TkA05G033750 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G033750

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 9141391-9146399 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1872 bp · TkA05G033750|TK1151|cDNA

ATGATTTTTACGGTAACGCTATGGCCGAGGAAGGAGGGCTGCTTTCTGCTCGGCAGTCGTGGTTTCTCAAACTCGCTCGGCAGCAAGCACGAGGGTGCTGCTGTTGGGTGCACGATCGGAGAGGAGCAGCAAGGAGGACTCGACGGAGGGATAGAGGAGGTTGCTGGTGTATGGAAAACGGCCGGAAGAAAGATTGTCGGTGATGGAAAGAGCTCCCGTCAACAACCTTCGTTGTTGCTGTTCGCCGAAGATGGAAAGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1872 bp · TkA05G033750|TK1151|CDS

ATGATTTTTACGGTAACGCTATGGCCGAGGAAGGAGGGCTGCTTTCTGCTCGGCAGTCGTGGTTTCTCAAACTCGCTCGGCAGCAAGCACGAGGGTGCTGCTGTTGGGTGCACGATCGGAGAGGAGCAGCAAGGAGGACTCGACGGAGGGATAGAGGAGGTTGCTGGTGTATGGAAAACGGCCGGAAGAAAGATTGTCGGTGATGGAAAGAGCTCCCGTCAACAACCTTCGTTGTTGCTGTTCGCCGAAGATGGAAAGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

623 aa · TkA05G033750|TK1151|PROTEIN

MIFTVTLWPRKEGCFLLGSRGFSNSLGSKHEGAAVGCTIGEEQQGGLDGGIEEVAGVWKTAGRKIVGDGKSSRQQPSLLLFAEDGKARGNRRRWKNQEQVAGLEVGRCRKSQRRQNRTAGDGHLAGKGGGALHGPLPAQEKAADAGVSPDQSWSSRMMAGRSETVARKEAAAALRIRKMGRYIHNRSYLLLGAAGKTSKMEREVAEASGGSKKLPAVADPPPPPQQLSLLLFAGAVAARRRFAAGRDDVQGIRRRWNKAG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G033750`
TK1151 ID	TkA05G033750
OH-1004 ID	LXL04_022410
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	54.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 46.228 / OH-1004 12.476 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G033750

位置 Chr05:9141391-9146399 (-)

描述 Similar to VIII-1: Myosin-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q94HW2`	来自转座子 RE1 的逆转录病毒相关 Pol 多蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g02960`	转座子RE2来源的逆转录病毒相关Pol多蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022410 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0007015 actin filament organization 生物过程

GO:0010082 regulation of root meristem growth 生物过程

GO:0010090 trichome morphogenesis 生物过程

GO:0030048 actin filament-based movement 生物过程

GO:0048467 gynoecium development 生物过程

GO:0048767 root hair elongation 生物过程

GO:0051645 Golgi localization 生物过程

GO:0051646 mitochondrion localization 生物过程

GO:0060151 peroxisome localization 生物过程

GO:0090436 leaf pavement cell development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G50360

ath:AT3G19960

ath:AT4G27370

ath:AT5G43900

ath:AT5G54280

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.477

排名 1 · TkA05G033750 · TK1151

细胞核0.386

排名 2 · TkA05G033750 · TK1151

细胞膜0.116

排名 3 · TkA05G033750 · TK1151

内质网0.093

排名 4 · TkA05G033750 · TK1151

线粒体0.086

排名 5 · TkA05G033750 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21981RecX_HTH318-25 aa

PF21981RecX_HTH3169-182 aa

PF07727RVT_2397-502 aa

PF07727RVT_2503-597 aa

PF21981RecX_HTH3508-526 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G033750	`PF21981`	RecX_HTH3	18	25	0.29	12.1
TkA05G033750	`PF21981`	RecX_HTH3	169	182	0.29	12.1
TkA05G033750	`PF07727`	RVT_2	397	502	3.1e-54	184.9
TkA05G033750	`PF07727`	RVT_2	503	597	3.1e-54	184.9
TkA05G033750	`PF21981`	RecX_HTH3	508	526	0.29	12.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94HW2`	拟南芥	sp\|Q94HW2\|POLR1_ARATH Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1	36.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q9ZT94`	拟南芥	sp\|Q9ZT94\|POLR2_ARATH Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE2	36.400%	Swiss-Prot	低置信

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