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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G061670
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 16412023-16413765 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1455 bp · TkA05G061670|TK1151|cDNA

ATGCAACAGCACCAAATTTGGGCCGATTCCGTCACATATTCCGAACTCATTAAGTGTTGTCTCGCTCGTGGTGCCATCCGAGAAGCCAAAATCGTCCACAAACACATTTTCTCTAATGGATACAACCCCAAAACTTTCTTGATTAATACTCTCATGAACATGTACGTAAAGTTTAACTTATTGGACTACGCACAGGCACTGTTCGATCAAATGCCTGAGAGAAACGTAGTATCATGGACCACCATGATATCTGCTTTCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1455 bp · TkA05G061670|TK1151|CDS

ATGCAACAGCACCAAATTTGGGCCGATTCCGTCACATATTCCGAACTCATTAAGTGTTGTCTCGCTCGTGGTGCCATCCGAGAAGCCAAAATCGTCCACAAACACATTTTCTCTAATGGATACAACCCCAAAACTTTCTTGATTAATACTCTCATGAACATGTACGTAAAGTTTAACTTATTGGACTACGCACAGGCACTGTTCGATCAAATGCCTGAGAGAAACGTAGTATCATGGACCACCATGATATCTGCTTTCTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

484 aa · TkA05G061670|TK1151|PROTEIN

MQQHQIWADSVTYSELIKCCLARGAIREAKIVHKHIFSNGYNPKTFLINTLMNMYVKFNLLDYAQALFDQMPERNVVSWTTMISAFSTAKLDDKAMEFLILMQMKKSGFMADQATLTSVLRACTGMALLELGRQVHVHVLKYNNQDLILGNALLDMYCKCGSMEDARFEFTKMVEKDVISWSTMINGLAQNGFSHEALNMFQSMEASGTRPNYITIVGVLFACSHAGFLEKGQSFFESMEKNYGIKPGREHYGCMVDLLG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G061670
TK1151 IDTkA05G061670
OH-1004 IDLXL04_019551
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)82.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 89.922
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G061670
位置Chr05:16412023-16413765 (-)
描述Similar to PCMP-H44: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03880, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g03880 含五聚肽重复的蛋白At2g03880，线粒体定位。 暂无已核实直接文献
At5g16860 含五基重复蛋白 At5g16860。 暂无已核实直接文献
At4g33170 含五肽重复序列的蛋白 At4g33170。 暂无已核实直接文献
At3g46790 叶绿体 rsp7 和 ndhB 转录物之间的基因间加工所需。 暂无已核实直接文献
At3g26782 含五重复肽的蛋白 At3g26782，线粒体。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019551 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G03880
ath:AT3G24000
ath:AT4G13650
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.674
排名 1 · TkA05G061670 · TK1151
质体0.198
排名 2 · TkA05G061670 · TK1151
细胞核0.058
排名 3 · TkA05G061670 · TK1151
细胞质0.034
排名 4 · TkA05G061670 · TK1151
细胞膜0.007
排名 5 · TkA05G061670 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13812PPR_31-57 aa
PF23276TPR_243-87 aa
PF17177PPR_long4-71 aa
PF13041PPR_29-43 aa
PF12854PPR_19-19 aa
PF01535PPR11-40 aa
PF14559TPR_1915-30 aa
PF19766DUF625320-33 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G061670PF13812PPR_31572.1e-1247.6
TkA05G061670PF23276TPR_243871.1e-0732.5
TkA05G061670PF17177PPR_long4715.9e-0523.3
TkA05G061670PF13041PPR_29434.1e-34117.2
TkA05G061670PF12854PPR_19191.1e-2589.7
TkA05G061670PF01535PPR11401.2e-33113.7
TkA05G061670PF14559TPR_1915305.4e-0627.4
TkA05G061670PF19766DUF625320330.05214.2
TkA05G061670PF13041PPR_243764.1e-34117.2
TkA05G061670PF29070MSC6_N481226.3e-0832.8
TkA05G061670PF23615Chromo_MIT148860.03415.3
TkA05G061670PF01535PPR49761.2e-33113.7
TkA05G061670PF12854PPR_149711.1e-2589.7
TkA05G061670PF14559TPR_1952755.4e-0627.4
TkA05G061670PF13041PPR_2741234.1e-34117.2
TkA05G061670PF12854PPR_1741021.1e-2589.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SI53拟南芥sp|Q9SI53|PP147_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03880, mitochondrial55.300%Swiss-Prot高置信
Q9LFL5拟南芥sp|Q9LFL5|PP390_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g1686040.300%Swiss-Prot中等置信
Q9SMZ2拟南芥sp|Q9SMZ2|PP347_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3317041.200%Swiss-Prot中等置信
Q9STF3拟南芥sp|Q9STF3|PP265_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein CRR2, chloroplastic38.400%Swiss-Prot中等置信
Q9LW32拟南芥sp|Q9LW32|PP258_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g26782, mitochondrial41.200%Swiss-Prot中等置信

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