TkA05G057980 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G057980

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 15429811-15432401 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1479 bp · TkA05G057980|TK1151|cDNA

TGGACTGCATCCAAGGAAACGACGTCATAGAAAGTTGTGATTTTCTTCGACTGTGAAATCAACAGCCGTAACTCCTTCTGTGATTTTCTTCGGCATCTGCGACATATTGATTTCGCAATTACTCCTTATGCTTCGACGCCCTCGTCTCGATGCTCTGCCCTCTGAAACCAACAGCCATAACTTCTTCCTATCTGTGAAATCGATTCCTCTGAAACGCCATCGATCTCCCCTCTGAAATCGGCATCTGTAAAATCGATTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

840 bp · TkA05G057980|TK1151|CDS

ATGCAACAAGGATTTCAGACTTGTTGGAAACTCATAATGGATGCTAAAACAAGAACACAAATTTACCAAGGTTTAGGTACATTTGCAAGAAAATGCATTTTCAGCATCCTTTCTGTATCCCAAATACCAAATCACATTGCCTTCATAATGGATGGTAACAGAAGATACTCAAAGCAACACAAATTAATCGATGGGGCAGGGCACAGAGTCGGGTTCACAAGCTTAATGTCAATGCTCAAATACTCTTACGAATTAGGAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

279 aa · TkA05G057980|TK1151|PROTEIN

MQQGFQTCWKLIMDAKTRTQIYQGLGTFARKCIFSILSVSQIPNHIAFIMDGNRRYSKQHKLIDGAGHRVGFTSLMSMLKYSYELGVKYVTIYAFSIENFKRSPEEVQSLMDLMEEKIKGLIKEESIVNQYGVRVYFIGNLKLLSKPVRLAAERAMDATAKNSRAVLSICIAYTSTDEILNAVLESCEEKRDEKGEIGVRDIERHMYMKMTPDPDIIIRTSGETRLSNFLLWQSGNCLLYSPAVLWPEIGFRHLVQAVLD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G057980`
TK1151 ID	TkA05G057980
OH-1004 ID	LXL04_019522
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 91.039 / OH-1004 84.950 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G057980

位置 Chr05:15429811-15432401 (+)

描述 Similar to At2g17570: Dehydrodolichyl diphosphate synthase 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g17570`	催化顺式异戊二烯链延长以生成多烯醇的主链，多烯醇是一种糖基载体脂质，所需用于多种糖蛋白的生物合成。	暂无已核实直接文献
`At5g60510`	催化顺式异戊二烯链延长以生成多烯醇的主链，多烯醇是一种糖基载体脂质，所需用于多种糖蛋白的生物合成。	暂无已核实直接文献
`At5g60500`	催化顺式异戊二烯链延长以生成多烯醇的主链，多烯醇是一种糖基载体脂质，所需用于多种糖蛋白的生物合成。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019522 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016094 polyprenol biosynthetic process 生物过程

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能

GO:0004659 prenyltransferase activity 分子功能

GO:0016765 transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups 分子功能

GO:0045547 ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific] activity 分子功能

GO:0050267 rubber cis-polyprenylcistransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G17570

ath:AT5G60500

ath:AT5G60510

sly:101253666

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.453

排名 1 · TkA05G057980 · TK1151

细胞质0.177

排名 2 · TkA05G057980 · TK1151

线粒体0.170

排名 3 · TkA05G057980 · TK1151

细胞核0.134

排名 4 · TkA05G057980 · TK1151

高尔基体0.069

排名 5 · TkA05G057980 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01255Prenyltransf49-264 aa

PF11633bCoV_SUD_M106-139 aa

PF04446Thg1109-132 aa

PF04446Thg1144-180 aa

PF11633bCoV_SUD_M154-172 aa

PF04446Thg1199-223 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G057980	`PF01255`	Prenyltransf	49	264	2.4e-68	230.7
TkA05G057980	`PF11633`	bCoV_SUD_M	106	139	0.15	12.5
TkA05G057980	`PF04446`	Thg1	109	132	0.16	12.6
TkA05G057980	`PF04446`	Thg1	144	180	0.16	12.6
TkA05G057980	`PF11633`	bCoV_SUD_M	154	172	0.15	12.5
TkA05G057980	`PF04446`	Thg1	199	223	0.16	12.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8S2T1`	拟南芥	sp\|Q8S2T1\|DDPS6_ARATH Dehydrodolichyl diphosphate synthase 6	57.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q8LAR7`	拟南芥	sp\|Q8LAR7\|DDPS8_ARATH Dehydrodolichyl diphosphate synthase 8	44.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8LED0`	拟南芥	sp\|Q8LED0\|DDPS7_ARATH Dehydrodolichyl diphosphate synthase 7	43.100%	Swiss-Prot	中等置信

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