TkA05G035220 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G035220

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 9527411-9529327 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1138 bp · TkA05G035220|TK1151|cDNA

TATAATTGGAACTACAACTGGCGAGGGGTGTTTAATAATGGAAGAATATTATAATAAGTAGAAGGGCAAAGATTTTGAAAGCTCATATAACTTGTGATCACAACGCTTACCACGCAATTACAAAATTCATCTCCATCTTCATCTTCATCTTCATCTTCATCAAGAATTAAGACACTTGCTCTCTAAAAAGTGCGTGGATCAGGTCTAGTGTAATATTTCAAGAAAAAGATGGGTTACTGGAAGTCAACAGTGGTACCAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

609 bp · TkA05G035220|TK1151|CDS

ATGGGTTACTGGAAGTCAACAGTGGTACCAAAGTTCAAGAAGATATTCGAGAAGAACAACGGTAAGAAAGCCGCTGCTGCAGAAGCTTGCAAGACCTTCGATGACGCTAAGGAGGATTACAGCAAAGAGTTTGAAGAAAAGAAGAGTGAACTCCAAGCTAAAGTCATCGAAATCTATGAAGCTTCTGCTGATGAAATCAAGGCAGTTGTGAAGGAGAAGAAGGAAGGCGCCTTGAAAAAGGTATCCACTGGTGTTGAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

202 aa · TkA05G035220|TK1151|PROTEIN

MGYWKSTVVPKFKKIFEKNNGKKAAAAEACKTFDDAKEDYSKEFEEKKSELQAKVIEIYEASADEIKAVVKEKKEGALKKVSTGVEKFLEELSKIEFPGSKPAHEACCKFGPTLVEGPIFFVFEKVSTFIVVEEKKEEETPAPEAPPAAAAPVEESSSKEKEIVVEEEKKEEVVAVAEVEKAPETTPAKAEEVAPTEPPKAC

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G035220`
TK1151 ID	TkA05G035220
OH-1004 ID	LXL04_019264
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G035220

位置 Chr05:9527411-9529327 (+)

描述 Similar to PCAP1: Plasma membrane-associated cation-binding protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g20260`	可能通过与PtdInsPs和钙调蛋白（CaM）的相互作用参与细胞内信号传导；可能将PtdInsPs保持在质膜上，直到Ca²⁺-CaM达到由刺激引发的浓度竞争，从而导致PtdInsPs释放及随后的InsPs依赖信号级联激活。	Molecular properties of a novel, hydrophilic cation-binding protein associated with the plasma membrane.2007 · DOI: 10.1093/jxb/erl284 A hydrophilic cation-binding protein of Arabidopsis thaliana, AtPCaP1, is localized to plasma membrane via N-myristoylation and interacts with calmodulin and the phosphatidylinositol phosphates PtdIns(3,4,5)P(3) and PtdIns(3,5)P(2).2008 · DOI: 10.1111/j.1742-4658.2008.06379.x PCaPs, possible regulators of PtdInsP signals on plasma membrane.2010 · DOI: 10.4161/psb.5.7.11825 MDP25, a novel calcium regulatory protein, mediates hypocotyl cell elongation by destabilizing cortical microtubules in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.092684 Interaction of the trans-frame potyvirus protein P3N-PIPO with host protein PCaP1 facilitates potyvirus movement.2012 · DOI: 10.1371/journal.ppat.1002639

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2WMG6`	盐胁迫下的根蛋白RS1。	暂无已核实直接文献
`Os01g0233000`	盐胁迫下的根蛋白RS1。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019264 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006499 N-terminal protein myristoylation 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0010350 cellular response to magnesium starvation 生物过程

GO:0031115 negative regulation of microtubule polymerization 生物过程

GO:0031117 positive regulation of microtubule depolymerization 生物过程

GO:0035865 cellular response to potassium ion 生物过程

GO:0043622 cortical microtubule organization 生物过程

GO:0051511 negative regulation of unidimensional cell growth 生物过程

GO:0051592 response to calcium ion 生物过程

GO:0071219 cellular response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0071280 cellular response to copper ion 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G20260

dosa:Os01g0233000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.532

排名 1 · TkA05G035220 · TK1151

细胞膜0.244

排名 2 · TkA05G035220 · TK1151

细胞核0.153

排名 3 · TkA05G035220 · TK1151

内质网0.089

排名 4 · TkA05G035220 · TK1151

线粒体0.063

排名 5 · TkA05G035220 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05558DREPP1-195 aa

PF08148DSHCT12-79 aa

PF08148DSHCT127-175 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G035220	`PF05558`	DREPP	1	195	1.2e-73	248.1
TkA05G035220	`PF08148`	DSHCT	12	79	1.4	9.4
TkA05G035220	`PF08148`	DSHCT	127	175	1.4	9.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q96262`	拟南芥	sp\|Q96262\|PCAP1_ARATH Plasma membrane-associated cation-binding protein 1	63.100%	Swiss-Prot	中等置信
`A2WMG6`	水稻	sp\|A2WMG6\|SRS1_ORYSI Salt stress root protein RS1	48.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q0JPA6`	水稻	sp\|Q0JPA6\|SRS1_ORYSJ Salt stress root protein RS1	48.400%	Swiss-Prot	中等置信

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