TkA05G063940 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G063940

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 17058799-17062777 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2336 bp · TkA05G063940|TK1151|cDNA

GAGGTCTGAATGGCTAATCGGTCTCTTATTCGGGTAGACATTTGAGGGGCGCTGAATGAAACTTTTACCTTGTTGCCCTTTACCCTGATGCCCATCGTAACATAACATCTGCGTATACCATCTTCTGCCGCATCCAAGTTCCACCCACAACGTCCCTCGAACTACCTCCGGTCAGCAACTCCACTCCGCCACCGCCGCCGCCGCTCCCCCCATTATCCGCCCTCCGCCAGCGACAGCACCCCTCCGCTAGCAAGTTTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1737 bp · TkA05G063940|TK1151|CDS

ATGTCGTCAATTCAATCTTCATCAAGGAAGCGAAAGAACAAAGGATCGGGAGACAACAGTAATAGGAAGAAGAAGCCCCAACAAGATCTTTCCGACGTTAGGAAACTGGGTGAACAGTTGCTCTCATCCAGAGCTCACATTAACAACCTTCCCCTCCTCCTTAATTTCCTCGACCCCAAATCCTCTTATCCTCGTGAATTCCTCCTTGAATCTCTTCTTTCTCTCCAATCCTTCTTCACCCCACTCCTCCCCCAACTCCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

578 aa · TkA05G063940|TK1151|PROTEIN

MSSIQSSSRKRKNKGSGDNSNRKKKPQQDLSDVRKLGEQLLSSRAHINNLPLLLNFLDPKSSYPREFLLESLLSLQSFFTPLLPQLPSSSSKPTEDPESIYHTWVRSKFDEFVQCLIQLALSPTLSEEALREVVMDTLMECVKSGNAGNFHSSIYHKFIHSLVYSTHEADTLLSLLETKYFKYIDVRYFTYISLEKITRTLDVKECQDMEPESAETKDEIPGKASGQLLVRNIHHIISKIPPLEKLGENSEYEMWNGSGV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G063940`
TK1151 ID	TkA05G063940
OH-1004 ID	LXL04_019570
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G063940

位置 Chr05:17058799-17062777 (-)

描述 Similar to NOC4: Protein NUCLEOLAR COMPLEX ASSOCIATED 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g17250`	胚胎发生期间必需的蛋白质。	40S ribosome biogenesis co-factors are essential for gametophyte and embryo development.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0054084

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019570 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0030692 Noc4p-Nop14p complex 细胞组分

GO:0031965 nuclear membrane 细胞组分

GO:0032040 small-subunit processome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G17250

mmu:100608

rno:360828

xla:414653

xla:431875

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.938

排名 1 · TkA05G063940 · TK1151

细胞质0.175

排名 2 · TkA05G063940 · TK1151

线粒体0.018

排名 3 · TkA05G063940 · TK1151

细胞膜0.013

排名 4 · TkA05G063940 · TK1151

高尔基体0.008

排名 5 · TkA05G063940 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26702TPR_NOC430-198 aa

PF28893Gem4_1st_TPR110-238 aa

PF06345Drf_DAD134-147 aa

PF03914CBF147-177 aa

PF03914CBF352-504 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G063940	`PF26702`	TPR_NOC4	30	198	1.5e-16	61.6
TkA05G063940	`PF28893`	Gem4_1st_TPR	110	238	0.03	14.2
TkA05G063940	`PF06345`	Drf_DAD	134	147	0.2	12.4
TkA05G063940	`PF03914`	CBF	147	177	1.1e-44	153.0
TkA05G063940	`PF03914`	CBF	352	504	1.1e-44	153.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IMH3`	拟南芥	sp\|F4IMH3\|NOC4_ARATH Protein NUCLEOLAR COMPLEX ASSOCIATED 4	58.000%	Swiss-Prot	高置信

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