TkA05G163610 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G163610

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 42066515-42070740 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1836 bp · TkA05G163610|TK1151|cDNA

ATGTTCACAATATATCAAGCAGTCGAAGATCATATCTTTGAAAGGATCTCAAACACAAAAACATCCAAAGAAGCCTGGGAATTATTGCACAAATCATATCGGGATGAAGAGAAAGTGAAAACCATAAAATTACAAACATTGAGATGTGAATTCGATTCCCTAAGAATGAAGGACTCCGAAAGCATAGAGGAATATTACAAAAGAGTAATAACTCTACTGAATCAAATGCAAATAAATGGAGAACCAATTGAAGATAAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1836 bp · TkA05G163610|TK1151|CDS

ATGTTCACAATATATCAAGCAGTCGAAGATCATATCTTTGAAAGGATCTCAAACACAAAAACATCCAAAGAAGCCTGGGAATTATTGCACAAATCATATCGGGATGAAGAGAAAGTGAAAACCATAAAATTACAAACATTGAGATGTGAATTCGATTCCCTAAGAATGAAGGACTCCGAAAGCATAGAGGAATATTACAAAAGAGTAATAACTCTACTGAATCAAATGCAAATAAATGGAGAACCAATTGAAGATAAAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

611 aa · TkA05G163610|TK1151|PROTEIN

MFTIYQAVEDHIFERISNTKTSKEAWELLHKSYRDEEKVKTIKLQTLRCEFDSLRMKDSESIEEYYKRVITLLNQMQINGEPIEDKRVVEKILRSLTRKFEYIVVAIEESKDLAEVSLEGLLGTLQSHELRLRQFDDAPFEQAFQLQSSGQTSDQNRGNQEEYSDEKGQGKPLSQSLLENQHEQKIKCLRSDCGGEFNSIEFQNFLKEHGVHHQLTTRYIPQQNGIAERKNMTLLEMARSMLKSKNMSNSLWAEAVACAG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G163610`
TK1151 ID	TkA05G163610
OH-1004 ID	LXL04_020303
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	55.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 53.028 / OH-1004 85.736 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA05G163610`
位置	Chr05:42066515-42070740 (-)
描述	Similar to Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_020303` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0015074 DNA integration 生物过程 GO:0032196 transposition 生物过程 GO:0071897 DNA biosynthetic process 生物过程 GO:0075523 viral translational frameshifting 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0042575 DNA polymerase complex 细胞组分 GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能 GO:0003677 DNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	sce:YCL019W 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.527

排名 1 · TkA05G163610 · TK1151

细胞核0.286

排名 2 · TkA05G163610 · TK1151

线粒体0.124

排名 3 · TkA05G163610 · TK1151

过氧化物酶体0.058

排名 4 · TkA05G163610 · TK1151

内质网0.036

排名 5 · TkA05G163610 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14223Retrotran_gag_24-133 aa

PF03564DUF175923-100 aa

PF20304Sp-CxC56-86 aa

PF00665rve177-219 aa

PF29688TnsB_C185-240 aa

PF13683rve_3209-237 aa

PF25597SH3_retrovirus295-317 aa

PF20304Sp-CxC332-349 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G163610	`PF14223`	Retrotran_gag_2	4	133	4.3e-25	89.1
TkA05G163610	`PF03564`	DUF1759	23	100	0.022	15.5
TkA05G163610	`PF20304`	Sp-CxC	56	86	0.12	13.1
TkA05G163610	`PF00665`	rve	177	219	1.7e-05	25.7
TkA05G163610	`PF29688`	TnsB_C	185	240	0.00013	22.5
TkA05G163610	`PF13683`	rve_3	209	237	0.032	14.7
TkA05G163610	`PF25597`	SH3_retrovirus	295	317	3.5e-05	24.2
TkA05G163610	`PF20304`	Sp-CxC	332	349	0.12	13.1
TkA05G163610	`PF29688`	TnsB_C	474	515	0.00013	22.5
TkA05G163610	`PF00665`	rve	475	483	1.7e-05	25.7
TkA05G163610	`PF20304`	Sp-CxC	542	559	0.12	13.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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