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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G049720
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 13124409-13130872 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

775 bp · TkA05G049720|TK1151|cDNA

AAGAAGCACGTGCAATTCCCTTCGGTAGTTACATAGCCACATGTGCAACTGCAACTGCAAGCCCAGCTCCAGTTCGGTCCACATATATAGTCTCTCAATTTACTTCCACCATTATCCTCTCACAAAATCATTTGAATGAGTTATGACTCGCTCCTCCAGATTCCTTTCCACCGTCGTAAACTCCTCCTCAACCGTCACCGCGGTGGCGGAGCCTCCTGAAGCAGTCACCGTCGAGTCCGACTTCGTCGTCATACTCGCCG...

CDS

下载 CDS FASTA

633 bp · TkA05G049720|TK1151|CDS

ATGACTCGCTCCTCCAGATTCCTTTCCACCGTCGTAAACTCCTCCTCAACCGTCACCGCGGTGGCGGAGCCTCCTGAAGCAGTCACCGTCGAGTCCGACTTCGTCGTCATACTCGCCGCTCTCCTCTGCGCTCTTATTTGTGTTGTCGGCTTAATCATGGTCGCTCGATGCGCATGGCTCCGCCGTGGATCTACCGCCAGCGGCGGTCGGATCGCCAGCCAGACGTCGGCAAATAAAGGAATCAAGAAGAAGTTCGTTGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

211 aa · TkA05G049720|TK1151|PROTEIN

MTRSSRFLSTVVNSSSTVTAVAEPPEAVTVESDFVVILAALLCALICVVGLIMVARCAWLRRGSTASGGRIASQTSANKGIKKKFVEALPKFTYNSAKEHIDGKLSAGECAICLAEYADGDEIRVLPQCGHGFHVGCIDMWLGSHSSCPSCREILVITRCRKCGDFPTDTAGQIAPAAEFKDSPCALKTFNEWSLRLTPSEKGRLVEVCAA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G049720
TK1151 IDTkA05G049720
OH-1004 IDLXL04_019408
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 85.782 / OH-1004 92.347
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G049720
位置Chr05:13124409-13130872 (+)
描述Similar to ATL8: RING-H2 finger protein ATL8
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g20823 可能参与植物防御信号通路的早期阶段。 暂无已核实直接文献
At1g76410 RING-H2 指蛋白 ATL8。 暂无已核实直接文献
At2g17450 E3 泛素-蛋白连接酶，在体外具有 E3 泛素连接酶活性，并介导蛋白单泛素化。
Ligand-induced monoubiquitination of BIK1 regulates plant immunity.2020 · DOI: 10.1038/s41586-020-2210-3
At4g35480 E3 泛素-蛋白连接酶，在体外具有 E3 泛素连接酶活性，并介导蛋白单泛素化。
Ligand-induced monoubiquitination of BIK1 regulates plant immunity.2020 · DOI: 10.1038/s41586-020-2210-3
At1g49230 RING-H2锌指蛋白ATL78。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019408 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0009901 anther dehiscence 生物过程
GO:0009909 regulation of flower development 生物过程
GO:0010966 regulation of phosphate transport 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0048443 stamen development 生物过程
GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程
GO:0070417 cellular response to cold 生物过程
GO:0080141 regulation of jasmonic acid biosynthetic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G20823
ath:AT1G76410
ath:AT2G17450
ath:AT4G35480
ath:AT5G05280
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.384
排名 1 · TkA05G049720 · TK1151
内质网0.270
排名 2 · TkA05G049720 · TK1151
细胞质0.184
排名 3 · TkA05G049720 · TK1151
高尔基体0.158
排名 4 · TkA05G049720 · TK1151
细胞核0.151
排名 5 · TkA05G049720 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07754Ribosomal_aS2150-64 aa
PF13920zf-C3HC4_3108-153 aa
PF13639zf-RING_2109-152 aa
PF17123zf-RING_11109-138 aa
PF13923zf-C3HC4_2109-151 aa
PF14634zf-RING_5109-152 aa
PF14446Prok-RING_1109-138 aa
PF11793FANCL_C109-154 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G049720PF07754Ribosomal_aS2150640.113.2
TkA05G049720PF13920zf-C3HC4_31081530.001419.1
TkA05G049720PF13639zf-RING_21091522.6e-1557.1
TkA05G049720PF17123zf-RING_111091386.5e-1245.6
TkA05G049720PF13923zf-C3HC4_21091514.2e-0936.8
TkA05G049720PF14634zf-RING_51091524.3e-0524.1
TkA05G049720PF14446Prok-RING_11091380.0315.2
TkA05G049720PF11793FANCL_C1091540.1712.9
TkA05G049720PF12678zf-rbx11101526.4e-0833.4
TkA05G049720PF00097zf-C3HC41101517.7e-0729.6
TkA05G049720PF13445zf-RING_UBOX1101493.4e-0524.5
TkA05G049720PF23412zf_RING_Vps81101390.007216.9
TkA05G049720PF14570zf-RING_41101530.04314.3
TkA05G049720PF12861zf-ANAPC111181573.6e-0524.4
TkA05G049720PF23413zf_RING_Vps8_fungal1251520.006416.5
TkA05G049720PF07754Ribosomal_aS211271310.113.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LM69拟南芥sp|Q9LM69|ATL80_ARATH RING-H2 finger protein ATL8056.300%Swiss-Prot高置信
Q8LC69拟南芥sp|Q8LC69|ATL8_ARATH RING-H2 finger protein ATL855.800%Swiss-Prot高置信
O22755拟南芥sp|O22755|ATL44_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase ATL4453.100%Swiss-Prot高置信
Q9ZT49拟南芥sp|Q9ZT49|ATL45_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase ATL4547.100%Swiss-Prot中等置信
Q6NQG7拟南芥sp|Q6NQG7|ATL78_ARATH RING-H2 finger protein ATL7841.300%Swiss-Prot中等置信

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