkA05G380210	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	22	148	3e-47	162.0
TkA05G380210	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	23	149	6.6e-31	108.4
TkA05G380210	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	24	63	6.2e-18	65.6
TkA05G380210	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	32	148	2e-48	165.8
TkA05G380210	`PF24805`	EIF3I	32	98	6.2e-09	36.1
TkA05G380210	`PF23775`	Beta-prop_RIG_2nd	32	71	2.9e-08	34.2
TkA05G380210	`PF24814`	WD40_Prp19	33	253	3.5e-36	125.4
TkA05G380210	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	36	261	1.2e-22	81.2
TkA05G380210	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	37	149	1.2e-40	139.9
TkA05G380210	`PF23393`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	40	79	0.014	15.3
TkA05G380210	`PF00400`	WD40	50	97	5.1e-49	163.3
TkA05G380210	`PF24105`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	50	106	3.9e-20	72.9
TkA05G380210	`PF29037`	DSE1_N	50	123	5.7e-08	32.9
TkA05G380210	`PF23869`	Beta-prop_WDR75_1st	53	99	2.6e-07	31.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I1S7`	拟南芥	sp\|F4I1S7\|ELP2_ARATH Elongator complex protein 2	64.000%	Swiss-Prot	高置信

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