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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G037870
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 10246006-10246485 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

480 bp · TkA05G037870|TK1151|cDNA

ATGTCCTCCTCGAGTCAGACCAACACAACTGACTCTTCATCACCTGGAGAAACTGGCTTCGATACCAACACCATTGTAGTTCTAGCAGCCTTATTATGTGCACTTGTAGCTTCACTTGCACTCAACTCAGTCATACAATATGCGTTACGACATAGGCGTGAATCCTTAGAAGCAGCAGCTGCCATGGCCTCACGATCTCAGAAACATACCATAAAGAAGATTCATGTGGAAGTATTTGGGTCAGGAGCAGAGATTCAGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

480 bp · TkA05G037870|TK1151|CDS

ATGTCCTCCTCGAGTCAGACCAACACAACTGACTCTTCATCACCTGGAGAAACTGGCTTCGATACCAACACCATTGTAGTTCTAGCAGCCTTATTATGTGCACTTGTAGCTTCACTTGCACTCAACTCAGTCATACAATATGCGTTACGACATAGGCGTGAATCCTTAGAAGCAGCAGCTGCCATGGCCTCACGATCTCAGAAACATACCATAAAGAAGATTCATGTGGAAGTATTTGGGTCAGGAGCAGAGATTCAGGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

159 aa · TkA05G037870|TK1151|PROTEIN

MSSSSQTNTTDSSSPGETGFDTNTIVVLAALLCALVASLALNSVIQYALRHRRESLEAAAAMASRSQKHTIKKIHVEVFGSGAEIQASECSICLGDFVDGEKVRVLPQCNHEFHVKCVDKWLVDHMSCPNCRRLVALLPEGERAAGNQSEYDSVLNFMV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G037870
TK1151 IDTkA05G037870
OH-1004 IDLXL04_019282
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G037870
位置Chr05:10246006-10246485 (+)
描述Similar to ATL72: RING-H2 finger protein ATL72
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g01880 RING-H2指蛋白ATL74。 暂无已核实直接文献
At3g10910 RING-H2 指蛋白 ATL72。 暂无已核实直接文献
At1g49230 RING-H2锌指蛋白ATL78。 暂无已核实直接文献
At5g05280 RING-H2指蛋白ATL73。 暂无已核实直接文献
At2g17450 E3 泛素-蛋白连接酶，在体外具有 E3 泛素连接酶活性，并介导蛋白单泛素化。
Ligand-induced monoubiquitination of BIK1 regulates plant immunity.2020 · DOI: 10.1038/s41586-020-2210-3

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019282 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0009901 anther dehiscence 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0048443 stamen development 生物过程
GO:0048481 plant ovule development 生物过程
GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程
GO:0080141 regulation of jasmonic acid biosynthetic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G49230
ath:AT2G17450
ath:AT3G10910
ath:AT5G01880
ath:AT5G05280
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.411
排名 1 · TkA05G037870 · TK1151
溶酶体／液泡0.271
排名 2 · TkA05G037870 · TK1151
内质网0.200
排名 3 · TkA05G037870 · TK1151
细胞质0.168
排名 4 · TkA05G037870 · TK1151
高尔基体0.121
排名 5 · TkA05G037870 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13832zf-HC5HC2H_269-120 aa
PF29452FAR1_N87-122 aa
PF13920zf-C3HC4_388-134 aa
PF13639zf-RING_289-132 aa
PF17123zf-RING_1189-118 aa
PF13923zf-C3HC4_289-131 aa
PF14634zf-RING_589-133 aa
PF11793FANCL_C89-127 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G037870PF13832zf-HC5HC2H_2691200.07214.0
TkA05G037870PF29452FAR1_N871220.06214.0
TkA05G037870PF13920zf-C3HC4_3881340.003417.9
TkA05G037870PF13639zf-RING_2891324e-1453.3
TkA05G037870PF17123zf-RING_11891181.2e-1248.0
TkA05G037870PF13923zf-C3HC4_2891311.4e-0731.9
TkA05G037870PF14634zf-RING_5891333.2e-0524.5
TkA05G037870PF11793FANCL_C891270.003718.2
TkA05G037870PF14446Prok-RING_1891200.07813.9
TkA05G037870PF21202SLX1_C891250.3412.0
TkA05G037870PF00097zf-C3HC4901316.8e-0626.6
TkA05G037870PF13445zf-RING_UBOX901290.0009919.8
TkA05G037870PF14570zf-RING_4901330.008216.6
TkA05G037870PF22191IBR_1901010.07413.7
TkA05G037870PF24921RING_XB3-XBAT31901226.77.6
TkA05G037870PF12678zf-rbx11031321.1e-0629.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LZV8拟南芥sp|Q9LZV8|ATL74_ARATH RING-H2 finger protein ATL7456.800%Swiss-Prot低置信
Q9SG96拟南芥sp|Q9SG96|ATL72_ARATH RING-H2 finger protein ATL7249.500%Swiss-Prot中等置信
Q6NQG7拟南芥sp|Q6NQG7|ATL78_ARATH RING-H2 finger protein ATL7839.700%Swiss-Prot中等置信
Q9FLC6拟南芥sp|Q9FLC6|ATL73_ARATH RING-H2 finger protein ATL7350.000%Swiss-Prot中等置信
O22755拟南芥sp|O22755|ATL44_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase ATL4439.000%Swiss-Prot中等置信

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