TkA05G048540 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G048540

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 12754279-12759043 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3480 bp · TkA05G048540|TK1151|cDNA

TTCACGTTCTCCCACCATAACGAGGCATACTTTTTAAGTTTCAAAACAGCAACTTTGTAACTTTTCTCATCAGAATACCCCTTGACATCGAAAAGGTTCTCGATATCATTCAACCATTCAATAAAATCATCTGGGTTTGATCCTCCATGAAACTCTGGAGCGTCTGCTTTGACGTCTCTAAGATCATCTTTAAACCTTCTGCGAACTGAAGACCGACCAGATTTATCTAAACTAGAATCATCAAGGCCGTTTGAATCACC...

CDS

下载 CDS FASTA

726 bp · TkA05G048540|TK1151|CDS

ATGCGGGTTCTCAAGAATGATTTTGTCAAGTATGCACATGATGAGGAAACAGCCGAGGATCAGGAAGAAACTGGATGGAAGTACATTCATGGTGATGTCTTTAGATACCCGAAATTCAAATCTTTATTTGCTGCTGCCCTTGGCTCTGGTACTCAGCTATTTGCACTTACAATCTTCATCTTCATTCTTGCACTAGTTGGTGTATTTTATCCATATAATCGAGGAGCCCTTTTCACTGCATTGGTTGTCATATATGCCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

241 aa · TkA05G048540|TK1151|PROTEIN

MRVLKNDFVKYAHDEETAEDQEETGWKYIHGDVFRYPKFKSLFAAALGSGTQLFALTIFIFILALVGVFYPYNRGALFTALVVIYALTSGIAGYTASSFYCQLEGTNWVRNLLLTGSLFCGPLFLTFCFLNTVAIAYSATAALPFGTIVVIALIWALVTSPLLVLGVSPEKTARRTFKHLAGPPSIPERFRRYRGTVAVSPKWRWQGFFRSVPFTSSFITYLRACGAIGFTRFTVFCSSCL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G048540`
TK1151 ID	TkA05G048540
OH-1004 ID	LXL04_019387
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	80.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 90.871 / OH-1004 31.905 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G048540

位置 Chr05:12754279-12759043 (+)

描述 Similar to TMN3: Transmembrane 9 superfamily member 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g01970`	跨膜 9 超家族成员 3。	暂无已核实直接文献
`At5g37310`	膜跨9超家族成员4。	暂无已核实直接文献
`At1g14670`	跨膜9超级家族成员 2。	暂无已核实直接文献
`At1g08350`	跨膜9超家族成员 5。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019387 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006909 phagocytosis 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0019954 asexual reproduction 生物过程

GO:0031589 cell-substrate adhesion 生物过程

GO:0033299 secretion of lysosomal enzymes 生物过程

GO:0061025 membrane fusion 生物过程

GO:0072657 protein localization to membrane 生物过程

GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08350

ath:AT1G14670

ath:AT2G01970

ath:AT5G37310

ddi:DDB_G0277273

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.374

排名 1 · TkA05G048540 · TK1151

细胞膜0.225

排名 2 · TkA05G048540 · TK1151

高尔基体0.212

排名 3 · TkA05G048540 · TK1151

细胞质0.166

排名 4 · TkA05G048540 · TK1151

溶酶体／液泡0.166

排名 5 · TkA05G048540 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02990EMP701-172 aa

PF10710DUF251224-83 aa

PF13314DUF408350-70 aa

PF09843DUF207052-169 aa

PF10710DUF2512134-159 aa

PF13314DUF4083147-165 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G048540	`PF02990`	EMP70	1	172	4.9e-56	191.2
TkA05G048540	`PF10710`	DUF2512	24	83	8.4	6.7
TkA05G048540	`PF13314`	DUF4083	50	70	4.3	8.1
TkA05G048540	`PF09843`	DUF2070	52	169	2.6	6.9
TkA05G048540	`PF10710`	DUF2512	134	159	8.4	6.7
TkA05G048540	`PF13314`	DUF4083	147	165	4.3	8.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZPS7`	拟南芥	sp\|Q9ZPS7\|TMN3_ARATH Transmembrane 9 superfamily member 3	73.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FHT4`	拟南芥	sp\|Q9FHT4\|TMN4_ARATH Transmembrane 9 superfamily member 4	71.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q940S0`	拟南芥	sp\|Q940S0\|TMN2_ARATH Transmembrane 9 superfamily member 2	83.100%	Swiss-Prot	高置信
`F4HW17`	拟南芥	sp\|F4HW17\|TMN5_ARATH Transmembrane 9 superfamily member 5	52.400%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情