TkA05G089100 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G089100

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 24068981-24078272 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

7471 bp · TkA05G089100|TK1151|cDNA

AAAGTTTTGTGTTCGTCTCCCACACCGCAACTCTCAAATCGATTTTTCGTACACAGAAACGAAGATTTGCAGGCGCAGATTCATCCTCAGCTATTCATTTCCGTCTTTGCTTGATCGATCTGTTGAATTAACTTTTTGTTCATTGAAAAAAAACGGTGAAGATTCGTTACGTTCCGATCCAGCGTTTCAGTTGGGTGAATTTCTTTTGTAAGTTTTGTTATGGATTCTAGGGCTTGCAATTCCGAGTAACTTTCACTGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

6579 bp · TkA05G089100|TK1151|CDS

ATGGGCGATGGAGGTGTTGCATGTGTTCCTTCGCTGCGATTCTCTATTTCCGAGACATTTTGCGGCGGTAATGACGGTGGTAAGTTCAATATCAGCGTTACAGAAGACAACGTGAAAATGAAGCTGGATAGAAGAGATAAGTTTCCTGTAAAAACTGGAGAGCTGTGTGATGATGAAAGTGAAGACTTGTCAGTAGAAGAGAGAGAAGATAAAGTTGTTGGGAACGGGCACAACAAGGAAGAAGTAGAAGAAGGTGAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2192 aa · TkA05G089100|TK1151|PROTEIN

MGDGGVACVPSLRFSISETFCGGNDGGKFNISVTEDNVKMKLDRRDKFPVKTGELCDDESEDLSVEEREDKVVGNGHNKEEVEEGELGSWESGEFIPEKTRKFEIKSEIEKGDFVADRWRKGEVEKGEFIPGKWRKGGLQTGDYSSSRREFHSPESTLSKGAKDEMEKGEFIPDRWQRSEAVRDDNSYLKSRRHDSAKDKGWKQRTPGKYSGEKECNRNGNQYPKKSARWENNSRERNARISSKVVDEEGQLKEEFSNGK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G089100`
TK1151 ID	TkA05G089100
OH-1004 ID	LXL04_003523
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	35.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 4.288 / OH-1004 8.094 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G089100

位置 Chr05:24068981-24078272 (-)

描述 Similar to ATX2: Histone-lysine N-methyltransferase ATX2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g15180`	组蛋白甲基转移酶是组蛋白 H3 的“Lys-4”三甲基化所特别需要的，对于孢子体和配子体的发育至关重要。	SET DOMAIN GROUP2 is the major histone H3 lysine [corrected] 4 trimethyltransferase in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1073/pnas.1010478107 Arabidopsis SET DOMAIN GROUP2 is required for H3K4 trimethylation and is crucial for both sporophyte and gametophyte development.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.079962 Diurnal regulation of SDG2 and JMJ14 by circadian clock oscillators orchestrates histone modification rhythms in Arabidopsis.2019 · DOI: 10.1186/s13059-019-1777-1

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003523 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009294 DNA-mediated transformation 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程

GO:0010093 specification of floral organ identity 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05830

ath:AT2G31650

ath:AT4G27910

ath:AT5G53430

dosa:Os09g0134500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.879

排名 1 · TkA05G089100 · TK1151

细胞质0.146

排名 2 · TkA05G089100 · TK1151

细胞膜0.063

排名 3 · TkA05G089100 · TK1151

内质网0.026

排名 4 · TkA05G089100 · TK1151

高尔基体0.015

排名 5 · TkA05G089100 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00856SET162-245 aa

PF16869CNDH2_M203-258 aa

PF16869CNDH2_M425-492 aa

PF25531GYF_ATXR3510-557 aa

PF02213GYF512-555 aa

PF14237GYF_2514-557 aa

PF16869CNDH2_M799-894 aa

PF25531GYF_ATXR3890-922 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G089100	`PF00856`	SET	162	245	5.1e-12	46.9
TkA05G089100	`PF16869`	CNDH2_M	203	258	0.25	12.8
TkA05G089100	`PF16869`	CNDH2_M	425	492	0.25	12.8
TkA05G089100	`PF25531`	GYF_ATXR3	510	557	1.9e-35	121.7
TkA05G089100	`PF02213`	GYF	512	555	0.0041	17.5
TkA05G089100	`PF14237`	GYF_2	514	557	4.3e-05	23.9
TkA05G089100	`PF16869`	CNDH2_M	799	894	0.25	12.8
TkA05G089100	`PF25531`	GYF_ATXR3	890	922	1.9e-35	121.7
TkA05G089100	`PF14237`	GYF_2	892	937	4.3e-05	23.9
TkA05G089100	`PF02213`	GYF	892	934	0.0041	17.5
TkA05G089100	`PF12937`	F-box-like	1061	1090	0.029	14.8
TkA05G089100	`PF16869`	CNDH2_M	1394	1447	0.25	12.8
TkA05G089100	`PF00856`	SET	1673	1760	5.1e-12	46.9
TkA05G089100	`PF19633`	SDG2_C	1771	2192	6.2e-233	774.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O23372`	拟南芥	sp\|O23372\|ATXR3_ARATH Histone-lysine N-methyltransferase ATXR3	48.700%	Swiss-Prot	中等置信

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