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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G333000
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 81996434-81998695 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2198 bp · TkA05G333000|TK1151|cDNA

AGAAAACAGACTTTCAACACCCTTTTCGTTCTAATCCAAAACCTCACTTTTCCCTCAAATCTTCTTGTAAATCCTGCAGAATCCTAACTTTGATTTGTCAGATTATCGTCTTCTTTTCGTTATTTTGCTTTTATAAAACGATCAACATGTGTGATGAACACACTCGCCGAATTTTAACTTTTCCGGCGATTCGTCCATGCGAAACAGCAGCTCCGGCAACCCTTCTTTTCTCTCTGATCACCCTTTCGGACACCATATCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1956 bp · TkA05G333000|TK1151|CDS

ATGCGAAACAGCAGCTCCGGCAACCCTTCTTTTCTCTCTGATCACCCTTTCGGACACCATATCTTCATACAAATCCAAACCCATTTACTCCAATGCTCGAAATGCAAAGGATTCTTTTCGTCTTGTCAGCAATATCCTCGTCATCCTCGAAGAGATCCGACGAGATCAGACATGTCTGTCATGCGCGATAGTTCTCTCACTCTCGGAGCTCCATTACGTGTTTCAGAAGCTCCGGTTCTTGTTGGAAGACTGTACAAAAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

651 aa · TkA05G333000|TK1151|PROTEIN

MRNSSSGNPSFLSDHPFGHHIFIQIQTHLLQCSKCKGFFSSCQQYPRHPRRDPTRSDMSVMRDSSLTLGAPLRVSEAPVLVGRLYKIRRPDVDAYPIRKDSVDVSVEVRELVGLVKTQVLNSKLGFRPEDQRALEHLRSILDQLEHQMVPDPNNLKQVLDHLGICSWTECNKEIKFLDSEIGSEKSTSKKSDLGILSSLMGLMIYSRCTVFTTVDGERITISGDSHKSTSRHLIKSLKVDDFRCPISLEIMSDPVTLTTG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G333000
TK1151 IDTkA05G333000
OH-1004 IDLXL04_020917
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)95.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 86.022 / OH-1004 80.987
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G333000
位置Chr05:81996434-81998695 (-)
描述Similar to PUB19: U-box domain-containing protein 19
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g60190 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At1g10560 作为 E3 泛素连接酶发挥功能（通过相似性）。
The N-Terminal UND Motif of the Arabidopsis U-Box E3 Ligase PUB18 Is Critical for the Negative Regulation of ABA-Mediated Stomatal Movement and Determines Its Ubiquitination Specificity for Exocyst Subunit Exo70B1.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00347
At5g01830 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At1g29340 充当 E3 泛素连接酶。
The E3 ubiquitin ligase activity of arabidopsis PLANT U-BOX17 and its functional tobacco homolog ACRE276 are required for cell death and defense.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.039198

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020917 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程
GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程
GO:0009609 response to symbiotic bacterium 生物过程
GO:0009610 response to symbiotic fungus 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009787 regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009877 nodulation 生物过程
GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程
GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0036377 arbuscular mycorrhizal association 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G10560
ath:AT1G29340
ath:AT1G60190
ath:AT3G46510
mtr:11430446
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.524
排名 1 · TkA05G333000 · TK1151
细胞核0.395
排名 2 · TkA05G333000 · TK1151
细胞膜0.154
排名 3 · TkA05G333000 · TK1151
内质网0.060
排名 4 · TkA05G333000 · TK1151
高尔基体0.043
排名 5 · TkA05G333000 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09494Slx4134-165 aa
PF04564U-box144-160 aa
PF04564U-box240-308 aa
PF11789zf-Nse241-282 aa
PF13923zf-C3HC4_2243-281 aa
PF13445zf-RING_UBOX244-280 aa
PF00097zf-C3HC4244-281 aa
PF15227zf-C3HC4_4244-280 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G333000PF09494Slx41341650.07313.8
TkA05G333000PF04564U-box1441608.8e-1658.5
TkA05G333000PF04564U-box2403088.8e-1658.5
TkA05G333000PF11789zf-Nse2412823.4e-0627.5
TkA05G333000PF13923zf-C3HC4_22432810.02515.1
TkA05G333000PF13445zf-RING_UBOX2442801.8e-0731.7
TkA05G333000PF00097zf-C3HC42442810.008116.7
TkA05G333000PF15227zf-C3HC4_42442800.02315.5
TkA05G333000PF09494Slx42602740.07313.8
TkA05G333000PF09494Slx42993130.07313.8
TkA05G333000PF24768ARM_ARMC53455265.1e-0936.6
TkA05G333000PF25598ARM_PUB3566243.7e-1350.3
TkA05G333000PF14664RICTOR_N3704370.008415.9
TkA05G333000PF12717Cnd13744220.212.4
TkA05G333000PF00514Arm3774131.3e-1454.3
TkA05G333000PF24959FH3_FHOD1-33834210.07313.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O80742拟南芥sp|O80742|PUB19_ARATH U-box domain-containing protein 1942.600%Swiss-Prot中等置信
Q9XIJ5拟南芥sp|Q9XIJ5|PUB18_ARATH U-box domain-containing protein 1842.400%Swiss-Prot中等置信
Q9LZW3拟南芥sp|Q9LZW3|PUB16_ARATH U-box domain-containing protein 1629.200%Swiss-Prot低置信
Q9C7R6拟南芥sp|Q9C7R6|PUB17_ARATH U-box domain-containing protein 1730.300%Swiss-Prot中等置信

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