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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G038540
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 10439830-10454509 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

5883 bp · TkA05G038540|TK1151|cDNA

TAGCCACTTAGCCCTAGCTAATGGTGGGTCTTTGTTTTTCCGCGCAGAACTAGGACCAATTCGTTTCATGCATTGCTTCACTTCGATCGTCTCTGTTTCTCGCCCCCAATTCTGGCACTCCATTAATCCCATCACATCGTTTTGGACATCCAGTTCCGCCATTAACATATAAGCTCCCAACAAAAAAAGAATCCAGCTTTGTTTCATAAGAAGATGGGCAGGCAAAAGGGAGAAGCAGCAAGAAGCAAAGCTCGACCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

5346 bp · TkA05G038540|TK1151|CDS

ATGGGCAGGCAAAAGGGAGAAGCAGCAAGAAGCAAAGCTCGACCTTCCAGCAGCAGCTTAGCCGCTTCTCTGCTACCGTCGGGTGCTACAGCAGTTGGATTTGGGGGTTATGTCGGGAGTTCACGTATTGAAACTTCTACACCGATAACTCAGGACGCTGATTCTTCTTTCGTGGATATCGATGGTGAATTGGCACAACATTTGAAGAGACTTGCCAGAAAAGATCCAACCACAAAGCTGAAGGCTTTAACAACTTTATC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1781 aa · TkA05G038540|TK1151|PROTEIN

MGRQKGEAARSKARPSSSSLAASLLPSGATAVGFGGYVGSSRIETSTPITQDADSSFVDIDGELAQHLKRLARKDPTTKLKALTTLSTLFTQKSAKDVSPIIPQWAFEYKKLLLDYNREVRRATHETMANLVTTVGRDLAPHLKSLMGPWWFSQFDAVHEVSQAAKRSFQAAFPVQEKRLNALMLCTDDMFMYLEENLKLTPQSMSDKAVALDELQEMHQQVISSSLLALSTLLDVLTNQKQENPNSELKPALKAKTSAI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G038540
TK1151 IDTkA05G038540
OH-1004 IDLXL04_019293
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)96.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G038540
位置Chr05:10439830-10454509 (-)
描述Similar to At5g58410: E3 ubiquitin-protein ligase listerin
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g58410 E3 泛素蛋白连接酶。 暂无已核实直接文献
At2g38400 线粒体丙氨酸-乙醛酸转氨酶2同源蛋白2。 暂无已核实直接文献
At3g08860 线粒体丙氨酸-乙醛酸转氨酶2同源蛋白3。 暂无已核实直接文献
At4g39660 线粒体丙氨酸-乙醛酸转氨酶2同源蛋白1。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019293 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0072344 rescue of stalled cytosolic ribosome 生物过程
GO:1990116 ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:1990112 RQC complex 细胞组分
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0043023 ribosomal large subunit binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G58410
xtr:780202
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.549
排名 1 · TkA05G038540 · TK1151
细胞质0.412
排名 2 · TkA05G038540 · TK1151
高尔基体0.056
排名 3 · TkA05G038540 · TK1151
内质网0.049
排名 4 · TkA05G038540 · TK1151
细胞膜0.045
排名 5 · TkA05G038540 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22958Ltn1_1st60-382 aa
PF23271HEAT_GCN167-145 aa
PF23227HEAT_MROH2B_C68-186 aa
PF10274ParcG70-149 aa
PF12348CLASP_N109-132 aa
PF22999LTN1_E3_ligase_6th195-241 aa
PF10274ParcG205-244 aa
PF23271HEAT_GCN1208-341 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G038540PF22958Ltn1_1st603822.3e-90304.0
TkA05G038540PF23271HEAT_GCN1671451.9e-0938.6
TkA05G038540PF23227HEAT_MROH2B_C681863.1e-0524.1
TkA05G038540PF10274ParcG701490.003318.4
TkA05G038540PF12348CLASP_N1091320.09413.0
TkA05G038540PF22999LTN1_E3_ligase_6th1952418e-33114.5
TkA05G038540PF10274ParcG2052440.003318.4
TkA05G038540PF23271HEAT_GCN12083411.9e-0938.6
TkA05G038540PF12348CLASP_N2563010.09413.0
TkA05G038540PF23227HEAT_MROH2B_C2593243.1e-0524.1
TkA05G038540PF22999LTN1_E3_ligase_6th2712998e-33114.5
TkA05G038540PF14169YdjO3243331.49.4
TkA05G038540PF22958Ltn1_1st4875302.3e-90304.0
TkA05G038540PF13639zf-RING_25045255.8e-0730.4
TkA05G038540PF12906RINGv5105261.69.7
TkA05G038540PF08746zf-RING-like5115270.3111.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FGI1拟南芥sp|Q9FGI1|LTN1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase listerin46.900%Swiss-Prot中等置信
Q94AL9拟南芥sp|Q94AL9|AGT22_ARATH Alanine--glyoxylate aminotransferase 2 homolog 2, mitochondrial70.700%Swiss-Prot高置信
Q9SR86拟南芥sp|Q9SR86|AGT23_ARATH Alanine--glyoxylate aminotransferase 2 homolog 3, mitochondrial68.200%Swiss-Prot高置信
Q940M2拟南芥sp|Q940M2|AGT21_ARATH Alanine--glyoxylate aminotransferase 2 homolog 1, mitochondrial62.300%Swiss-Prot高置信

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