TkA05G335440 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G335440

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 82873671-82876238 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1014 bp · TkA05G335440|TK1151|cDNA

CAGTCCTCAAAGAATTTACTTTCTCCTGCATTTGTAGTATTGTGGTTTGAGCATCCACCAGACCAAATCAGAGAAGATGATGCCCACGTCATCACCTCTTTGACTAGTCAAGGCATCAATGTCTTCCTTCTTTCTGGTGATAAAAAAAGCTCAGCTCATTATGTTGCTTCTGTAGTCGGTATTCCAAAAGACCAGGTGATGTATGGAGTTAAACCAGATGAGAAAAGTAAGTTCATAAGCGGACTGAAGAAGGACAACCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1014 bp · TkA05G335440|TK1151|CDS

CAGTCCTCAAAGAATTTACTTTCTCCTGCATTTGTAGTATTGTGGTTTGAGCATCCACCAGACCAAATCAGAGAAGATGATGCCCACGTCATCACCTCTTTGACTAGTCAAGGCATCAATGTCTTCCTTCTTTCTGGTGATAAAAAAAGCTCAGCTCATTATGTTGCTTCTGTAGTCGGTATTCCAAAAGACCAGGTGATGTATGGAGTTAAACCAGATGAGAAAAGTAAGTTCATAAGCGGACTGAAGAAGGACAACCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

337 aa · TkA05G335440|TK1151|PROTEIN

QSSKNLLSPAFVVLWFEHPPDQIREDDAHVITSLTSQGINVFLLSGDKKSSAHYVASVVGIPKDQVMYGVKPDEKSKFISGLKKDNRNLVSMVGDGINDAAALAESHVGVAIGGEVGAASEVASIVLMGNKISQLIDALELSRQTMKTVKQNLLKDIELSKEINESFKQSSQARTKLPSGIELSVHVLTTGYWPTYPPMDVRLPHELNVYQEIFKEFYLSKYSGRRLMWQNSLGHCVLKAEFPKGKKELVVSLFQTVVLM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G335440`
TK1151 ID	TkA05G335440
OH-1004 ID	LXL04_027523
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	96.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 49.852 / OH-1004 20.217 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G335440

位置 Chr05:82873671-82876238 (-)

描述 Similar to CUL4: Cullin-4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g46210`	CUL4-RBX1-CDD（COP10-DDB1a-DET1）型E3泛素蛋白连接酶复合物的组分，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	CUL4 associates with DDB1 and DET1 and its downregulation affects diverse aspects of development in Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02810.x Arabidopsis CULLIN4 Forms an E3 Ubiquitin Ligase with RBX1 and the CDD Complex in Mediating Light Control of Development.2006 · DOI: 10.1105/tpc.106.043224 Characterization of Arabidopsis and rice DWD proteins and their roles as substrate receptors for CUL4-RING E3 ubiquitin ligases.2008 · DOI: 10.1105/tpc.107.055418 Arabidopsis DDB1-CUL4 ASSOCIATED FACTOR1 forms a nuclear E3 ubiquitin ligase with DDB1 and CUL4 that is involved in multiple plant developmental processes.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.058891 Arabidopsis CULLIN4-damaged DNA binding protein 1 interacts with CONSTITUTIVELY PHOTOMORPHOGENIC1-SUPPRESSOR OF PHYA complexes to regulate photomorphogenesis and flowering time.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.065490 DWA1 and DWA2, two Arabidopsis DWD protein components of CUL4-based E3 ligases, act together as negative regulators in ABA signal transduction.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.073783

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027523 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000082 G1/S transition of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0008283 cell population proliferation 生物过程

GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009755 hormone-mediated signaling pathway 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G46210

hsa:8450

hsa:8451

mmu:72584

mmu:99375

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.487

排名 1 · TkA05G335440 · TK1151

细胞核0.313

排名 2 · TkA05G335440 · TK1151

线粒体0.114

排名 3 · TkA05G335440 · TK1151

内质网0.102

排名 4 · TkA05G335440 · TK1151

细胞膜0.078

排名 5 · TkA05G335440 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00702Hydrolase20-105 aa

PF08282Hydrolase_322-61 aa

PF08282Hydrolase_390-128 aa

PF18306LDcluster4103-149 aa

PF19757DUF6244107-151 aa

PF26557Cullin_AB187-318 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G335440	`PF00702`	Hydrolase	20	105	3.4e-09	38.1
TkA05G335440	`PF08282`	Hydrolase_3	22	61	0.025	15.1
TkA05G335440	`PF08282`	Hydrolase_3	90	128	0.025	15.1
TkA05G335440	`PF18306`	LDcluster4	103	149	0.099	13.0
TkA05G335440	`PF19757`	DUF6244	107	151	0.33	12.2
TkA05G335440	`PF26557`	Cullin_AB	187	318	5.2e-47	160.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LGH4`	拟南芥	sp\|Q8LGH4\|CUL4_ARATH Cullin-4	87.500%	Swiss-Prot	低置信

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