TkA05G048800 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G048800

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 12846237-12847503 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

828 bp · TkA05G048800|TK1151|cDNA

ATGAAGAATGGGAAGAAGGTGGACAATGTCCCTGTTCGTGTTAACATCAACGACAAAAAGTACGTCATAGGGACTCTTTCTTCAGAACGTGCACCCCAAATCATTTTCGATCTGGTTTTCGAGCAAGATCTTGAGCTCTCCCACGAATGGAAAGATGGCAGTGTCTACTTCTGTGGATACATTGCAGATAACCCAGTCGAGGATGATGAGTATGAATTTGATTCTTCTGATGAAGAAGAAGCAATGAATCTTGCTGCCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

615 bp · TkA05G048800|TK1151|CDS

ATGAAGAATGGGAAGAAGGTGGACAATGTCCCTGTTCGTGTTAACATCAACGACAAAAAGTACGTCATAGGGACTCTTTCTTCAGAACGTGCACCCCAAATCATTTTCGATCTGGTTTTCGAGCAAGATCTTGAGCTCTCCCACGAATGGAAAGATGGCAGTGTCTACTTCTGTGGATACATTGCAGATAACCCAGTCGAGGATGATGAGTATGAATTTGATTCTTCTGATGAAGAAGAAGCAATGAATCTTGCTGCCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

204 aa · TkA05G048800|TK1151|PROTEIN

MKNGKKVDNVPVRVNINDKKYVIGTLSSERAPQIIFDLVFEQDLELSHEWKDGSVYFCGYIADNPVEDDEYEFDSSDEEEAMNLAANGPIQGKPKASIKDVIEEDDSEDDEDDSDDEMADSDDEDDSEEEEEEEEVEVKPVKKPVQVAKRPAESAQKTPVPVPAKKAKSNTPQKTDGKKGGHTATPHPHSKPSFKKGKKSGNRS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G048800`
TK1151 ID	TkA05G048800
OH-1004 ID	LXL04_009348
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	90.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 79.200 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA05G048800`
位置	Chr05:12846237-12847503 (+)
描述	Similar to HDT1: Histone deacetylase HDT1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_009348` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006325 chromatin organization 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0009294 DNA-mediated transformation 生物过程 GO:0009409 response to cold 生物过程 GO:0009414 response to water deprivation 生物过程 GO:0009651 response to salt stress 生物过程 GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程 GO:0009944 polarity specification of adaxial/abaxial axis 生物过程 GO:0010162 seed dormancy process 生物过程 GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0048364 root development 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT3G44750 ath:AT5G03740 gmx:547649 zma:542636 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.945

排名 1 · TkA05G048800 · TK1151

细胞质0.178

排名 2 · TkA05G048800 · TK1151

线粒体0.018

排名 3 · TkA05G048800 · TK1151

细胞膜0.017

排名 4 · TkA05G048800 · TK1151

细胞外0.016

排名 5 · TkA05G048800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17800NPL6-61 aa

PF05327RRN334-143 aa

PF09073BUD2262-178 aa

PF30856ARM_UBR_1_2_363-168 aa

PF05764YL166-186 aa

PF06524NOA3666-135 aa

PF04147Nop1468-173 aa

PF09184PPP4R273-135 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G048800	`PF17800`	NPL	6	61	3.9e-07	31.4
TkA05G048800	`PF05327`	RRN3	34	143	0.54	9.4
TkA05G048800	`PF09073`	BUD22	62	178	0.024	14.7
TkA05G048800	`PF30856`	ARM_UBR_1_2_3	63	168	9.9	4.9
TkA05G048800	`PF05764`	YL1	66	186	2.6e-05	25.2
TkA05G048800	`PF06524`	NOA36	66	135	0.0055	16.8
TkA05G048800	`PF04147`	Nop14	68	173	0.041	12.9
TkA05G048800	`PF09184`	PPP4R2	73	135	1.3	9.2
TkA05G048800	`PF30130`	VID28_C	78	142	8.6	5.8
TkA05G048800	`PF01056`	Myc_N	82	157	0.0012	19.3
TkA05G048800	`PF01080`	Presenilin	93	166	7.9	5.8
TkA05G048800	`PF02724`	CDC45	97	176	0.6	9.0
TkA05G048800	`PF25695`	BKRF4	103	193	4.2	8.1
TkA05G048800	`PF12722`	Hid1	104	174	4.0	6.2
TkA05G048800	`PF17800`	NPL	133	138	3.9e-07	31.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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