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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G116880
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 31166152-31167120 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

893 bp · TkA05G116880|TK1151|cDNA

TTTGGCTCGATCCTCAAAACCCTATTTTTTCAGTGGTTTACAGGTGCCTGAAATTATGTCCGGTTTCCAGGATCGACACGACGATGATGATTCGCCATTTTGGCCTCCTGGGAACTCAACCGATGCCAATAGTACATGCTCCGCCGCCAAGCCCACCACCGAGCAGCTCTACGAGGTATAGGAATCGTAGCCCGGATCGACTCAGATGACCCACCGAAAAGAGGTCTTGAGCCCACTGTTATCGCTTCCCTCCCTATGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

618 bp · TkA05G116880|TK1151|CDS

ATGCTCCGCCGCCAAGCCCACCACCGAGCAGCTCTACGAGGTATAGGAATCGTAGCCCGGATCGACTCAGATGACCCACCGAAAAGAGGTCTTGAGCCCACTGTTATCGCTTCCCTCCCTATGCTGATGTATAAGGACGTCGATCACAAACTGGACCATAATTCCGGCGACCAGAGCCCTGAATGCACTGTTTGTTTAAGCACGTTCGAGGGTGGTCAGATGATTAGGGTTTTACCCAGCTGTAAGCACCATTTTCATGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

205 aa · TkA05G116880|TK1151|PROTEIN

MLRRQAHHRAALRGIGIVARIDSDDPPKRGLEPTVIASLPMLMYKDVDHKLDHNSGDQSPECTVCLSTFEGGQMIRVLPSCKHHFHAECIDKWLGSQSSCPVCRHEVIEAGGDFSSVMPLPREPSTRVGLGLGLGLLPASAPPLERPGSVAIAVEGTSDQMVQSSEKVNGTNSRLSSFRRMLSMDRSSRRVNSCTQDGNEDLERQ

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G116880
TK1151 IDTkA05G116880
OH-1004 IDLXL04_020004
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)98.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 79.767
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G116880
位置Chr05:31166152-31167120 (-)
描述Similar to ATL41: E3 ubiquitin-protein ligase ATL41
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g42360 E3泛素蛋白连接酶，能够与泛素结合酶E2 UBC8、UBC10、UBC11、UBC28、UBC29、UBC30、UBC35和UBC36在体外催化多泛素化反应。 暂无已核实直接文献
At2g42350 RING-H2指蛋白ATL40。 暂无已核实直接文献
At4g09130 推测的 RING-H2 指蛋白 ATL37。 暂无已核实直接文献
At3g11110 RING-H2 指蛋白 ATL66。 暂无已核实直接文献
At3g14320 推定 RING-H2 指蛋白 ATL61。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020004 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009909 regulation of flower development 生物过程
GO:0010966 regulation of phosphate transport 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0065003 protein-containing complex assembly 生物过程
GO:0070417 cellular response to cold 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G20823
ath:AT2G42350
ath:AT2G42360
ath:AT3G16720
ath:AT3G62690
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.428
排名 1 · TkA05G116880 · TK1151
细胞核0.267
排名 2 · TkA05G116880 · TK1151
细胞膜0.256
排名 3 · TkA05G116880 · TK1151
高尔基体0.135
排名 4 · TkA05G116880 · TK1151
溶酶体／液泡0.121
排名 5 · TkA05G116880 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29721TMEM129_C53-83 aa
PF13920zf-C3HC4_360-108 aa
PF13639zf-RING_261-104 aa
PF17123zf-RING_1161-90 aa
PF13923zf-C3HC4_261-103 aa
PF14634zf-RING_561-105 aa
PF14446Prok-RING_161-92 aa
PF17120zf-RING_1661-102 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G116880PF29721TMEM129_C53830.3412.0
TkA05G116880PF13920zf-C3HC4_3601080.0002321.6
TkA05G116880PF13639zf-RING_2611042.4e-1557.2
TkA05G116880PF17123zf-RING_1161908.1e-1142.1
TkA05G116880PF13923zf-C3HC4_2611031.4e-0938.3
TkA05G116880PF14634zf-RING_5611053.3e-0524.5
TkA05G116880PF14446Prok-RING_161920.0001322.7
TkA05G116880PF17120zf-RING_16611020.01216.0
TkA05G116880PF11793FANCL_C61980.02815.4
TkA05G116880PF21349RUBY_RBDX61830.112.8
TkA05G116880PF22191IBR_161950.8710.2
TkA05G116880PF21202SLX1_C611050.8910.6
TkA05G116880PF13445zf-RING_UBOX621017.8e-0626.5
TkA05G116880PF00097zf-C3HC4621038.3e-0626.3
TkA05G116880PF14447Prok-RING_4621070.005517.3
TkA05G116880PF00628PHD62930.1812.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SLC3拟南芥sp|Q9SLC3|ATL41_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase ATL4140.200%Swiss-Prot中等置信
Q9SLC4拟南芥sp|Q9SLC4|ATL40_ARATH RING-H2 finger protein ATL4039.900%Swiss-Prot中等置信
Q9M0R4拟南芥sp|Q9M0R4|ATL37_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL3743.000%Swiss-Prot低置信
Q9SRM0拟南芥sp|Q9SRM0|ATL66_ARATH RING-H2 finger protein ATL6641.300%Swiss-Prot低置信
Q9LUL6拟南芥sp|Q9LUL6|ATL61_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL6146.200%Swiss-Prot低置信

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