TkA05G082340 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G082340

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 22295234-22303719 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1413 bp · TkA05G082340|TK1151|cDNA

TAAATACACATTGATACTTCTAAAAATAATAAGATATGAAGAATGCAATTAGTGTGGTTCAAATGCAAACACCATTGTTGTCCACCGTGACCACCGGCTCCAGCACCAAAAGACCTGCTTCTTCCCACGCTACTCCACAAAAATTTCACAGACATCACTCTTCAGAAATCAATGGAGCTCTGTGGAGCTTCTGCCTTGGCTTGGAGAACCTCAATTTCTCCTTCTCTCCACTTTTCTCCTCAACCGACTTCGTTGTGCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1086 bp · TkA05G082340|TK1151|CDS

ATGGAGCTCTGTGGAGCTTCTGCCTTGGCTTGGAGAACCTCAATTTCTCCTTCTCTCCACTTTTCTCCTCAACCGACTTCGTTGTGCGAATTCAGAAGAGTTAGGGTTTGGTGTGTAAAAACCGATGCCAATGGTTCGTCTCAGTCTCTTAAGGGAAACCAGATGACAGTATCTATAACAGGAGCTACTGGTTTTATAGGGAGTAAATTGGTGCAAAGGCTCTATGAAGATAATCATAGTATCTGTGTCCTGACTCGGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

361 aa · TkA05G082340|TK1151|PROTEIN

MELCGASALAWRTSISPSLHFSPQPTSLCEFRRVRVWCVKTDANGSSQSLKGNQMTVSITGATGFIGSKLVQRLYEDNHSICVLTRSRSKAQSIFPVKDFPGIVIAEEAQWKECIEGSSGVVNLAGLPISTRWSPEVKKEIKESRVRVTSKVVELINKSPSDSRPKVLVSATAVGYYGTSETQVFDEQSPSGNDYLAEVCREWEGKAVGVDKDVRLALIRIGVVLGKDGGALAKMIPIFMMFAGGPLGSGKQWFSWIHID...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G082340`
TK1151 ID	TkA05G082340
OH-1004 ID	LXL04_019744
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.521 / OH-1004 79.147 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G082340

位置 Chr05:22295234-22303719 (-)

描述 Similar to GC1: Epimerase family protein SDR39U1 homolog, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g21280`	推定的 NADP 依赖性氧化还原酶，作为叶绿体分裂的正调节剂。	GIANT CHLOROPLAST 1 is essential for correct plastid division in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1016/j.cub.2004.04.031

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019744 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010020 chloroplast fission 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009706 chloroplast inner membrane 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G21280

ecj:JW2301

eco:b2304

ecoc:C3026_12850

hsa:56948

mmu:654795

syn:slr1223

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.956

排名 1 · TkA05G082340 · TK1151

线粒体0.062

排名 2 · TkA05G082340 · TK1151

细胞质0.024

排名 3 · TkA05G082340 · TK1151

细胞核0.017

排名 4 · TkA05G082340 · TK1151

过氧化物酶体0.016

排名 5 · TkA05G082340 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05368NmrA55-90 aa

PF04321RmlD_sub_bind55-88 aa

PF00106adh_short56-93 aa

PF01118Semialdhyde_dh57-92 aa

PF02719Polysacc_synt_257-93 aa

PF01370Epimerase58-274 aa

PF16363GDP_Man_Dehyd59-160 aa

PF07993NAD_binding_459-92 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G082340	`PF05368`	NmrA	55	90	0.00066	20.1
TkA05G082340	`PF04321`	RmlD_sub_bind	55	88	0.059	13.1
TkA05G082340	`PF00106`	adh_short	56	93	0.081	13.1
TkA05G082340	`PF01118`	Semialdhyde_dh	57	92	0.02	16.0
TkA05G082340	`PF02719`	Polysacc_synt_2	57	93	0.037	13.9
TkA05G082340	`PF01370`	Epimerase	58	274	4.4e-22	79.4
TkA05G082340	`PF16363`	GDP_Man_Dehyd	59	160	0.0001	22.6
TkA05G082340	`PF07993`	NAD_binding_4	59	92	0.00017	21.6
TkA05G082340	`PF01073`	3Beta_HSD	59	155	0.0059	16.4
TkA05G082340	`PF13460`	NAD_binding_10	61	125	0.00078	20.1
TkA05G082340	`PF03807`	F420_oxidored	62	96	0.15	13.4
TkA05G082340	`PF10081`	Abhydrolase_9	143	182	0.23	11.2
TkA05G082340	`PF03807`	F420_oxidored	152	173	0.15	13.4
TkA05G082340	`PF04321`	RmlD_sub_bind	210	234	0.059	13.1
TkA05G082340	`PF02719`	Polysacc_synt_2	211	295	0.037	13.9
TkA05G082340	`PF16363`	GDP_Man_Dehyd	247	275	0.0001	22.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SJU9`	拟南芥	sp\|Q9SJU9\|GC1_ARATH Epimerase family protein SDR39U1 homolog, chloroplastic	73.700%	Swiss-Prot	高置信

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