TkA05G299670 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G299670

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 73897690-73901712 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1747 bp · TkA05G299670|TK1151|cDNA

ATTGGCAGCCCGCTGCAACCGATTTGCATAACGCAGCGTCAAAAGTAGACTCCATAACCAGAAGCTCCCGAGCCTTCAATTCCATTTTAACACAAATTCAGACGGATCGCACCTGGACATCGTCTTCGGAATCTGATTCAGTTCTCGCGGCATGTTGTAGACAAGTAATGGCTCATTGATTCCCAGAAAACTCCTTGATTTGGCCGCAGATCGATCAGAAAGTAGATCTTAAATCGAAACTAGCATTACATATCAATACG...

CDS

下载 CDS FASTA

1287 bp · TkA05G299670|TK1151|CDS

ATGGCAGGGGCGGCCTCTGCGCTGTTCCTCCTCGACATCAAAGGCCGTGTTCTGGTTTGGCGTGACTACCGTGGCGATGTCTCCGCAGTTCAGGCCGAGCGTTTCTTTTCTAAACTCATAGAAAAAGAGGGTGAACCAGATGCTCAAGATCCTGTTGTGTATGATAATGGTGTCACCTATATGTTCGTACAACACAACAATGTATATCTAATGACTGCATCCAGGCAGAACTGTAATGCCGCTAGCCTTCTCCTCTTTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

428 aa · TkA05G299670|TK1151|PROTEIN

MAGAASALFLLDIKGRVLVWRDYRGDVSAVQAERFFSKLIEKEGEPDAQDPVVYDNGVTYMFVQHNNVYLMTASRQNCNAASLLLFLHRVVDVFKHYFEELEEESLRDNFVVVYELLDEMMDFGYPQYTEAKILSEFIKTDAYRMEVSQRPPMAVTNAVSWRSEGIRYKKNEVFLDVVESVNILVNSNGQIVRSEVVGALKMRTFLSGMPECKLGLNDRVLLEAQGRSTKGKAIDLDDIKFHQCVRLARFENDRTISFVP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G299670`
TK1151 ID	TkA05G299670
OH-1004 ID	LXL04_020731
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G299670

位置 Chr05:73897690-73901712 (-)

描述 Similar to AP1M2: AP-1 complex subunit mu-2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g60780`	网格蛋白相关衔接蛋白复合物 1 的亚基，在反式高尔基体网络和早期内体的蛋白质分选中发挥作用。	The AP-1 μ adaptin is required for KNOLLE localization at the cell plate to mediate cytokinesis in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1093/pcp/pct048 Arabidopsis μ-adaptin subunit AP1M of adaptor protein complex 1 mediates late secretory and vacuolar traffic and is required for growth.2013 · DOI: 10.1073/pnas.1300460110 HAPLESS13, the Arabidopsis μ1 adaptin, is essential for protein sorting at the trans-Golgi network/early endosome.2013 · DOI: 10.1104/pp.113.221051
`At1g10730`	网格蛋白相关衔接蛋白复合物 1 的亚基，在反式高尔基体网络和早期内体的蛋白质分选中发挥作用。	Arabidopsis μ-adaptin subunit AP1M of adaptor protein complex 1 mediates late secretory and vacuolar traffic and is required for growth.2013 · DOI: 10.1073/pnas.1300460110

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020731 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006892 post-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006896 Golgi to vacuole transport 生物过程

GO:0007034 vacuolar transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0032438 melanosome organization 生物过程

GO:0035646 endosome to melanosome transport 生物过程

GO:0035653 clathrin-coated vesicle cargo loading, AP-1-mediated 生物过程

GO:0060155 platelet dense granule organization 生物过程

GO:0071280 cellular response to copper ion 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G10730

ath:AT1G60780

bta:504310

hsa:8907

rno:306332

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.554

排名 1 · TkA05G299670 · TK1151

高尔基体0.408

排名 2 · TkA05G299670 · TK1151

细胞膜0.210

排名 3 · TkA05G299670 · TK1151

细胞核0.132

排名 4 · TkA05G299670 · TK1151

内质网0.106

排名 5 · TkA05G299670 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01217Clat_adaptor_s7-131 aa

PF00928Adap_comp_sub159-426 aa

PF10291muHD177-202 aa

PF10291muHD268-402 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G299670	`PF01217`	Clat_adaptor_s	7	131	1.9e-07	31.9
TkA05G299670	`PF00928`	Adap_comp_sub	159	426	1.3e-96	323.7
TkA05G299670	`PF10291`	muHD	177	202	0.00018	21.9
TkA05G299670	`PF10291`	muHD	268	402	0.00018	21.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22715`	拟南芥	sp\|O22715\|AP1M2_ARATH AP-1 complex subunit mu-2	91.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SAC9`	拟南芥	sp\|Q9SAC9\|AP1M1_ARATH AP-1 complex subunit mu-1	86.200%	Swiss-Prot	高置信

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