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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G293950
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 72543349-72544602 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

717 bp · TkA05G293950|TK1151|cDNA

TCAGAGCATGGAAGCAAAGGTGTGGAGGTATTTGTTGGGGGTTTGGCTCGTTCTCTCACTGAAGACAAGGTTCACAAGGTATTCGCTGCTTGTGGAGAAATTAAAGACATGCGCTTGATAAAAGATCATATGGGCATACTAAAGGTATTTGGCTTTGTACGCTTTGCAACAAAAGAAGCTGCTGACAAAGCTCTGAAGGAATTATCCGGATCTATGTTAGAATGGAAAAAGATTGGTGTTCTTCCATCAGCTGCACAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

717 bp · TkA05G293950|TK1151|CDS

TCAGAGCATGGAAGCAAAGGTGTGGAGGTATTTGTTGGGGGTTTGGCTCGTTCTCTCACTGAAGACAAGGTTCACAAGGTATTCGCTGCTTGTGGAGAAATTAAAGACATGCGCTTGATAAAAGATCATATGGGCATACTAAAGGTATTTGGCTTTGTACGCTTTGCAACAAAAGAAGCTGCTGACAAAGCTCTGAAGGAATTATCCGGATCTATGTTAGAATGGAAAAAGATTGGTGTTCTTCCATCAGCTGCACAAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

238 aa · TkA05G293950|TK1151|PROTEIN

SEHGSKGVEVFVGGLARSLTEDKVHKVFAACGEIKDMRLIKDHMGILKVFGFVRFATKEAADKALKELSGSMLEWKKIGVLPSAAQDTLFLENLNKGWSVDDFNKVVRQVFPDVVSIHLAMPQSGSEITNKNFKNRGFAFVKFSSHATAARAFRAGTKPDFVLGGTLHPFVKWAEEDPEVDPDELAKIKIAFVRKLHSSTDEEYLKKLFMPFGKVKRVVVSNKGDFSWIYSFFSKITT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G293950
TK1151 IDTkA05G293950
OH-1004 IDLXL04_010840
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)31.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 94.118 / OH-1004 46.653
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G293950
位置Chr05:72543349-72544602 (+)
描述Similar to LIF2: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g00830 转录激活因子，在靶基因启动子上的GAGA样基序和5'-(C/G)ACGTG(G/T)C(A/G)-3'共识基序上结合DNA。
Control of flowering and cell fate by LIF2, an RNA binding partner of the polycomb complex component LHP1.2011 · DOI: 10.1371/journal.pone.0016592
The hnRNP-Q protein LIF2 participates in the plant immune response.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0099343
The Arabidopsis hnRNP-Q Protein LIF2 and the PRC1 Subunit LHP1 Function in Concert to Regulate the Transcription of Stress-Responsive Genes.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00244

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010840 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006396 RNA processing 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0007623 circadian rhythm 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:0009617 response to bacterium 生物过程
GO:0009909 regulation of flower development 生物过程
GO:0010439 regulation of glucosinolate biosynthetic process 生物过程
GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G00830
hsa:10492
mmu:56403
pon:100174508
rno:363113
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.521
排名 1 · TkA05G293950 · TK1151
细胞核0.452
排名 2 · TkA05G293950 · TK1151
细胞膜0.074
排名 3 · TkA05G293950 · TK1151
内质网0.047
排名 4 · TkA05G293950 · TK1151
线粒体0.039
排名 5 · TkA05G293950 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08777RRM_37-74 aa
PF16367RRM_79-34 aa
PF00076RRM_110-78 aa
PF28976RRM_ACIN110-71 aa
PF16842RRM_occluded19-78 aa
PF14605Nup35_RRM_222-65 aa
PF28441RRM_1136-89 aa
PF26250RRM_RdRP1_246-74 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G293950PF08777RRM_37740.01116.5
TkA05G293950PF16367RRM_79340.0116.5
TkA05G293950PF00076RRM_110785.7e-29100.5
TkA05G293950PF28976RRM_ACIN110710.001119.7
TkA05G293950PF16842RRM_occluded19780.07913.5
TkA05G293950PF14605Nup35_RRM_222650.0005820.4
TkA05G293950PF28441RRM_1136890.1912.8
TkA05G293950PF26250RRM_RdRP1_246740.007317.4
TkA05G293950PF29326RRM_MUD2_C48740.001119.7
TkA05G293950PF24572RBD_RDR650670.005817.4
TkA05G293950PF00076RRM_1901545.7e-29100.5
TkA05G293950PF29326RRM_MUD2_C1071570.001119.7
TkA05G293950PF24572RBD_RDR61261650.005817.4
TkA05G293950PF14605Nup35_RRM_21271520.0005820.4
TkA05G293950PF26250RRM_RdRP1_21291530.007317.4
TkA05G293950PF28441RRM_111291540.1912.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9ASP6拟南芥sp|Q9ASP6|HNRPQ_ARATH Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q34.900%Swiss-Prot中等置信

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