TkA05G110530 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G110530

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 29636093-29645791 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA 无可用 cDNA 序列

cDNA

该参考版本没有可用的cDNA序列。

CDS

下载 CDS FASTA

1533 bp · TkA05G110530|TK1151|CDS

ATGAACAACCACACTGATGACACCTCAACCGACCCAACCACCCACCGGAAACACGCCGCCATGATCGACCGCCTATCGAACCTCCACCAGGCCCGCCTTTCCACCAAACCCAACCCTAAAGACCCGACCTTCGAGTCCACCCAATCATTTCTCACCCTCTTCACAACCTCCAAACAATCAATCGAATCCTCCCTCACCCAAATCCAACAAACCCCAAACCCAGATCCCAATTCCGACCTCGAAAAAATCTCCAATTCCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

510 aa · TkA05G110530|TK1151|PROTEIN

MNNHTDDTSTDPTTHRKHAAMIDRLSNLHQARLSTKPNPKDPTFESTQSFLTLFTTSKQSIESSLTQIQQTPNPDPNSDLEKISNSISDLEKLVAENSYFLPAYEVQSSLKTISDLKQTLDSVTSKVKPRKKFSFKNKPTKKPEPEPESESESKLQPESESKSSYTINDSPGFRGTKNATLTKDFTGMEIREFVLSDLTNCEVKLKGRFRTLFINRVRNCKIYVGPVSGSILIEEVEGCLFVLASHQIRVHDAKGTDFYL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G110530`
TK1151 ID	TkA05G110530
OH-1004 ID	LXL04_019987
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 63.922 / OH-1004 97.898 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G110530

位置 Chr05:29636093-29645791 (-)

描述 Similar to TFCC: Tubulin-folding cofactor C

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g39920`	必需的微管蛋白折叠蛋白，参与微管蛋白折叠途径的最后步骤。	暂无已核实直接文献
`At3g05630`	在末端磷酸二酯键处水解甘油磷脂，生成磷脂酸 (PA)。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019987 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000226 microtubule cytoskeleton organization 生物过程

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0007021 tubulin complex assembly 生物过程

GO:0007023 post-chaperonin tubulin folding pathway 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005856 cytoskeleton 细胞组分

GO:0005874 microtubule 细胞组分

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

GO:0005096 GTPase activator activity 分子功能

GO:0015631 tubulin binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G39920

bta:515354

hsa:6903

mmu:72726

pon:100173755

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.583

排名 1 · TkA05G110530 · TK1151

细胞核0.488

排名 2 · TkA05G110530 · TK1151

线粒体0.065

排名 3 · TkA05G110530 · TK1151

质体0.052

排名 4 · TkA05G110530 · TK1151

内质网0.042

排名 5 · TkA05G110530 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16752TBCC_N23-131 aa

PF24615Spectrin_Anc-1_251-125 aa

PF27021BOS1_GOSR2_MEM11-like_N55-71 aa

PF07160SKA165-195 aa

PF14755Nsp2_AV68-88 aa

PF05887Trypan_PARP72-77 aa

PF27021BOS1_GOSR2_MEM11-like_N78-133 aa

PF14755Nsp2_AV101-178 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G110530	`PF16752`	TBCC_N	23	131	2.2e-25	89.9
TkA05G110530	`PF24615`	Spectrin_Anc-1_2	51	125	0.27	12.2
TkA05G110530	`PF27021`	BOS1_GOSR2_MEM11-like_N	55	71	0.32	12.0
TkA05G110530	`PF07160`	SKA1	65	195	0.012	16.1
TkA05G110530	`PF14755`	Nsp2_AV	68	88	0.29	12.1
TkA05G110530	`PF05887`	Trypan_PARP	72	77	0.35	11.6
TkA05G110530	`PF27021`	BOS1_GOSR2_MEM11-like_N	78	133	0.32	12.0
TkA05G110530	`PF14755`	Nsp2_AV	101	178	0.29	12.1
TkA05G110530	`PF05887`	Trypan_PARP	139	160	0.35	11.6
TkA05G110530	`PF07986`	TBCC	191	308	1.3e-36	125.8
TkA05G110530	`PF16752`	TBCC_N	463	480	2.2e-25	89.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SMR2`	拟南芥	sp\|Q9SMR2\|TBCC_ARATH Tubulin-folding cofactor C	56.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9M9W8`	拟南芥	sp\|Q9M9W8\|PLDZ2_ARATH Phospholipase D zeta 2	63.700%	Swiss-Prot	低置信

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