TkA05G034160 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G034160

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 9215084-9218384 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1482 bp · TkA05G034160|TK1151|cDNA

CCATGATTCCCCTTTCGGTCCCTAAATTGTGTCTTCCAAAACAATATCTTCAAGGGGGAAGTTTTGCGACTCGCGAAAGAGAAACAGCAGCACAGAAACCCTAGAACGTTTTTTCTTGTCGCCTACGAATCAAATCAAATACAAACATACACACAAACAAATCTACGAAGGGAGTGGGAGTTTGGTGAGCGAGTTCTTATTTGTGCGTGTGTGTGTGTATTTTGAAGTTAGTTGAGATGGGGAAGAAGAAGAAGAGAGTA...

CDS

下载 CDS FASTA

981 bp · TkA05G034160|TK1151|CDS

ATGGGGAAGAAGAAGAAGAGAGTATCATCAGACGTATGGTGTTATTATTGTGACAGAGAATTCGATGATGAGAAGATTTTGGTTCAGCACCAGAAGGCTAAGCATTTTAAGTGCCATGTCTGCCATAAGAAGCTTTCGACCGCTGGCGGTATGGCCATCCATGTCCTGCAGGTGCATAAAGAAACTGTTTCTAAGGTTCCCAATGCTAAAGAGGGCAGAGAATCAACAGATATTGAAATCTATGGCATGCAGGGTATCCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

326 aa · TkA05G034160|TK1151|PROTEIN

MGKKKKRVSSDVWCYYCDREFDDEKILVQHQKAKHFKCHVCHKKLSTAGGMAIHVLQVHKETVSKVPNAKEGRESTDIEIYGMQGIPPDVLASHYGDEDNDNPTKVGKMEIPSSHIGMVPGSLGYPPSTMQSMYNPGIPRAGWPVVPPRPQQPWFQQNQVPPAPLGMVQLQQQPLFPVQTIRAPPGLQPSFPVAPPGIGSAPSVPLFPVVVGSSSSSNGMPSQTSPYSSATIQGGVAVSSHSYASGPNTGGPSIGPPPVI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G034160`
TK1151 ID	TkA05G034160
OH-1004 ID	LXL04_019253
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G034160

位置 Chr05:9215084-9218384 (+)

描述 Similar to SUF4: Protein SUPPRESSOR OF FRI 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g30970`	序列特异性 DNA 结合因子，可识别 5'-CCAAATTTTAAGTTT-3' 序列。	SUPPRESSOR OF FRI 4 encodes a nuclear-localized protein that is required for delayed flowering in winter-annual Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1242/dev.02684 SUPPRESSOR OF FRIGIDA4, encoding a C2H2-Type zinc finger protein, represses flowering by transcriptional activation of Arabidopsis FLOWERING LOCUS C.2006 · DOI: 10.1105/tpc.106.045179 Resetting and regulation of Flowering Locus C expression during Arabidopsis reproductive development.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03776.x The FRIGIDA complex activates transcription of FLC, a strong flowering repressor in Arabidopsis, by recruiting chromatin modification factors.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.075911

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019253 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000070 mitotic sister chromatid segregation 生物过程

GO:0001578 microtubule bundle formation 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007094 mitotic spindle assembly checkpoint signaling 生物过程

GO:0008608 attachment of spindle microtubules to kinetochore 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0046785 microtubule polymerization 生物过程

GO:0050821 protein stabilization 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051983 regulation of chromosome segregation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G30970

hsa:7756

mmu:22680

xla:380016

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.952

排名 1 · TkA05G034160 · TK1151

细胞质0.181

排名 2 · TkA05G034160 · TK1151

细胞膜0.018

排名 3 · TkA05G034160 · TK1151

线粒体0.015

排名 4 · TkA05G034160 · TK1151

内质网0.012

排名 5 · TkA05G034160 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10367zf-Vps39_C4-26 aa

PF23107Zf-C2H2_ZNF451_C8-30 aa

PF02748PyrI_C11-26 aa

PF23108Zf-C2H2_ZNF45112-35 aa

PF14369Zn_ribbon_1912-20 aa

PF13894zf-C2H2_413-35 aa

PF12171zf-C2H2_jaz13-32 aa

PF17003Actin_micro13-61 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G034160	`PF10367`	zf-Vps39_C	4	26	0.22	11.9
TkA05G034160	`PF23107`	Zf-C2H2_ZNF451_C	8	30	0.074	14.4
TkA05G034160	`PF02748`	PyrI_C	11	26	4.6	7.8
TkA05G034160	`PF23108`	Zf-C2H2_ZNF451	12	35	2.3	8.8
TkA05G034160	`PF14369`	Zn_ribbon_19	12	20	7.2	7.6
TkA05G034160	`PF13894`	zf-C2H2_4	13	35	5.1e-05	24.3
TkA05G034160	`PF12171`	zf-C2H2_jaz	13	32	0.0019	19.0
TkA05G034160	`PF17003`	Actin_micro	13	61	0.36	10.8
TkA05G034160	`PF00096`	zf-C2H2	14	35	0.0051	17.9
TkA05G034160	`PF00412`	LIM	14	49	0.041	14.9
TkA05G034160	`PF04423`	Rad50_zn_hook	14	25	0.044	14.3
TkA05G034160	`PF04423`	Rad50_zn_hook	25	47	0.044	14.3
TkA05G034160	`PF02748`	PyrI_C	27	46	4.6	7.8
TkA05G034160	`PF04780`	DUF629	29	64	1.9	7.8
TkA05G034160	`PF12171`	zf-C2H2_jaz	35	49	0.0019	19.0
TkA05G034160	`PF23108`	Zf-C2H2_ZNF451	35	59	2.3	8.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C5G0`	拟南芥	sp\|Q9C5G0\|SUF4_ARATH Protein SUPPRESSOR OF FRI 4	58.400%	Swiss-Prot	高置信

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