TkA05G081920 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G081920

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 22185267-22188585 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2456 bp · TkA05G081920|TK1151|cDNA

GAAAAAAGAAACTTAGGGTCATACTGCGCAATTGCAAAATCTGTCTTTTACGGTGTCGTTCGGCAGATCATTTCACTTTCCGCGTTTTATGGTACCACCACCACTCGCTCAACTATCAGTTGCCTGCAAAACCCTAACAAACCCCTCGGTGTTAAACGTACGTAGAGCTACTCAGCTACAGAACTTCGGTCGGCGATGGAAGCGACGGCGAAGGAGCTTACCGTTGGACAACCACCCAATATTCCGACCGAGCCACCTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

2004 bp · TkA05G081920|TK1151|CDS

ATGGAAGCGACGGCGAAGGAGCTTACCGTTGGACAACCACCCAATATTCCGACCGAGCCACCTCCGTTGGCCAGAAAGCCGGTGACTGAAATGTCAGCGGAAGAGATGGTGGCGAAATCTATAGTTCCGGTGAAGAAGGAATTTATCTATCCTGTACCTAACCGACTTAATAGTGATAACAATGGACCACCAACTGACGCTGTTCCTGCCTCCACCACCTCCTCCGCACCTGTCAGTAACGAGAAGAAATCGAAAAGACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

667 aa · TkA05G081920|TK1151|PROTEIN

MEATAKELTVGQPPNIPTEPPPLARKPVTEMSAEEMVAKSIVPVKKEFIYPVPNRLNSDNNGPPTDAVPASTTSSAPVSNEKKSKRQLKRERNQEKQSTRNLCPMVAKTGITDSCPYNEKCRFSHNIEAFKAQKPADLEGNCPFEGNEEGPCPYGLGCRFLGTHKTNSASGIPNGLKNSEINGLKKDVQRLLWKNKMKFPKADAQLKVLGLMGPTKSKKTPIPNNEEENGCGEMGTDPIVQIQVPEKAESNNNGDDPRPQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G081920`
TK1151 ID	TkA05G081920
OH-1004 ID	LXL04_019732
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G081920

位置 Chr05:22185267-22188585 (-)

描述 Similar to At4g38890: tRNA-dihydrouridine(47) synthase [NAD(P)(+)]-like

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g38890`	催化二氢尿苷的合成，二氢尿苷是一种存在于大多数tRNA D环中的修饰碱基。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0117600`	催化二氢尿苷的合成，二氢尿苷是一种存在于大多数tRNA D环中的修饰碱基。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019732 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002943 tRNA dihydrouridine synthesis 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0017150 tRNA dihydrouridine synthase activity 分子功能

GO:0050660 flavin adenine dinucleotide binding 分子功能

GO:0102265 tRNA-dihydrouridine47 synthase activity 分子功能

GO:0106414 mRNA dihydrouridine synthase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G38890

dosa:Os04g0117600

hsa:56931

xla:379349

xtr:394959

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.688

排名 1 · TkA05G081920 · TK1151

细胞质0.342

排名 2 · TkA05G081920 · TK1151

线粒体0.084

排名 3 · TkA05G081920 · TK1151

细胞膜0.035

排名 4 · TkA05G081920 · TK1151

内质网0.023

排名 5 · TkA05G081920 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04419SERF-like_N85-97 aa

PF06733DEAD_292-154 aa

PF00642zf-CCCH100-126 aa

PF25585zf-CCCH_DUS3L101-133 aa

PF18044zf-CCCH_4102-126 aa

PF25261zf-CCCH_PARP12108-128 aa

PF18345zf_CCCH_4114-125 aa

PF14608zf-CCCH_2114-125 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G081920	`PF04419`	SERF-like_N	85	97	1.2	10.8
TkA05G081920	`PF06733`	DEAD_2	92	154	0.14	12.5
TkA05G081920	`PF00642`	zf-CCCH	100	126	6.7e-05	23.4
TkA05G081920	`PF25585`	zf-CCCH_DUS3L	101	133	3.3e-16	59.6
TkA05G081920	`PF18044`	zf-CCCH_4	102	126	0.0037	17.7
TkA05G081920	`PF25261`	zf-CCCH_PARP12	108	128	0.88	10.5
TkA05G081920	`PF18345`	zf_CCCH_4	114	125	0.035	14.9
TkA05G081920	`PF14608`	zf-CCCH_2	114	125	0.2	13.0
TkA05G081920	`PF25585`	zf-CCCH_DUS3L	135	166	3.3e-16	59.6
TkA05G081920	`PF25261`	zf-CCCH_PARP12	138	154	0.88	10.5
TkA05G081920	`PF18345`	zf_CCCH_4	139	144	0.035	14.9
TkA05G081920	`PF00642`	zf-CCCH	140	144	6.7e-05	23.4
TkA05G081920	`PF14608`	zf-CCCH_2	142	160	0.2	13.0
TkA05G081920	`PF00642`	zf-CCCH	148	160	6.7e-05	23.4
TkA05G081920	`PF18044`	zf-CCCH_4	150	161	0.0037	17.7
TkA05G081920	`PF18345`	zf_CCCH_4	152	161	0.035	14.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9T0J6`	拟南芥	sp\|Q9T0J6\|DUS3L_ARATH tRNA-dihydrouridine(47) synthase [NAD(P)(+)]-like	60.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q7XT07`	水稻	sp\|Q7XT07\|DUS3L_ORYSJ tRNA-dihydrouridine(47) synthase [NAD(P)(+)]-like	59.100%	Swiss-Prot	高置信

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