TkA05G031940 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G031940

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 8647277-8651345 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1715 bp · TkA05G031940|TK1151|cDNA

GAAACGAGTACACAGTCTCAATGCTCATATGCTCTTCAGGGTAGACAGTGTGGGCTCAATGATCACAGAGAAATGCTTACCTTCGCTTTTAAAGTTGCAATATCTTGAAGACTTAATTTTGGAAGGATGCTGTGGAATCAATGATGAAAGCCTTGTATCCCTCAAACAAGGGTGGACATCACTCAAGACATTGAACATGTCGTATTGTGAGAATGTTACTCACGTGGGAGTTTCTTCATTAACAAGGAGCGCCACTTGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1386 bp · TkA05G031940|TK1151|CDS

ATGCTCTTCAGGGTAGACAGTGTGGGCTCAATGATCACAGAGAAATGCTTACCTTCGCTTTTAAAGTTGCAATATCTTGAAGACTTAATTTTGGAAGGATGCTGTGGAATCAATGATGAAAGCCTTGTATCCCTCAAACAAGGGTGGACATCACTCAAGACATTGAACATGTCGTATTGTGAGAATGTTACTCACGTGGGAGTTTCTTCATTAACAAGGAGCGCCACTTGTCTTCAGAACCTTAACTTATCATACGGGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

461 aa · TkA05G031940|TK1151|PROTEIN

MLFRVDSVGSMITEKCLPSLLKLQYLEDLILEGCCGINDESLVSLKQGWTSLKTLNMSYCENVTHVGVSSLTRSATCLQNLNLSYGPIVTLPFSESLQKFSQLQSIRLDGCQVTCSGLKGIGNWCVSLKEISLSKCLGVTDDGLSSIVMKHTDLRKLDITCCRKITQVSIAHVTKSCGSLVSLKMESCTLVPSEAFFLIGQNCHFLEELDLTDNDVDDEGLKFISKCSHLSVLKLGICLNITDDGLIYIGNGCQKLRELD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G031940`
TK1151 ID	TkA05G031940
OH-1004 ID	LXL04_019225
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	96.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.831 / OH-1004 66.815 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G031940

位置 Chr05:8647277-8651345 (-)

描述 Similar to FBL3: F-box/LRR-repeat protein 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g01720`	F盒/LRR重复蛋白3。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019225 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0010225 response to UV-C 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0019005 SCF ubiquitin ligase complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G15475

ath:AT5G01720

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.627

排名 1 · TkA05G031940 · TK1151

细胞质0.290

排名 2 · TkA05G031940 · TK1151

线粒体0.053

排名 3 · TkA05G031940 · TK1151

细胞膜0.050

排名 4 · TkA05G031940 · TK1151

质体0.025

排名 5 · TkA05G031940 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25372LRR_FBXL1511-83 aa

PF29594LRR_SKP211-84 aa

PF25019LRR_R13L1-DRL2114-83 aa

PF23247LRR_RPS222-111 aa

PF13516LRR_623-45 aa

PF23622LRR_At1g61320_AtMIF123-74 aa

PF12799LRR_426-60 aa

PF00560LRR_126-35 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G031940	`PF25372`	LRR_FBXL15	11	83	1.6e-26	93.5
TkA05G031940	`PF29594`	LRR_SKP2	11	84	2e-21	77.1
TkA05G031940	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	14	83	0.86	10.2
TkA05G031940	`PF23247`	LRR_RPS2	22	111	0.01	16.5
TkA05G031940	`PF13516`	LRR_6	23	45	6.4e-22	76.5
TkA05G031940	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	23	74	3.7e-06	27.3
TkA05G031940	`PF12799`	LRR_4	26	60	4.6e-18	65.5
TkA05G031940	`PF00560`	LRR_1	26	35	0.027	15.2
TkA05G031940	`PF13855`	LRR_8	48	65	2.1e-07	31.3
TkA05G031940	`PF24048`	LRR_NXF1-5	48	86	0.022	15.1
TkA05G031940	`PF23952`	LRR_EndoS	49	83	0.00013	22.9
TkA05G031940	`PF13516`	LRR_6	50	71	6.4e-22	76.5
TkA05G031940	`PF13855`	LRR_8	51	112	2.1e-07	31.3
TkA05G031940	`PF23247`	LRR_RPS2	51	188	0.01	16.5
TkA05G031940	`PF00560`	LRR_1	51	64	0.027	15.2
TkA05G031940	`PF13516`	LRR_6	76	86	6.4e-22	76.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RWU5`	拟南芥	sp\|Q8RWU5\|FBL3_ARATH F-box/LRR-repeat protein 3	46.700%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情