TkA05G300680 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G300680

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 74176386-74178679 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1855 bp · TkA05G300680|TK1151|cDNA

AAACCAATAATTATAGACCTATCAGTTATAATACGTTAACTACTCAGGTACTCGACTTTCTCAACTATAAATACGTACCTTGCTTTCTCCCTTCAAATTGAGTCGTGTATATGATCGTTTCTAAAAGAGACCGATCAAAGACTTAATCAGGTCACTGAAGAATGGGCGGTGGTGGTCAAATGTCAAAACCCCCAATATGCAATAAAAATTTAGAACCACTCCGACGAGTCCCTTATGAAAAACCTCCATTCACCATTGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1149 bp · TkA05G300680|TK1151|CDS

ATGGGCGGTGGTGGTCAAATGTCAAAACCCCCAATATGCAATAAAAATTTAGAACCACTCCGACGAGTCCCTTATGAAAAACCTCCATTCACCATTGGAGACCTTAAGAAAGCCATACCACCTCATTGTTTCAATCGATCAATCCCCCGCTCTTTCTCTTACCTCGTTCATGACCTAACTATTTCCTTCATCATCTACTACGTGGCCACCAAGTACATCCATATCCTCCCATACAACCTCTCATATGTAGCATGGCCTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

382 aa · TkA05G300680|TK1151|PROTEIN

MGGGGQMSKPPICNKNLEPLRRVPYEKPPFTIGDLKKAIPPHCFNRSIPRSFSYLVHDLTISFIIYYVATKYIHILPYNLSYVAWPVYWILQGAFLGGVWVIAHECGHHAFSNYQWLDDTVGFLLHSFLLVPYFSWKYSHRHHHSNTNSLQLDEVYVPKFKSDVTSFLIYLNNPPGRVFHLIFMHALGWPLYLIFNYTGRNYDRFACHFDPNSPIYSKSERAQIFVSDVGILAVTYLIYHVAMNKGVSWVLCIYGVPMLF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G300680`
TK1151 ID	TkA05G300680
OH-1004 ID	LXL04_020741
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	94.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.738 / OH-1004 78.556 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G300680

位置 Chr05:74176386-74178679 (-)

描述 Similar to FAD2: Delta(12) fatty acid desaturase FAD2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g12120`	ERomega-6 脂肪酸去饱和酶在 18:3 脂肪酸的生物合成中引入第二个双键。	Consequences of omega -6-oleate desaturase deficiency on lipid dynamics and functional properties of mitochondrial membranes of Arabidopsis thaliana.2001 · DOI: 10.1074/jbc.m006231200 Desaturation and hydroxylation. Residues 148 and 324 of Arabidopsis FAD2, in addition to substrate chain length, exert a major influence in partitioning of catalytic specificity.2002 · DOI: 10.1074/jbc.m200231200 Alternative oxidase involvement in cold stress response of Arabidopsis thaliana fad2 and FAD3+ cell suspensions altered in membrane lipid composition.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm061 Arabidopsis fatty acid desaturase FAD2 is required for salt tolerance during seed germination and early seedling growth.2012 · DOI: 10.1371/journal.pone.0030355 Arabidopsis FAD2 gene encodes the enzyme that is essential for polyunsaturated lipid synthesis.1994 · DOI: 10.1105/tpc.6.1.147 Functional expression of the extraplastidial Arabidopsis thaliana oleate desaturase gene (FAD2) in Saccharomyces cerevisiae.1996 · DOI: 10.1104/pp.111.1.223

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020741 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006636 unsaturated fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0016717 oxidoreductase activity, acting on paired donors, with oxidation of a pair of donors resulting in the reduction of molecular oxygen to two molecules of water 分子功能

GO:0045485 omega-6 fatty acid desaturase activity 分子功能

GO:0050184 acyl-lipid omega-6 desaturase (cytochrome b5) activity 分子功能

GO:0102985 acyl-CoA (9+3)-desaturase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G12120

gmx:547815

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.891

排名 1 · TkA05G300680 · TK1151

细胞质0.064

排名 2 · TkA05G300680 · TK1151

线粒体0.048

排名 3 · TkA05G300680 · TK1151

细胞膜0.047

排名 4 · TkA05G300680 · TK1151

细胞核0.042

排名 5 · TkA05G300680 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11960DUF347427-63 aa

PF00487FA_desaturase84-344 aa

PF02101Ocular_alb234-282 aa

PF26819Phage_T4_Y16C292-360 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G300680	`PF11960`	DUF3474	27	63	2.7e-06	28.4
TkA05G300680	`PF00487`	FA_desaturase	84	344	2.1e-29	103.8
TkA05G300680	`PF02101`	Ocular_alb	234	282	0.18	11.4
TkA05G300680	`PF26819`	Phage_T4_Y16C	292	360	0.0017	19.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P46313`	拟南芥	sp\|P46313\|FAD6E_ARATH Delta(12)-fatty-acid desaturase	64.700%	Swiss-Prot	高置信

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