TkA05G048040 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G048040

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 12635207-12637912 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

388 bp · TkA05G048040|TK1151|cDNA

AGTTTTCCTTTGTAAATCAGAAGTAGGCTGTTTATCATCCTCGGACGCAACTGGTTTGAGCTCGAAGGTCCAAATGGCAACAAACGGCGCTACCGGTGATGGGAGCGATCCTGCAAACACTATAAAAGTAAGCGTGAAGTTCAACGGACGATCAATACCGGTGAGCCTTTCTGTTGAATCCACCGTCAAAGACCTAAAATCTCTCCTTCAACCTCTCACCGATGTTCTTCCTCGCGGCCAAAAACTAATCGCTAAGGGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1131 bp · TkA05G048040|TK1151|CDS

ATGGCAACAAACGGCGCTACCGGTGATGGGAGCGATCCTGCAAACACTATAAAAGTAAGCGTGAAGTTCAACGGACGATCAATACCGGTGAGCCTTTCTGTTGAATCCACCGTCAAAGACCTAAAATCTCTCCTTCAACCTCTCACCGATGTTCTTCCTCGCGGCCAAAAACTAATCGCTAAGGGGAAAATTCTTGACGATGAGATGAAATTTAGTTCGTTGGGGACATACAGTGGTGTCTATAAGATACAGCTCCTAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

376 aa · TkA05G048040|TK1151|PROTEIN

MATNGATGDGSDPANTIKVSVKFNGRSIPVSLSVESTVKDLKSLLQPLTDVLPRGQKLIAKGKILDDEMKFSSLGTYSGVYKIQLLASQGLHQGSGPIKKESPVVSNLRKTPETNKREKQVTVVKNQFERWKLTGVIALSNSDIKVIPQEVWKCGSSVRFLDLNCNSIQDIPDAIGELSSLQKLLLNANCIEDEFLSWKGLSSLKSLSLLSLNQNLLTNLPSDLGALTTLKELHVANNKLTCLPDEIGLLVHLEVLEAND...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G048040`
TK1151 ID	TkA05G048040
OH-1004 ID	LXL04_019377
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G048040

位置 Chr05:12635207-12637912 (+)

描述 Similar to At2g30105: LRR repeats and ubiquitin-like domain-containing protein At2g30105

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g30105`	含LRR重复和泛素样结构域蛋白 At2g30105。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0456200`	富含亮氨酸的重复蛋白，可能在信号转导的背景下介导蛋白质相互作用。	暂无已核实直接文献
`Os03g0212200`	富含亮氨酸的重复蛋白，可能在信号转导的背景下介导蛋白质相互作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019377 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G30105

dosa:Os03g0212200

dosa:Os10g0456200

rno:311346

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.614

排名 1 · TkA05G048040 · TK1151

细胞核0.377

排名 2 · TkA05G048040 · TK1151

细胞膜0.085

排名 3 · TkA05G048040 · TK1151

高尔基体0.059

排名 4 · TkA05G048040 · TK1151

内质网0.050

排名 5 · TkA05G048040 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00240ubiquitin17-89 aa

PF14580LRR_9107-220 aa

PF23952LRR_EndoS118-145 aa

PF13306LRR_5128-189 aa

PF13855LRR_8137-189 aa

PF23598LRR_14138-236 aa

PF00560LRR_1139-153 aa

PF12799LRR_4156-172 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G048040	`PF00240`	ubiquitin	17	89	3.1e-10	40.4
TkA05G048040	`PF14580`	LRR_9	107	220	2.2e-06	28.1
TkA05G048040	`PF23952`	LRR_EndoS	118	145	0.098	13.6
TkA05G048040	`PF13306`	LRR_5	128	189	0.0042	17.7
TkA05G048040	`PF13855`	LRR_8	137	189	3.9e-21	75.3
TkA05G048040	`PF23598`	LRR_14	138	236	1.3e-16	61.0
TkA05G048040	`PF00560`	LRR_1	139	153	2.8e-08	33.0
TkA05G048040	`PF12799`	LRR_4	156	172	1.4e-18	67.2
TkA05G048040	`PF12799`	LRR_4	157	193	1.4e-18	67.2
TkA05G048040	`PF00560`	LRR_1	158	178	2.8e-08	33.0
TkA05G048040	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	164	187	0.12	13.0
TkA05G048040	`PF23211`	LRR_LRWD1	178	225	0.00052	20.5
TkA05G048040	`PF12799`	LRR_4	180	209	1.4e-18	67.2
TkA05G048040	`PF00560`	LRR_1	180	196	2.8e-08	33.0
TkA05G048040	`PF13855`	LRR_8	196	240	3.9e-21	75.3
TkA05G048040	`PF23952`	LRR_EndoS	196	255	0.098	13.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P0C895`	拟南芥	sp\|P0C895\|Y2010_ARATH LRR repeats and ubiquitin-like domain-containing protein At2g30105	56.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q7XDQ7`	水稻	sp\|Q7XDQ7\|PIRL8_ORYSJ Plant intracellular Ras-group-related LRR protein 8	58.100%	Swiss-Prot	高置信
`B9F655`	水稻	sp\|B9F655\|PIRL7_ORYSJ Plant intracellular Ras-group-related LRR protein 7	41.800%	Swiss-Prot	低置信

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