TkA05G378680 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G378680

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 94066943-94074692 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6434 bp · TkA05G378680|TK1151|cDNA

AATCGATCTCCCCATCGAACCGACTTTAAAGTTTAGCCTTTTTTTTCTTCAAAGCGTCTCATCTCCCTCCAAAATCATTTTCTCTACTTATTCTAGGGTTAGGGTTTTGTTGATTTCCTATTTCCCTCTGCATGATATCCATTCGTCTTCTCCATCAACAGATCTTTGATCTCTACCGGAAAGTATGACGTTGTTCTTGTCCGACGAAGAGTACGCTCGCTGCTCCCACGACCCTTCTTTGATTGCGCAGAAAGCCGATG...

CDS

下载 CDS FASTA

5829 bp · TkA05G378680|TK1151|CDS

ATGACGTTGTTCTTGTCCGACGAAGAGTACGCTCGCTGCTCCCACGACCCTTCTTTGATTGCGCAGAAAGCCGATGCCTATATCAGAGAACTCTACAATCAACTCGAGACTGAAAAAGCCCAATACGATGCTTCCTCCATAACCGCCGAACAGACTTGCTCGATTCTCGAGCAAAAATATGTTTCTCTCAAATCTGAATTTACTGCGCTTCAATCGCAGCACTCGCAGCTCAATTCCACTCTCGAGGAACGTGTCTCTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1942 aa · TkA05G378680|TK1151|PROTEIN

MTLFLSDEEYARCSHDPSLIAQKADAYIRELYNQLETEKAQYDASSITAEQTCSILEQKYVSLKSEFTALQSQHSQLNSTLEERVSELAQIQADKHQIYLQSIGKDGEIERLSLEASELQKSKSQLLQMIEHKDLEISEKNTSIKGYLDKIVSLTENTSSKESRTRELEAELARVHTSLARLSQEKELVERHNVWLNDELTTKVNNLLELRKSHNELEADMTSKLADLERKYNDTCTSLKWKDDRVKELQSKLEALQEEL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G378680`
TK1151 ID	TkA05G378680
OH-1004 ID	LXL04_021306
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.610 / OH-1004 98.595 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G378680

位置 Chr05:94066943-94074692 (+)

描述 Similar to NUA: Nuclear-pore anchor

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g79280`	核孔复合体的组成部分。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021306 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006404 RNA import into nucleus 生物过程

GO:0006405 RNA export from nucleus 生物过程

GO:0006406 mRNA export from nucleus 生物过程

GO:0006606 protein import into nucleus 生物过程

GO:0006611 protein export from nucleus 生物过程

GO:0006913 nucleocytoplasmic transport 生物过程

GO:0006999 nuclear pore organization 生物过程

GO:0007094 mitotic spindle assembly checkpoint signaling 生物过程

GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程

GO:0010965 regulation of mitotic sister chromatid separation 生物过程

GO:0016973 poly(A)+ mRNA export from nucleus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G79280

cthr:CTHT_0041070

hsa:7175

mmu:108989

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.695

排名 1 · TkA05G378680 · TK1151

细胞质0.264

排名 2 · TkA05G378680 · TK1151

高尔基体0.046

排名 3 · TkA05G378680 · TK1151

细胞膜0.030

排名 4 · TkA05G378680 · TK1151

内质网0.021

排名 5 · TkA05G378680 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07926TPR_MLP1_222-83 aa

PF12325TMF_TATA_bd30-94 aa

PF02016Peptidase_S6648-97 aa

PF25785TPR52-95 aa

PF06005ZapB59-96 aa

PF25481Nucleoprot-TPR62-99 aa

PF12325TMF_TATA_bd62-139 aa

PF06005ZapB108-141 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G378680	`PF07926`	TPR_MLP1_2	22	83	5e-25	88.7
TkA05G378680	`PF12325`	TMF_TATA_bd	30	94	0.013	16.3
TkA05G378680	`PF02016`	Peptidase_S66	48	97	2.3	9.1
TkA05G378680	`PF25785`	TPR	52	95	2.3e-24	86.5
TkA05G378680	`PF06005`	ZapB	59	96	0.0037	18.4
TkA05G378680	`PF25481`	Nucleoprot-TPR	62	99	6e-22	78.2
TkA05G378680	`PF12325`	TMF_TATA_bd	62	139	0.013	16.3
TkA05G378680	`PF06005`	ZapB	108	141	0.0037	18.4
TkA05G378680	`PF21928`	XLF_CC	116	137	6.5	7.4
TkA05G378680	`PF07926`	TPR_MLP1_2	136	235	5e-25	88.7
TkA05G378680	`PF06005`	ZapB	142	192	0.0037	18.4
TkA05G378680	`PF12325`	TMF_TATA_bd	163	258	0.013	16.3
TkA05G378680	`PF25481`	Nucleoprot-TPR	170	249	6e-22	78.2
TkA05G378680	`PF02016`	Peptidase_S66	185	235	2.3	9.1
TkA05G378680	`PF25785`	TPR	220	292	2.3e-24	86.5
TkA05G378680	`PF06005`	ZapB	225	281	0.0037	18.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A4GSN8`	拟南芥	sp\|A4GSN8\|NUA_ARATH Nuclear-pore anchor	53.000%	Swiss-Prot	高置信

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