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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G065390
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 17455156-17458101 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2179 bp · TkA05G065390|TK1151|cDNA

TTTTTCTCTTTGAAATCAACAGCGAAGACCCAAAGAAGACAGCCCCACTTTCCTCGAAAGTTTGCTTTTAAAGCTCGAAACTTTATCTCGAATCTTGAATCTTAAATCTTGATTGTTGATGGCCGTGGAGAACGCAACAATGGAGATTTCGAATAGCAATGAAGGCGACGAGGGCAATGATTTGGTCGCAGGAATGATGGAAATTATTGAAACAGTGGGATCGTACATGGGGTTTCGAAGAACACAGAGAAAAGAGTGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1920 bp · TkA05G065390|TK1151|CDS

ATGGCCGTGGAGAACGCAACAATGGAGATTTCGAATAGCAATGAAGGCGACGAGGGCAATGATTTGGTCGCAGGAATGATGGAAATTATTGAAACAGTGGGATCGTACATGGGGTTTCGAAGAACACAGAGAAAAGAGTGTTTAAAGCTCGTAAGAAGATTGAAGCTTCTAGTCCCACTTTTTGAAGAAATCAAAGAGATGAATCTATCAATACCCACAAGGGCATTTCAGTCTTTCGTTAATCTACAGAAGGCACTTCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

639 aa · TkA05G065390|TK1151|PROTEIN

MAVENATMEISNSNEGDEGNDLVAGMMEIIETVGSYMGFRRTQRKECLKLVRRLKLLVPLFEEIKEMNLSIPTRAFQSFVNLQKALLSAKKLLKHCNFGSKIFLAMESDAMMSRFLSVYDKLNDALDGLMYQELGISEEVQEQIELLRKQLQGANRRTDTLDIELAMDMMVIFSKNDERNADIAILERLAKRLDLYSIGDLEIETEAVKRLVKERGGTKHLESTEQIKDLLRKFKQIAGFEENNGDNKAFDDSSSLRCFD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G065390
TK1151 IDTkA05G065390
OH-1004 IDLXL04_019584
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G065390
位置Chr05:17455156-17458101 (-)
描述Similar to PUB15: U-box domain-containing protein 15
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g42340 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At3g46510 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At3g54850 与特定的 E2 泛素结合酶一起发挥 E3 泛素连接酶的作用。
Structure and biochemical function of a prototypical Arabidopsis U-box domain.2004 · DOI: 10.1074/jbc.m405057200

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os06g0102700 在体外具有 E3 泛素蛋白连接酶。 暂无已核实直接文献
UniProt: A2ZLU6 与防御相关的蛋白，可负向调控程序性细胞死亡。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019584 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程
GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
GO:0070696 transmembrane receptor protein serine/threonine kinase binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G28830
ath:AT3G46510
ath:AT3G54850
ath:AT5G42340
dosa:Os06g0102700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.556
排名 1 · TkA05G065390 · TK1151
细胞核0.376
排名 2 · TkA05G065390 · TK1151
细胞膜0.179
排名 3 · TkA05G065390 · TK1151
内质网0.058
排名 4 · TkA05G065390 · TK1151
高尔基体0.048
排名 5 · TkA05G065390 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19584MCAfunc41-145 aa
PF22215MLKL_N43-130 aa
PF25368PUB10_N44-154 aa
PF25240PUB2_N44-115 aa
PF24768ARM_ARMC551-93 aa
PF04826Arm_253-108 aa
PF04295GD_AH_second90-155 aa
PF02970TBCA139-155 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G065390PF19584MCAfunc411450.005617.1
TkA05G065390PF22215MLKL_N431300.001119.2
TkA05G065390PF25368PUB10_N441543.2e-34119.0
TkA05G065390PF25240PUB2_N441150.08313.6
TkA05G065390PF24768ARM_ARMC551936.7e-2382.2
TkA05G065390PF04826Arm_2531080.789.9
TkA05G065390PF04295GD_AH_second901550.08213.7
TkA05G065390PF02970TBCA1391550.9110.6
TkA05G065390PF12717Cnd11641930.2112.3
TkA05G065390PF05804KAP1661920.001118.0
TkA05G065390PF25368PUB10_N1972373.2e-34119.0
TkA05G065390PF02970TBCA2002260.9110.6
TkA05G065390PF22132TilS-like2012370.1312.5
TkA05G065390PF04564U-box2673361.6e-2176.9
TkA05G065390PF11789zf-Nse2703100.0001622.2
TkA05G065390PF13445zf-RING_UBOX2733080.0004221.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q681N2拟南芥sp|Q681N2|PUB15_ARATH U-box domain-containing protein 1559.100%Swiss-Prot高置信
Q9SNC6拟南芥sp|Q9SNC6|PUB13_ARATH U-box domain-containing protein 1349.200%Swiss-Prot中等置信
Q8VZ40拟南芥sp|Q8VZ40|PUB14_ARATH U-box domain-containing protein 1446.500%Swiss-Prot中等置信
Q5VRH9水稻sp|Q5VRH9|PUB12_ORYSJ U-box domain-containing protein 1250.500%Swiss-Prot高置信
A2ZLU6水稻sp|A2ZLU6|SL11_ORYSI Protein spotted leaf 1139.700%Swiss-Prot中等置信

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