TkA05G083270 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G083270

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 22566768-22569917 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1284 bp · TkA05G083270|TK1151|cDNA

TAAAACTAGAAACCAAACTCTTAGGTATAGAGGATTCCAATCCACTTTCGTGGATAATAAGTTTTGAGGCCATTTTCTTATTTGAAGCTCTGTTTTTTAAGTTCCAGTTTTAAGAATAAGTTTGATATCTTTTTATTCTCAAACAACTTTTGAGCGCCCTACAAGGTCATATTGATCGAATGACTCCGATCCAAGAGAAGATTCTATATCGATTACTTTGTAGTTTGTATAACCTAAAAGCATAAAAGATCCATCAAACG...

CDS

下载 CDS FASTA

717 bp · TkA05G083270|TK1151|CDS

ATGGCTGCTGCTTCTAAGCGTTTGGTTCAATTAGGAATCAATCCAGGATTTCAAGCAAAATCGATGAAGAACAACGTATACGGTTTTGCTACAACTTTTTTAGTGCCAAAACAGAGTCGATGTGATTACACTTACAGGAGACATCTTTCCCAGCTCGTAAACCCTAATGGCAGGCGTGTCTTTCTCGTTGATACATTAGCTCTGGTTAGGAGGTTAGAAGCACAAGGCGTACCTTCAAAACAGGCTGAAGCAATAACATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

238 aa · TkA05G083270|TK1151|PROTEIN

MAAASKRLVQLGINPGFQAKSMKNNVYGFATTFLVPKQSRCDYTYRRHLSQLVNPNGRRVFLVDTLALVRRLEAQGVPSKQAEAITSAITEVLNDSLENVADTFVSKADMQKTVMLQEAHLGKFKSEVHSSQEHHFSMLQRETEKLRTDIDKMRSELRYEIDKVTAGQRLDLNLERGRIRDELANQNAETTSLTNKLDREIHGLKAELEAAKYDVIKYCIGTLISISAVGLAVIRILM

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G083270`
TK1151 ID	TkA05G083270
OH-1004 ID	LXL04_019753
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA05G083270`
位置	Chr05:22566768-22569917 (-)
描述	Similar to ccdc90b: Coiled-coil domain-containing protein 90B, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_019753` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0033617 mitochondrial respiratory chain complex IV assembly 生物过程 GO:2000214 regulation of L-proline metabolic process 生物过程 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分 GO:0031966 mitochondrial membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:60492 mmu:66365 rno:308820 sce:YFL046W xtr:448234 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.942

排名 1 · TkA05G083270 · TK1151

细胞核0.061

排名 2 · TkA05G083270 · TK1151

细胞质0.050

排名 3 · TkA05G083270 · TK1151

细胞膜0.018

排名 4 · TkA05G083270 · TK1151

质体0.009

排名 5 · TkA05G083270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07798CCDC90-like63-236 aa

PF13874Nup5468-158 aa

PF20270CATRA-C70-127 aa

PF08702Fib_alpha72-157 aa

PF05282AAR281-151 aa

PF24564DUF760583-163 aa

PF21924XRCC4_CC86-112 aa

PF28954SHE10_OSW_C91-210 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G083270	`PF07798`	CCDC90-like	63	236	3.1e-61	207.0
TkA05G083270	`PF13874`	Nup54	68	158	0.23	12.2
TkA05G083270	`PF20270`	CATRA-C	70	127	1.1	10.7
TkA05G083270	`PF08702`	Fib_alpha	72	157	0.49	11.3
TkA05G083270	`PF05282`	AAR2	81	151	0.29	11.8
TkA05G083270	`PF24564`	DUF7605	83	163	2.3	8.8
TkA05G083270	`PF21924`	XRCC4_CC	86	112	1.1	10.1
TkA05G083270	`PF28954`	SHE10_OSW_C	91	210	0.051	13.5
TkA05G083270	`PF05377`	FlaC_arch	92	100	0.53	11.5
TkA05G083270	`PF15397`	DUF4618	93	157	0.38	10.9
TkA05G083270	`PF04513`	Baculo_PEP_C	94	165	0.18	12.6
TkA05G083270	`PF28217`	FAM81B	96	210	0.0028	17.6
TkA05G083270	`PF04871`	Uso1_p115_C	107	165	0.18	12.8
TkA05G083270	`PF06818`	Fez1	107	212	0.41	11.8
TkA05G083270	`PF27944`	CEP162_coil_mid	108	158	0.049	14.3
TkA05G083270	`PF06785`	UPF0242	116	210	1.8	9.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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