TkA05G056520 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G056520

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 15035684-15036267 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

453 bp · TkA05G056520|TK1151|cDNA

ATGGCGTTATCTACTCAGACACTCCCTCCATCGCAGGTGAAACGACGACAAAGAGTACAAAAGTACAGGTCAATTAAGGATCTTTACGAAAGTACTGCTAAGTCCGTCGTGGTGAACGACGTTGACGTTGCCGACATTATCTGCGTTGAATGTGGCTCCGGTGAGGAGGAACATCAGCTCCTCTTGTGCGACAAATGCGATGCAGCTTATCACATGCATTGTCACCGTCCAATCGTCTCTCGTGTTCCGATTGGTCCTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

453 bp · TkA05G056520|TK1151|CDS

ATGGCGTTATCTACTCAGACACTCCCTCCATCGCAGGTGAAACGACGACAAAGAGTACAAAAGTACAGGTCAATTAAGGATCTTTACGAAAGTACTGCTAAGTCCGTCGTGGTGAACGACGTTGACGTTGCCGACATTATCTGCGTTGAATGTGGCTCCGGTGAGGAGGAACATCAGCTCCTCTTGTGCGACAAATGCGATGCAGCTTATCACATGCATTGTCACCGTCCAATCGTCTCTCGTGTTCCGATTGGTCCTTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

150 aa · TkA05G056520|TK1151|PROTEIN

MALSTQTLPPSQVKRRQRVQKYRSIKDLYESTAKSVVVNDVDVADIICVECGSGEEEHQLLLCDKCDAAYHMHCHRPIVSRVPIGPWYCLSCTGLYNRCKGLSRSNIFKFFRIKKCYAPSLKRISPQGTIFYFIIILRYNFLLILIESSN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G056520`
TK1151 ID	TkA05G056520
OH-1004 ID	LXL04_019497
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 84.667 / OH-1004 59.070 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA05G056520`
位置	Chr05:15035684-15036267 (+)
描述	Similar to ATXR5: Probable Histone-lysine N-methyltransferase ATXR5
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_019497` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000183 rDNA heterochromatin formation 生物过程 GO:0006275 regulation of DNA replication 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0006397 mRNA processing 生物过程 GO:0009294 DNA-mediated transformation 生物过程 GO:0009555 pollen development 生物过程 GO:0009901 anther dehiscence 生物过程 GO:0032259 methylation 生物过程 GO:0051726 regulation of cell cycle 生物过程 GO:0000785 chromatin 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT5G09790 ath:AT5G24330 mmu:101471 rcu:8259125 xla:398712 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.753

排名 1 · TkA05G056520 · TK1151

细胞质0.277

排名 2 · TkA05G056520 · TK1151

细胞膜0.038

排名 3 · TkA05G056520 · TK1151

线粒体0.032

排名 4 · TkA05G056520 · TK1151

内质网0.024

排名 5 · TkA05G056520 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00628PHD48-92 aa

PF23004PHDvar_NSD48-81 aa

PF00130C1_148-78 aa

PF00130C1_188-93 aa

PF00628PHD115-123 aa

PF23004PHDvar_NSD115-127 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G056520	`PF00628`	PHD	48	92	4.3e-09	37.0
TkA05G056520	`PF23004`	PHDvar_NSD	48	81	0.00024	21.7
TkA05G056520	`PF00130`	C1_1	48	78	0.077	13.5
TkA05G056520	`PF00130`	C1_1	88	93	0.077	13.5
TkA05G056520	`PF00628`	PHD	115	123	4.3e-09	37.0
TkA05G056520	`PF23004`	PHDvar_NSD	115	127	0.00024	21.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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