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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G062550
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 16667720-16669283 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1302 bp · TkA05G062550|TK1151|cDNA

ATGAACATGTACGTAAAGTTTAACTTACTGGACGAAGCACAGGCACTGTTCGATCAAATGCAAATGGAAACAGGTGATTTAATCGTCTGGAACTCAATAATCAGTGCATTCGCTCAAAACAACAATGGAGATGACGCTCTGAATCTTTTCAAACAAATGAAGAAATCCGGATTCATGGCAGATCAGGCAACATTAACTAGTGTCTTAAGAGCTTGCACAGGTATGGCTTTGTTAGAACTAGGAAGACAAGTACATGTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1302 bp · TkA05G062550|TK1151|CDS

ATGAACATGTACGTAAAGTTTAACTTACTGGACGAAGCACAGGCACTGTTCGATCAAATGCAAATGGAAACAGGTGATTTAATCGTCTGGAACTCAATAATCAGTGCATTCGCTCAAAACAACAATGGAGATGACGCTCTGAATCTTTTCAAACAAATGAAGAAATCCGGATTCATGGCAGATCAGGCAACATTAACTAGTGTCTTAAGAGCTTGCACAGGTATGGCTTTGTTAGAACTAGGAAGACAAGTACATGTTCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

433 aa · TkA05G062550|TK1151|PROTEIN

MNMYVKFNLLDEAQALFDQMQMETGDLIVWNSIISAFAQNNNGDDALNLFKQMKKSGFMADQATLTSVLRACTGMALLELGRQVHVHVLKYNNQDLILGNALLDMYCKCGSMEDARFEFTKMVEKDVISWSTMINGLAQNGFSHEALNMFQSMEASGTRPNYITIVGVLFACSHAGFLEKGQSFFESMEKNYGIKPGREHYGCMVDLLGRSGRLSEALDLIKTMEPEPDAVTWRTLLGACRMHRDMGLAAYAANRVLDLD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G062550
TK1151 IDTkA05G062550
OH-1004 IDLXL04_019551
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)96.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.307 / OH-1004 66.357
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G062550
位置Chr05:16667720-16669283 (-)
描述Similar to PCMP-H44: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03880, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g03880 含五聚肽重复的蛋白At2g03880，线粒体定位。 暂无已核实直接文献
At4g13650 含五重复肽基序蛋白 At4g13650。 暂无已核实直接文献
At3g26782 含五重复肽的蛋白 At3g26782，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g56690 Pentatricopeptide重复含蛋白At1g56690，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g49142 推定含五重复肽的蛋白质 At3g49142。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019551 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G03880
ath:AT3G24000
ath:AT4G13650
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.609
排名 1 · TkA05G062550 · TK1151
质体0.256
排名 2 · TkA05G062550 · TK1151
细胞核0.070
排名 3 · TkA05G062550 · TK1151
细胞质0.039
排名 4 · TkA05G062550 · TK1151
过氧化物酶体0.008
排名 5 · TkA05G062550 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01535PPR1-21 aa
PF13041PPR_21-21 aa
PF29070MSC6_N1-71 aa
PF13176TPR_72-19 aa
PF13428TPR_143-29 aa
PF12854PPR_17-21 aa
PF14559TPR_1910-56 aa
PF13041PPR_226-72 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G062550PF01535PPR1219.5e-36120.3
TkA05G062550PF13041PPR_21211.5e-33115.4
TkA05G062550PF29070MSC6_N1711.9e-0937.9
TkA05G062550PF13176TPR_72190.03814.8
TkA05G062550PF13428TPR_143290.001919.4
TkA05G062550PF12854PPR_17217.1e-2793.6
TkA05G062550PF14559TPR_1910567.9e-0833.2
TkA05G062550PF13041PPR_226721.5e-33115.4
TkA05G062550PF12854PPR_126547.1e-2793.6
TkA05G062550PF13812PPR_326586.2e-1142.9
TkA05G062550PF01535PPR29589.5e-36120.3
TkA05G062550PF23276TPR_2430716.8e-0936.5
TkA05G062550PF13428TPR_1430530.001919.4
TkA05G062550PF13432TPR_1634510.212.8
TkA05G062550PF13176TPR_736520.03814.8
TkA05G062550PF20431E_motif37571.5e-2383.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SI53拟南芥sp|Q9SI53|PP147_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03880, mitochondrial66.200%Swiss-Prot高置信
Q9SVP7拟南芥sp|Q9SVP7|PP307_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g1365043.000%Swiss-Prot中等置信
Q9LW32拟南芥sp|Q9LW32|PP258_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g26782, mitochondrial44.200%Swiss-Prot中等置信
Q9FXB9拟南芥sp|Q9FXB9|PPR84_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g56690, mitochondrial44.600%Swiss-Prot中等置信
P0C899拟南芥sp|P0C899|PP271_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g4914246.200%Swiss-Prot中等置信

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