TkA05G303210 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G303210

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 74798211-74798771 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

561 bp · TkA05G303210|TK1151|cDNA

ATGGGACACAGAAACCGGTGCAGAGTTGTTACTCAACACCACAAGTGTCATAGTAGAAGTGTATATGGCATAGATTTTCACCCTGACGGCTCTTTAGCAGCATCATGCGGGCTAGATGCACTTGTGCGATTGTGGGACCTACGGACTGGGAGAAGCATTCTCGCATTGGAAGGTCATGTGAAGCCGGTTTTTGGTGTCAGTTTTTCGCCAAATGGCTATCATTTAGCAACTGGGGGAGAAGACAATAATTGTAGAATTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

561 bp · TkA05G303210|TK1151|CDS

ATGGGACACAGAAACCGGTGCAGAGTTGTTACTCAACACCACAAGTGTCATAGTAGAAGTGTATATGGCATAGATTTTCACCCTGACGGCTCTTTAGCAGCATCATGCGGGCTAGATGCACTTGTGCGATTGTGGGACCTACGGACTGGGAGAAGCATTCTCGCATTGGAAGGTCATGTGAAGCCGGTTTTTGGTGTCAGTTTTTCGCCAAATGGCTATCATTTAGCAACTGGGGGAGAAGACAATAATTGTAGAATTTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

186 aa · TkA05G303210|TK1151|PROTEIN

MGHRNRCRVVTQHHKCHSRSVYGIDFHPDGSLAASCGLDALVRLWDLRTGRSILALEGHVKPVFGVSFSPNGYHLATGGEDNNCRIWDLRTKRSLYTIPAHANLISQVKFEPQQGCFLVTASYDMTAKVWSARDFKPVKVLSAHEAKVTSVDIAGDGQSIATVSHDRTIKLWSSKNAEKEKPMDLD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G303210`
TK1151 ID	TkA05G303210
OH-1004 ID	LXL04_017554
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	55.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 40.860 / OH-1004 16.234 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA05G303210`
位置	Chr05:74798211-74798771 (-)
描述	Similar to LIS: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4-like protein
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_017554` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000244 spliceosomal tri-snRNP complex assembly 生物过程 GO:0000245 spliceosomal complex assembly 生物过程 GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions 生物过程 GO:0000387 spliceosomal snRNP assembly 生物过程 GO:0000388 spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) 生物过程 GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0001709 cell fate determination 生物过程 GO:0006396 RNA processing 生物过程 GO:0007267 cell-cell signaling 生物过程 GO:0008380 RNA splicing 生物过程 GO:0009553 embryo sac development 生物过程 GO:0009560 embryo sac egg cell differentiation 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT2G41500 bta:508735 hsa:9128 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.443

排名 1 · TkA05G303210 · TK1151

细胞核0.422

排名 2 · TkA05G303210 · TK1151

线粒体0.074

排名 3 · TkA05G303210 · TK1151

过氧化物酶体0.063

排名 4 · TkA05G303210 · TK1151

溶酶体／液泡0.060

排名 5 · TkA05G303210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12894ANAPC4_WD405-56 aa

PF25171Beta-prop_WDR36-Utp21_1st6-45 aa

PF23761Beta-prop_DCAF47-116 aa

PF23769Beta-prop_WDR75_2nd7-55 aa

PF24814WD40_Prp199-166 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz9-172 aa

PF24105Beta-prop_CAF1B_HIR110-98 aa

PF25168Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd10-81 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G303210	`PF12894`	ANAPC4_WD40	5	56	1.5e-11	45.1
TkA05G303210	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	6	45	7.4e-12	46.0
TkA05G303210	`PF23761`	Beta-prop_DCAF4	7	116	6e-09	36.0
TkA05G303210	`PF23769`	Beta-prop_WDR75_2nd	7	55	0.0036	16.9
TkA05G303210	`PF24814`	WD40_Prp19	9	166	7.3e-40	137.5
TkA05G303210	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	9	172	4.3e-27	95.9
TkA05G303210	`PF24105`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	10	98	2.3e-18	67.0
TkA05G303210	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	10	81	2.7e-16	60.5
TkA05G303210	`PF20426`	NBCH_WD40	10	52	3.8e-10	39.9
TkA05G303210	`PF23383`	Beta-prop_IFT140_1st	10	94	0.0071	15.8
TkA05G303210	`PF23393`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	11	47	3.4e-14	53.5
TkA05G303210	`PF23411`	Beta-prop_Vps41	11	50	2e-07	31.3
TkA05G303210	`PF00400`	WD40	12	46	1.3e-39	133.6
TkA05G303210	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	12	56	6.8e-38	131.3
TkA05G303210	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	12	114	8.7e-37	127.3
TkA05G303210	`PF24796`	WDR55	12	133	3.1e-18	66.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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